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songbin664金虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】关于MD能量
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建立了一个表面，用MD的方法进行了minimizer，发现面不同取向时能量不相同，并且均为负值，这能说明什么呢？是绝对值越大的面活性越强，越容易同其他原子结合，还是相反呢？请高手指教！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:25 ] |
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songbin664
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另一个问题
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非常感谢，同时非常幸运能得到斑竹的帮助！ 我还有一个问题想请教斑竹和有ms建立界面方面工作的高手。问题描述如下： 1建模的过程：将两种晶体cleave surface→表面进行优化→build layers→对整个layer minimize→dynamics。 2在运行时发现建好的两个表面并非贴在一起的，而是具有相同的方向（如图所示）。曾经也和坛子里面的高手讨论过，他建议我用“movement---rotation 把整个cell 反过来再copy”。但反复试验发现不能实现。（参照http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1475345&fpage=0&view=&highlight=&page=1）。 后来看了help中Layer details - Build Layers是这样说：Flip: Specify the relative orientation of the given layer in the new layered structure. The options available are: No: The given layer will be in the same orientation relative to the lattice vectors as it was in the source model. A: The given layer will be rotated by 180 degrees about its a axis (if the source model is a crystal) or its u axis (if the source model is a surface) axis, thus transforming the lattice vectors from a, b, c to a, -b, -c (crystal) or u, v to u, -v (surface). B: The given layer will be rotated by 180 degrees about its b axis (if the source model is a crystal) or its v axis (if the source model is a surface) axis, thus transforming the lattice vectors from a, b, c to -a, b, -c (crystal) or u, v to -u, v (surface). 现在不明白什么意思。斑竹和大牛们能否给我些建议和帮助，怎样才能将两个面对起来？万分感谢！ |
6楼2009-09-25 15:51:22
2楼2009-09-25 10:35:57
songbin664
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