24小时热门版块排行榜    

查看: 861  |  回复: 11
当前主题已经存档。

Jacksky

铁杆木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】10金币求助Autodock对接问题

本人做完Grid后,开始做dock时出现以下问题,请高手帮忙,谢谢!

DPF> ga_run 10                            # do this many hybrid GA-LS runs

Number of requested LGA dockings = 10 runs


        BEGINNING LAMARCKIAN GENETIC ALGORITHM DOCKING

Run:        1 / 10
Date:        Wed Sep 30 15:09:43 2009
Output level is set to 1.


Creating an initial population of 150 individuals.

Assigning a random translation, a random orientation and 10 random torsions to each of the 150 individuals.

Beginning Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), with a maximum of 2500000
energy evaluations.

Generation: 100   Oldest's energy: -9.042    Lowest energy: -9.042    Num.evals.: 117704   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 200   Oldest's energy: -9.048    Lowest energy: -9.048    Num.evals.: 228286   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 300   Oldest's energy: -9.229    Lowest energy: -9.229    Num.evals.: 347286   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 400   Oldest's energy: -9.348    Lowest energy: -9.348    Num.evals.: 461813   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 500   Oldest's energy: -2240384.514    Lowest energy: -2240384.514    Num.evals.: 580399   Timing: Real= 0.02s,  CPU= 0.02s,  System= 0.00s
Generation: 600   Oldest's energy: -3613284.565    Lowest energy: -3613284.565    Num.evals.: 663083   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 700   Oldest's energy: -3650508.687    Lowest energy: -3650508.687    Num.evals.: 737922   Timing: Real= 0.03s,  CPU= 0.03s,  System= 0.00s
Generation: 800   Oldest's energy: -3660401.812    Lowest energy: -3660401.812    Num.evals.: 817565   Timing: Real= 0.02s,  CPU= 0.02s,  System= 0.00s
eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!


[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:23 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 10-1 11:17
yjcmwgk(金币+10,VIP+0):Jacksky送给你的金币 10-1 11:19
1.首先你这是autodock的问题,请修改你的题目,有歧义的
2.出现这种情况十有八九是对接的受体配体分子的初始构象有问题,重新做一下吧
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
2楼2009-09-30 23:07:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jacksky

铁杆木虫 (著名写手)

--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:41 ]
3楼2009-10-01 07:55:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):经私下PM,Jacksky虫友并非故意捣乱,只是误会!纯属误会!特此声明,并删除一些误会的言论,请tjegg谅解 10-1 19:43
--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:41 ]
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
4楼2009-10-01 09:04:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:40 ]
5楼2009-10-01 11:18:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jacksky

铁杆木虫 (著名写手)

--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:41 ]
6楼2009-10-01 19:32:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
经私下PM,Jacksky虫友并非故意捣乱,只是误会!纯属误会!特此声明,并删除一些误会的言论,请tjegg谅解

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-1 at 19:45 ]
7楼2009-10-01 19:43:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):如果我凭空给你10金币,我会被某斑竹的马甲投诉的,至于是哪个斑竹嘛……嘿嘿 10-1 22:37
如果再给我10金币,我更加谅解.呵呵.
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
8楼2009-10-01 21:46:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):如果我凭空给你10金币,我会被某斑竹的马甲投诉的,至于是哪个斑竹嘛……嘿嘿 10-1 22:37

恩,我现在开始怀疑楼主就是你的马甲, 和lz一个风格, 舍不得花钱, 还找一堆理由.

话说回来了,问问题,不花钱,谁理你?呵呵.
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
9楼2009-10-02 00:26:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
--deleted--

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-10-3 at 15:11 ]
10楼2009-10-02 22:08:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Jacksky 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 国自科面上基金字体 +6 iwuli 2026-03-12 7/350 2026-03-16 21:18 by sculhf
[考研] 302求调剂 +3 小贾同学123 2026-03-15 5/250 2026-03-16 20:39 by zhq0425
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历,论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[硕博家园] 深圳大学硕士招生(2026秋,传感器方向,仅录取第一志愿) +4 xujiaoszu 2026-03-11 8/400 2026-03-16 09:45 by xujiaoszu
[考研] 326求调剂 +4 上岸的小葡 2026-03-15 5/250 2026-03-16 08:39 by Linda Hu
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy! 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 306求调剂 +4 唐薏薏 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:19 by JourneyLucky
[考研] 环境调剂 +6 晓看天暮看云 2026-03-09 6/300 2026-03-14 01:16 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中农业大学071010,总分三百二,求调剂 +3 困困困困坤坤 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:35 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿江南大学环境工程085701 +3 Djdjj12 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:31 by JourneyLucky
[考研] 材料工程,326分,求调剂 +6 KRSLSR 2026-03-10 6/300 2026-03-13 23:47 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 341求调剂 +4 番茄头--- 2026-03-10 4/200 2026-03-13 23:12 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 程雨杭 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:06 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
[考研] 070303一志愿西北大学学硕310找调剂 +3 d如愿上岸 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:43 by houyaoxu
[考研] 08食品或轻工求调剂,本科发表3篇sci一区top论文,一志愿南师大食品科学与工程 +3 我是一个兵, 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:21 by Yuyi.
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
[考研] 化工0817调剂 +8 灿若星晨 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:44 by 星空星月
信息提示
请填处理意见