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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】10金币求助Autodock对接问题
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Jacksky

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】10金币求助Autodock对接问题

本人做完Grid后，开始做dock时出现以下问题，请高手帮忙，谢谢！

DPF> ga_run 10                            # do this many hybrid GA-LS runs

Number of requested LGA dockings = 10 runs


        BEGINNING LAMARCKIAN GENETIC ALGORITHM DOCKING

Run:        1 / 10
Date:        Wed Sep 30 15:09:43 2009
Output level is set to 1.


Creating an initial population of 150 individuals.

Assigning a random translation, a random orientation and 10 random torsions to each of the 150 individuals.

Beginning Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), with a maximum of 2500000
energy evaluations.

Generation: 100   Oldest's energy: -9.042    Lowest energy: -9.042    Num.evals.: 117704   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 200   Oldest's energy: -9.048    Lowest energy: -9.048    Num.evals.: 228286   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 300   Oldest's energy: -9.229    Lowest energy: -9.229    Num.evals.: 347286   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 400   Oldest's energy: -9.348    Lowest energy: -9.348    Num.evals.: 461813   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 500   Oldest's energy: -2240384.514    Lowest energy: -2240384.514    Num.evals.: 580399   Timing: Real= 0.02s,  CPU= 0.02s,  System= 0.00s
Generation: 600   Oldest's energy: -3613284.565    Lowest energy: -3613284.565    Num.evals.: 663083   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 700   Oldest's energy: -3650508.687    Lowest energy: -3650508.687    Num.evals.: 737922   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 800   Oldest's energy: -3660401.812    Lowest energy: -3660401.812    Num.evals.: 817565   Timing: Real= 0.02s,  CPU= 0.02s,  System= 0.00s
eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:23 ]
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1楼2009-09-30 15:18:23
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):如果我凭空给你10金币，我会被某斑竹的马甲投诉的，至于是哪个斑竹嘛……嘿嘿 10-1 22:37
如果再给我10金币,我更加谅解.呵呵.
赞一下(11人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2009-10-01 21:46:30
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 10-1 11:17
yjcmwgk(金币+10,VIP+0):Jacksky送给你的金币 10-1 11:19
1.首先你这是autodock的问题，请修改你的题目，有歧义的
2.出现这种情况十有八九是对接的受体配体分子的初始构象有问题，重新做一下吧
赞一下(20人) 回复此楼
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-09-30 23:07:33
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Jacksky

铁杆木虫 (著名写手)
--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:41 ]
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3楼2009-10-01 07:55:20
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):经私下PM，Jacksky虫友并非故意捣乱，只是误会！纯属误会！特此声明，并删除一些误会的言论，请tjegg谅解 10-1 19:43
--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:41 ]
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2009-10-01 09:04:44
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