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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】关于MD能量
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工

[交流] 【求助】关于MD能量

建立了一个表面，用MD的方法进行了minimizer，发现面不同取向时能量不相同，并且均为负值，这能说明什么呢？是绝对值越大的面活性越强，越容易同其他原子结合，还是相反呢？请高手指教！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:25 ]
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1楼 2009-09-25 10:07:16
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lei0736

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songbin664(金币+3,VIP+0): 9-25 10:37
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):谢谢交流 9-26 13:20
songbin664(金币+14,VIP+0): 9-28 21:49
不同取向当然不同 表面能跟面的密排程度有关 各个面的驰豫也不一样
总能为负？ 应该是对的 不过你算一个总能有啥意义 是想算表面能还是？ 要想说明你的问题 用表面能更靠谱吧 系统总能 不能说明什么
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2楼2009-09-25 10:35:57
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工
我明白你的意思了，我现在算的是系统的能量，并非是面的能量。那我应该怎样算呢？就是想知道面的活性。
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3楼2009-09-25 10:38:37
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工
引用回帖:
Originally posted by songbin664 at 2009-9-25 10:07:
建立了一个表面，用MD的方法进行了minimizer，发现面不同取向时能量不相同，并且均为负值，这能说明什么呢？是绝对值越大的面活性越强，越容易同其他原子结合，还是相反呢？请高手指教！

刚才我又仔细想了一下，在优化之前我已经将表面下面的原子constrain，应该算的是表面的能量。刚才问题没有讲清楚。
这样的的话，能量绝对值越大是不是代表所建的表面活性越高呢？

[ Last edited by songbin664 on 2009-9-25 at 11:04 ]
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4楼2009-09-25 10:42:19
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lei0736

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songbin664(金币+7,VIP+0): 9-25 15:23
songbin664(金币+3,VIP+0): 9-25 15:52
即使表面下原子约束住了 你不可能只算一层表面原子的能量吧
将你算的SLAB体系能量减去对应数目原子的BULK体系 再除以总表面或表面总原子数就得到表面能 简单理解的话 表面能越高越不稳定 或者说活性越大
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5楼2009-09-25 14:15:25
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工

另一个问题

引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2009-9-25 14:15:
即使表面下原子约束住了 你不可能只算一层表面原子的能量吧
将你算的SLAB体系能量减去对应数目原子的BULK体系 再除以总表面或表面总原子数就得到表面能 简单理解的话 表面能越高越不稳定 或者说活性越大

非常感谢，同时非常幸运能得到斑竹的帮助！
   我还有一个问题想请教斑竹和有ms建立界面方面工作的高手。问题描述如下：

1建模的过程：将两种晶体cleave surface→表面进行优化→build layers→对整个layer minimize→dynamics。
2在运行时发现建好的两个表面并非贴在一起的，而是具有相同的方向（如图所示）。曾经也和坛子里面的高手讨论过，他建议我用“movement---rotation 把整个cell 反过来再copy”。但反复试验发现不能实现。（参照http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1475345&fpage=0&view=&highlight=&page=1）。
    后来看了help中Layer details - Build Layers是这样说：Flip: Specify the relative orientation of the given layer in the new layered structure. The options available are:


No: The given layer will be in the same orientation relative to the lattice vectors as it was in the source model.
A: The given layer will be rotated by 180 degrees about its a axis (if the source model is a crystal) or its u axis (if the source model is a surface) axis, thus transforming the lattice vectors from a, b, c to a, -b, -c (crystal) or u, v to u, -v (surface).
B: The given layer will be rotated by 180 degrees about its b axis (if the source model is a crystal) or its v axis (if the source model is a surface) axis, thus transforming the lattice vectors from a, b, c to -a, b, -c (crystal) or u, v to -u, v (surface).
    现在不明白什么意思。斑竹和大牛们能否给我些建议和帮助，怎样才能将两个面对起来？万分感谢！
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6楼2009-09-25 15:51:22
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lei0736

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优秀版主
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songbin664(金币+3,VIP+0): 9-25 16:14
MS应该能 没研究过 你是想建一个两相界面吧
另一个万能的办法是将其中一个旋转 写个转移矩阵的小程序
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7楼2009-09-25 16:02:43
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2009-9-25 16:02:
MS应该能 没研究过 你是想建一个两相界面吧
另一个万能的办法是将其中一个旋转 写个转移矩阵的小程序

我发的help中是不是就是说怎样做啊？我对程序一窍不通啊。本来做实验的，想模拟下两相的界面，算一算结合能。现在出了这个问题，头疼啊。

[ Last edited by songbin664 on 2009-9-25 at 16:11 ]
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8楼2009-09-25 16:08:20
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2009-9-25 16:02:
MS应该能 没研究过 你是想建一个两相界面吧
另一个万能的办法是将其中一个旋转 写个转移矩阵的小程序

图为help的帮助文档的截图。
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9楼2009-09-25 16:13:42
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zwprxiantao

银虫 (小有名气)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 10-5 21:11
学习了，很好的帖子。
旋转式可以实现的，就是你在buildlayer的时候，选择项中有layer1，layer2分别是否需要绕那个面转多少180°。


随便请教各位高手：
请教：模型为一种挛晶界模型（类似于单晶Si的挛晶界help文件中的），通过MS软件教程中的吸附能计算公式，计算得到的能量，应该称为什么能量？
是否为晶界能？

文献中一般采用公式：
Ebind=Etotal-（E表面1+E表面2）去计算界面结合能，表面吸附能。
Etotal：为界面模型总能量
E表面1：删除表面2，剩下表面1的单点能
E表面2：删除表面1，剩下表面2的单点能

总能量随着温度的升高而降低，说明系统趋于稳定；
可是Ebind 随着温度的升高而升高，或先升高后降低（其中包括Ebind负值如何解释，随着温度上升，负值可能增加，变为正值）。如何解释？

我在文献中看到，金属单晶等的晶界能是温度的函数，随着温度的升高而降低？
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我是一匹狼
10楼2009-10-05 15:24:39
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