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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 【求助】关于MD能量
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工

[交流] 【求助】关于MD能量

建立了一个表面，用MD的方法进行了minimizer，发现面不同取向时能量不相同，并且均为负值，这能说明什么呢？是绝对值越大的面活性越强，越容易同其他原子结合，还是相反呢？请高手指教！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 11:25 ]
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1楼 2009-09-25 10:07:16
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工

另一个问题

引用回帖:
Originally posted by lei0736 at 2009-9-25 14:15:
即使表面下原子约束住了 你不可能只算一层表面原子的能量吧
将你算的SLAB体系能量减去对应数目原子的BULK体系 再除以总表面或表面总原子数就得到表面能 简单理解的话 表面能越高越不稳定 或者说活性越大

非常感谢，同时非常幸运能得到斑竹的帮助！
   我还有一个问题想请教斑竹和有ms建立界面方面工作的高手。问题描述如下：

1建模的过程：将两种晶体cleave surface→表面进行优化→build layers→对整个layer minimize→dynamics。
2在运行时发现建好的两个表面并非贴在一起的，而是具有相同的方向（如图所示）。曾经也和坛子里面的高手讨论过，他建议我用“movement---rotation 把整个cell 反过来再copy”。但反复试验发现不能实现。（参照http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1475345&fpage=0&view=&highlight=&page=1）。
    后来看了help中Layer details - Build Layers是这样说：Flip: Specify the relative orientation of the given layer in the new layered structure. The options available are:


No: The given layer will be in the same orientation relative to the lattice vectors as it was in the source model.
A: The given layer will be rotated by 180 degrees about its a axis (if the source model is a crystal) or its u axis (if the source model is a surface) axis, thus transforming the lattice vectors from a, b, c to a, -b, -c (crystal) or u, v to u, -v (surface).
B: The given layer will be rotated by 180 degrees about its b axis (if the source model is a crystal) or its v axis (if the source model is a surface) axis, thus transforming the lattice vectors from a, b, c to -a, b, -c (crystal) or u, v to -u, v (surface).
    现在不明白什么意思。斑竹和大牛们能否给我些建议和帮助，怎样才能将两个面对起来？万分感谢！
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6楼2009-09-25 15:51:22
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lei0736

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
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songbin664(金币+3,VIP+0): 9-25 10:37
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):谢谢交流 9-26 13:20
songbin664(金币+14,VIP+0): 9-28 21:49
不同取向当然不同 表面能跟面的密排程度有关 各个面的驰豫也不一样
总能为负？ 应该是对的 不过你算一个总能有啥意义 是想算表面能还是？ 要想说明你的问题 用表面能更靠谱吧 系统总能 不能说明什么
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2楼2009-09-25 10:35:57
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工
我明白你的意思了，我现在算的是系统的能量，并非是面的能量。那我应该怎样算呢？就是想知道面的活性。
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3楼2009-09-25 10:38:37
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songbin664

金虫 (正式写手)

民工
引用回帖:
Originally posted by songbin664 at 2009-9-25 10:07:
建立了一个表面，用MD的方法进行了minimizer，发现面不同取向时能量不相同，并且均为负值，这能说明什么呢？是绝对值越大的面活性越强，越容易同其他原子结合，还是相反呢？请高手指教！

刚才我又仔细想了一下，在优化之前我已经将表面下面的原子constrain，应该算的是表面的能量。刚才问题没有讲清楚。
这样的的话，能量绝对值越大是不是代表所建的表面活性越高呢？

[ Last edited by songbin664 on 2009-9-25 at 11:04 ]
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4楼2009-09-25 10:42:19
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