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yjcmwgk禁虫 (文坛精英)
密度泛函·小卒
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【活动】Gaussian的FAQ答案征集开始啦，回答者均有金币拿！
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经过问题征集，初步确定这些问题为GaussianFAQ。请大家积极回答哦！ 只要回答就奖励2个金币，如果您的答案被采纳为最佳答案，将获得的额外奖励，如下表所示。 如果两人答案相似，取最先回帖者为有效答案 灌水者扣1-5个金币 如果两人答案雷同，对答题晚的人，按抄袭处理，扣10-50金币，全版禁言一天。如果不服，扣100-500金币，全区禁言一周。 大家要注意呀：这是给彻底的初学者准备的FAQ，一定要通俗！呵呵！还有，注意不要在无意中打击初学者的积极性。呵呵！ 另外，最佳答案将在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146&fpage=1中公布（随时更新），感谢各位高手的捧场！ ———————————————————————— Gaussian初识： （1.1） 版本一：高斯是不是免费的啊？ 版本二：高斯哪里能下载啊？ 版本三：高斯卖多少钱？ 版本四：谁哪里有gaussian和gaussview，能不能传一份啊？ 版本五：我从网上下载了一个Gaussian，能不能用它发文章啊？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得10金币奖励。 （1.2） 我现在想学高斯，不知道大侠有没有什么高见啊？我该看什么书啊？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得7金币奖励。 （1.3） 和高斯接口的免费可视化软件都有哪些？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得10金币奖励。 （1.4） 难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？ 后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？ 后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什么软件啊？头大ing…… 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得7金币奖励。 Gaussian使用： （2.1） 版本一：高斯能不能做XXXXXXX方面的计算啊？ 版本二：高斯的主要功能是什么？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。 （2.2） 请问2070是什么错误啊？ 后续问题：什么是log/out文件的错误提示啊，在哪儿看啊？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得4金币奖励。 （2.3） scf不收敛怎么办？几何优化不收敛怎么办？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得20金币奖励。。（我知道这2个问题很大） （2.4） Gaussian并行效率如何？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得3金币奖励。 （2.5） 什么是自旋多重度？怎么设置？ 后续问题：怎么判断单电子数啊？还有那个2|S|+1是怎么回事儿啊？S是什么东西？怎么算S啊？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得4金币奖励。 （2.6） 什么是基组啊？什么是混合基组啊？怎么个写法啊？ 后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。什么是你们所谓的Gauss基函啊？基组大小你们又是怎么知道的呢？ 后续问题：请问6-311++g(3d2f,2pd)中各项的含义是什么啊？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得12金币奖励。 GaussView使用： （3.1） 用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得3金币奖励。 （3.2） 想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。）怎么做？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得6金币奖励。 （3.3） GaussView怎么打不开输出文件？ 后续问题：我明明放在桌面上了啊，怎么会有中文路径呢？ 后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。请问什么是路径啊？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得3金币奖励。 （3.4） 原子可以改变编号吗？怎么改？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。 （3.5） 烦死了！烦死了！为什么我搭建的分子模型，师兄师姐老说我搭建的不合理！？！？！ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得15金币奖励。（我知道这个问题很大） 其它问题： （4.1） 要查某个杂志属于哪个数据库，怎么查呢？ 后续问题：不能下载啊，听说是权限问题，怎么解决呢？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得2金币奖励。 （4.2） 刚刚接触量化，大侠能不能给点学习建议？（请注意跟1.2的区别，谢谢） 后续问题：我数学没学好，怎么办？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。 （4.3） 一看见量化书里那些公式就头大，没兴趣学下去了。我该怎么办？ 后续问题：我以前是做实验的，理论化学的东西太难了，没信心了，帮帮我吧 后续问题：我不想学理论，我只想学学软件操作，行吗？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。 （4.4） 高斯说明书实在看不下去，我可怎么办呢？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。 （4.5） 高斯自带的例子我不会运行，运行完了也看不懂，这咋办？ 谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。 回帖格式： （1.4）答：XXXXXXXXXXXXXX （3.2）答：XXXXXXXXXXXXXX [ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-26 at 13:16 ] |
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43楼2009-09-28 01:16:28
wuy069
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):谢谢关于高斯的安装过程。但是我没看见ADF啊 10-11 13:29
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yjcmwgk(金币+4,VIP+0):谢谢关于高斯的安装过程。但是我没看见ADF啊 10-11 13:29
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新增问题（1.5）Gaussian如何在Linux下安装？ 答：安装软件g03 和adf ftp 212.198.133.204 ，输入用户名和密码之后进入另一服务器，以获得软件源文件 get g03_d01.tar.gz 复制传输 g03 bye 退出ftp，回到本机（也可以直接从本地用FTP拖到Linux上） 解压g03：tar –xvzf g03_d01.tar.gz ，生成g03目录。在根目录下(即cd ~ 可进入)，vi .bashrc 添加几行字以设置环境变量 # Gaussian 03 setup 2009-6-13 说明行 export g03root=/home/ifmc source $g03root/g03/bsd/g03.profile #end 保存退出(wq!)，并source .bashrc 启用此更改,即刷新。 找一个g03的输入文件测试 软件是否安装完好 如上，进入另一服务器，先敲入 ascii转化到ascii格式，在选取*.gjf文件，传输到本机 回到本机，修改输入文件，nproc=4 mem=3333Mb （此时4核并用），在命令行执行g03任务 如不能运行，vi ./etc/rc.d/rc/local ，在其中填入一句话 echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_vol_space 设置g03 权限：chmod +x g03 建立新用户（在root下建立）： Adduser –g ifmc tttt 表示在ifmc组下建立其他用户tttt（在一个组下建立用户便于管理，并且不至于混乱） Passwd ttt 输入两次密码就ok了。 |
57楼2009-10-11 12:16:53
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 16:37
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):可否按规定答题？非常感谢！刚才我疏忽了，抱歉得很 9-23 16:38
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（1.1）答：高斯不是免费的，而且还比较不便宜。 （1.2）答：分子模拟版的Gaussian子版块下有很多Gaussian下载的帖子，为免抄袭，这里就不列了。 个人觉得Gaussian入手的话先学一点基本的量子化学知识，再根据一些例题一个一个来算，遇到不懂的去看Gaussian教程或一些高手的经验。慢慢就上手了。 （1.4）答：Gaussian即有Win也有Linux版的，不过Win版不足在并行计算上。 （2.1）答：Gaussian可以算的东西很多，结构优化、单点能计算、过渡态计算、振动频率计算......，不过稍微广义一点可以归纳为物性计算和反应计算，Gaussian的优势在于小分子及其反应的计算，对于周期性体系也可以进行计算，不过相对于MS和Vasp来耗时更长，精度也差一点，我觉得这一点是Gaussian需要改进的地方。 先说这些，更多接下来回答。 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-23 at 16:36 ] |
2楼2009-09-23 15:52:10
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（3.1）答： Gaussian View中有时候会出现“断键”的问题，个人感觉量化计算对键的计算是根据单个原子的波函数线性组合为分子波函数，如果两个原子间距太大，波函数不能叠加，体现在电子云上就是两原子的电子云互不影响，那就不会成键；至于迭代过程中两原子间距增加，那是计算过程中根据能量梯度进行优化的结果，我觉得这种问题应该可以通过调初始结构来解决。还有就是GV中对一些弱键，如氢键，是不会自动显示出来的。 个人的一点见解，不对不要拍砖啊。 [ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-23 at 16:34 ] |
3楼2009-09-23 16:09:49
hairan
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yjcmwgk(金币+0,VIP+0):看来3.1费您莫属了。还能回答其他问题吗？小卒恭候您的大驾光临，给那些初学者一点曙光 9-23 18:56
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（3.1）答： 问题：用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？ GaussView显示时的成键断键问题的确是对初学者的一个影响挺大的问题。 事实上各个版本的GaussView （包括最新的5.08）只是用来搭建模型和分析计算结果中各种性质。 GaussView对成键断键的判断还没有上升到使用波函数以及各种布居分析给出的键级的层次，在默认的情况下，它对成键与否的判断时唯一的判据是两个原子之间的距离。我想GaussView内部肯定对每一个原子都给出了一个最大成键半径，当两个原子之间的距离大于二者最大成键半径之和，那么默认是不显示成键的。GaussView是否显示成键只能作为一个小小的参考，因为他关于那个最大半径的定义很多时候是不合适的。 不过图形显示中是否成键是可以改变的，在GaussView默认外置的菜单中有一个图标，鼠标放上去会显示"Modify bond"，选中该图标，再去分子显示窗口中选择任意两个你要选择的原子，就可以为他们定义是否成键，成什么级别的键。 为了搭建模型方便，你可以让距离很远的两个原子通过键连起来，好一同移动，也可以让距离很近的两个原子之间断开键，以便调整相互位置。 在使用GaussView时，如果想保留你搭建模型时原子之间的连接关系，可以在计算设置选项卡的General选项卡中选择“Write connectivity”，这样保存后的输入文件下次打开时还会显示当前的连接关系。 由于输出文件.out或者.log不保存原子之间的连接关系，因此，使用GaussView打开输出文件时，程序还是通过原子之间的距离来判断是否成键。 如果想在打开优化之后的结构中显示你在输入文件中定义的连接关系，可以在输入文件中定义检查点文件，也就是在在计算设置选项卡的Link0选项卡中自行输入%chk=文件名.chk，这样计算完成后，用GaussView打开检查点文件会显示你开始定义的连接关系。需要注意的是，如果你的结构在优化的过程中变化较大，那么你开始定的连接关系有可能是错的。另外，如果在linux做的计算，而GaussView是windows版的，需要先使用Gaussian自带的formchk工具将检查点文件转换为.fchk文件才能在windows下打开。即在linux下执行：formchk 文件名.chk，将生成"文件名.fchk”文件 Gaussian计算需要很多的人为参与，使用GaussView软件的时候也是一样的。 [ Last edited by hairan on 2009-9-24 at 15:47 ] |
4楼2009-09-23 16:58:29
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