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牛腻流利

新虫 (小有名气)

[求助] 质粒灵敏度跑不出来 已有1人参与

合成的含病毒目的片段的质粒摇菌后提取跑QPCR,10倍倍比稀释,第一次跑第一个浓度(2*10的7次方)ct值有16;第二次第三次跑就到17~18,导致灵敏度(2*10的1次方)ct值高于38不合格。
质粒不是很稳定吗,第一次跑完了也是-20度冻存的。
第二、三次和第一次的区别就是第一次用96孔板和RNase-free水稀释质粒标曲,第二、三次用的八连管和专门的dilution稀释标曲,但是这些差别应该不是问题所在吧。
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牛腻流利

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by ffplant at 2023-05-12 17:11:50
稀释倍数是不是写错了,2*10的7次方都17.8了,怎么2*10的1次方的Ct值这么大,质粒反复冻融是会影响Ct值的变化,但如果只是冻融一次应该不会变化这么大,有可能是操作的问题,误差增大了,另外你最小浓度扩增的Ct值在 ...

对啊,就是1次方的CT值太大了,没有熔解曲线,是Taqman探针法
是不是低溶度的质粒冻融一次好像就会降解了
4楼2023-05-25 16:28:29
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一点也不简单

新虫 (知名作家)

低浓度本来就不稳定,泊松分布原理

发自小木虫Android客户端
2楼2023-05-11 18:10:32
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ffplant

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
稀释倍数是不是写错了,2*10的7次方都17.8了,怎么2*10的1次方的Ct值这么大,质粒反复冻融是会影响Ct值的变化,但如果只是冻融一次应该不会变化这么大,有可能是操作的问题,误差增大了,另外你最小浓度扩增的Ct值在38的话最好看下融解曲线是否正常,有可能都不是目的条带的扩增
3楼2023-05-12 17:11:50
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打工人小欢

铁虫 (初入文坛)

反复冻熔会导致质粒降解,如果是一周内使用,放在四度完全没有问题。另外做标曲的时候,建议十倍梯度稀释,按理说,你引物探针扩增效率还行的话,10*7 cp/mL跑到16、17,10*3 cp/mL会在34-36左右,每稀释一个数量级,CT值后延3.2左右才是正常的。希望对你有帮助。

发自小木虫Android客户端
5楼2023-06-08 15:08:23
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