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songbin664

金虫 (正式写手)

民工

[交流] 【求助】关于MD能量

建立了一个表面，用MD的方法进行了minimizer，发现面不同取向时能量不相同，并且均为负值，这能说明什么呢？是绝对值越大的面活性越强，越容易同其他原子结合，还是相反呢？请高手指教！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:25 ]
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1楼 2009-09-25 10:07:16
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工
引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2009-9-25 16:02:
MS应该能 没研究过 你是想建一个两相界面吧
另一个万能的办法是将其中一个旋转 写个转移矩阵的小程序

图为help的帮助文档的截图。
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9楼2009-09-25 16:13:42
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
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songbin664(金币+3,VIP+0): 9-25 10:37
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):谢谢交流 9-26 13:20
songbin664(金币+14,VIP+0): 9-28 21:49
不同取向当然不同 表面能跟面的密排程度有关 各个面的驰豫也不一样
总能为负？ 应该是对的 不过你算一个总能有啥意义 是想算表面能还是？ 要想说明你的问题 用表面能更靠谱吧 系统总能 不能说明什么
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2楼2009-09-25 10:35:57
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工
我明白你的意思了，我现在算的是系统的能量，并非是面的能量。那我应该怎样算呢？就是想知道面的活性。
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3楼2009-09-25 10:38:37
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工
引用回帖:
Originally posted by songbin664 at 2009-9-25 10:07:
建立了一个表面，用MD的方法进行了minimizer，发现面不同取向时能量不相同，并且均为负值，这能说明什么呢？是绝对值越大的面活性越强，越容易同其他原子结合，还是相反呢？请高手指教！

刚才我又仔细想了一下，在优化之前我已经将表面下面的原子constrain，应该算的是表面的能量。刚才问题没有讲清楚。
这样的的话，能量绝对值越大是不是代表所建的表面活性越高呢？

[ Last edited by songbin664 on 2009-9-25 at 11:04 ]
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4楼2009-09-25 10:42:19
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