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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【活动】Gaussian的FAQ答案征集开始啦，回答者均有金币拿！
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树精

木虫 (正式写手)

铂虫

（4.1）

★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 18:55
（4.1）答：把杂志名字输入到谷歌里搜索即可
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11楼2009-09-23 18:44:34
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flash8407

木虫 (正式写手)
★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 18:55
（2.5）答：
1. 关于自旋多重度

定义: 多重度＝2S+1, S=n*1/2,n为单电子数。所以，关键是单电子的数目是多少。

当有偶数个电子时，例如 O2，共有16个电子，那么单电子数目可能是0，即8个alpha和8个beta电子配对，对应单重态，但是也可能是有9个α电子和7个β电子，那么能成对的是7对，还剩2个α没有配对，于是n=2,对应的是多重度3。同理还可以有多重度5，7，9， ...一般而言,是多重度低的能量低,最稳定,所以,一般来说,偶数电子的体系多重度就是1。但是也有例外，例如O2就是一个大家都知道的例子，它的基态是三重态，其单重态反而是激发态。所以对于未知的体系，还是算几个保险一点，看哪个能量更低。

所以，总结一下，就是

电子数目是偶数，未成对电子数目n=0,2,4,6,...自旋多重度是1,3,5,7,...
电子数目是奇数，未成对电子数目n=1,3,5,7,...自旋多重度是2,4,6,8,...
多数情况是多重度低的能量低，有时（特别是有“磁”性的时候，例如顺磁的O2，以及Fe啊什么的），可能会高多重度的能量低，所以需要都算算，看哪个能量更低。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-23 at 18:55 ]
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12楼2009-09-23 18:46:15
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ggdh

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 18:55
（3.4）答：用gauss view 打开，点edit>atom list 在其中可以改编号

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-23 at 18:55 ]
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13楼2009-09-23 18:51:54
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wanguangli

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 19:47
(2.3) 答：
关于SCF 不收敛的几点建议
1.先用小基组进行优化计算，由前面得到的构型再进行大基组的优化，省时省力，磨刀不误砍柴工！
2.如果精度要求不高，可以适当放宽收敛标准，SCF=Sleazy 放松收敛标准，Conver选项给出更多的控制。
3.减小步长。
4.增大收敛的迭代次数。（一般用处不大）
5.最重要的一条，其实我们遇到的大多数不收敛情况，多由于分子构型搭建得不够合理。调节初始构型才是上上之策。其实分子模型搭建得多了，对一些常见原子的键长，成键方向有些经验，自然而然就顺手的多了。
6.这玩意就得多练！

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-23 at 21:00 ]
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14楼2009-09-23 19:41:09
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wanguangli

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 19:57
（3.4）答：
原子当然可以改变编号了，这在寻找过渡态的时候有大用处。
在GV 工具栏上有个A的按钮，与R按钮相邻，打开它可以改变原子编号，还可以插入虚原子，改变原子坐标等等。注意改变原子编号的时候要按顺序，比如从小到大，不要乱改。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-23 at 21:00 ]
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15楼2009-09-23 19:48:44
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 19:58
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):2.3也要落入hairan的口袋了。 9-23 19:59
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):hairan大侠加油。这二十多个问题加起来好多金币呢，hairan绝对有能力拿100个以上的！ 9-23 19:59
（2.3） 答
问题：scf不收敛怎么办？几何优化不收敛怎么办？

虽然二者有联系，但实际上是两个相对独立的问题，要分开回答。
这里提供的只是解决方案，所有的方法都用上了还是不收敛得情况也是有的。

首先要分清scf不收敛和几何构型优化不收敛
scf不收敛指的是自洽场叠代不收敛（什么？没听说过什么叫自洽场？那还是回去学习些量化基础知识再开展计算吧！），可以认为是对指定结构的波函数不断优化的过程，是为了找到这个某个指定结构下能量最低的波函数，而几何构型优化是对结构的优化的过程，是为了找到某个指定的组分下能量极小结构（注意，不一定是能量最小结构）。在量子化学计算的几何构型优化中，每一步的几何构型优化都包含的很多次的scf计算。
1、scf不收敛的解决方案。
(1) 可以加大scf的循环次数，默认的循环次数是128次，通过scf=(maxcycle=n)来设置最大循环次数n。建议不要超过512，更多的循换没有必要。
(2) 如果加大循环次数不管用，在分子有对称性的情况下，使用scf=dsymm关键词来强制密度对称，有时可以收敛。另外，此关键词很多时候对"scf is confused”这种错误很管用。
(3) 使用scf=symm关键词，使用的前提同上，有时可以收敛。
(4) 如果(2)(3)两步都不行，可以将对称的分子中的某几个原子的位置微调，使分子丧失对称性。这等效于nosymm关键词，但个人经验，这种方式比nosymm好用的多。
(5) 如果还不行，只能拿出杀手锏了，就是使用qc，但不建议直接使用，而是使用xqc关键词，比如scf=(maxcycle=80,xqc)，意思是如果scf正常计算(dc)在80个循环之内不收敛才进行昂贵的qc计算，因为scf不收敛多数在几何优化的过程中出现，无法判断哪一步优化的时候会出现scf不收敛，所以用xqc比纯粹使用qc要省时的多。
(6) 中级用户可以在输入文件的井号“#”开头那一行井号后面加上字母"p"来输出更多的信息，其中就有自洽场叠代的信息，分析原因可能会对采用什么方法提供指导。
(7) 前面有虫子提到一个有用的方案但没说清楚，我这里补充一下：如果用用小基组计算，scf可以收敛，那么保存好检查点文件，换成大基组的时候从检查点文件中读取初始猜测(使用guess=read关键词)，有时可以算过去。
(8) 如果你计算中使用了含有弥散函数的基组（比如6-31+G*基组中的“+”，Aug-cc-pVTZ基组中的Aug等），可以先去掉弥散函数（比如例子中的两个基组变为6-31G*和cc-pVTZ），这样很容易收敛，需要的话，换成带有弥散函数的基组时，从检查点文件的读初始猜测。原理与(7)类似，有时候管用。
注意：(7)和(8)不适合很大的体系，此时，使用小基组或者不带弥散函数的基组与后来使用的大基组在基组数量上差得太多（如果你本来就遇到了scf收敛问题，而使用这两个方案时，机组数量差距超过512个，多数时候要出问题），反倒容易引起scf不收敛，因为读检查点文件时，对那些多出来的基组的猜测是空的，而直接计算时最起码还有个半经验的计算提供了相对合理的初始猜测。
(9) 上述方法有时可以组合使用，如果经过各种组合处理都不收敛，那么放弃吧，你的分子的电子结构太差了。

2、几何构型优化不收敛的解决方案。
引起这个问题的原因比较多，可能也说不全，尽量做到全面。
(1) 如果是很小的分子（10原子以内），初始结构可能离平衡结构比较远，又在输出文件优化的最后一步判断是否收敛的位置（可以通过查找Threshold字段找到，它下面有四个判断项，都是YES才代表优化收敛）看到了“-- Number of steps exceeded,  NStep=xxx”，可以通过加大优化的循环次数来解决问题。使用关键词opt=(maxcycle=n).
(2) 优化到如果四个收敛标准中前两项早就收敛了，而后两项尤其是第三项不收敛，这需要判断原因。如果每一步优化过程中的能量始终在下降，那么可以继续让他算，超过了最大步数停掉了的话把结构拿出来，重新提交就行了。如果能量忽大忽小出现跳跃，说明遇到了比较平坦的势能面，或者优化的算法不好。此时建议按如下顺序处理：
a. 使用opt=maxstep=n来缩小最大步长，即原子移动的距离，n的默认值是30，只能设置整数。
b. 使用关键词opt=gdiis，很多时候可以很快收敛。
c. 使用opt=calcfc关键词，在几何优化的第一步计算力常数，为优化定一个大方向，类似在第一个三岔路口选一条路。
d. 使用opt=calcall关键词，在几何优化计算的每一步都计算力常数，类似于在每一个三岔路口都来选一条路。这个关键词不到万不得已不要使用，非常耗时。
(3) 四个判断标准的后两项早就收敛了，但前两项似乎固定在某个数值上了。
遇到这种情况，首先去检查你优化第一步的时候给出的每个轨道得本征值部分，也就是轨道的能量，如果HOMO和LUMO的能量相同或者非常接近，那么你的设置有问题，即自旋多重度不对。
如果HOMO-LUMO能量没问题，那么将目前的计算停掉，提出结构，使用opt=gdiis关键词，很多时候管用。
(4) 如果是在几何构型优化的过程中出现因为scf不收敛导致无法优化，可以先用上面scf不收敛的解决方案来处理，如果都不行，可以通过在#后面添加p输出更多信息，如果看到每次scf能量都能收敛到10的-6次方以下然后开始出现能量的跳跃，就是收敛不到10的-8次方（这种情况还比较常见），可以使用scf=(conver=6)来让几何优化继续下去，等优化好了，再将此关键词去掉，我的经验，优化的结构一般不会有太大的差异。如果不到10的-6能量就开始跳越，不适合此方法。
(5) 如果几何优化过程中发现键变得异常短，而且此时几何优化总是不收敛。遇到这种情况，问题出在你的基组使用，肯定是使用了赝势基组却没有读入赝势。由于赝势基组将内层电子和原子核用一个有效核心势来表示，你没有读入赝势就说明没有读入这个有效核心势，那么相当于把原子的内层电子都给除掉了，巨大的核引力把原子之间的距离变得异常短也不足为奇。

目前关于几何优化先想到这么多，以后遇到了随时补充进来。

[ Last edited by hairan on 2009-9-25 at 16:08 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
16楼2009-09-23 19:54:26
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mingdong

荣誉版主 (知名作家)
★
yjcmwgk(金币-1,VIP+0):灌水者扣1-5个金币 9-23 21:12
此回帖为纯支持贴
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文献求助如果有链接问题，请虫友尽快与我联系！
17楼2009-09-23 21:06:43
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jinlin

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-24 08:44
（4.1）答：对于大部分的大学和科研单位，由于资本有限，不可能购买很多数据库。只能利用别人帮忙下载一些期刊文献，但总麻烦朋友总不太好。熟话说，求人不如求己。下面我把我怎么获得免费文献的经验告诉大家，希望有所帮助。
      首先我们要知道我们要查的期刊文献属于哪个数据库。至于哪些文献属于哪个数据库,例如化学期刊所属数据库列表：http://www.sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=10282接下来我们就要知道各数据库的地址，我在这里列一些比较大的数据库：SD:http://www.sciencedirect.com
WILEY:http://www3.interscience.wiley.com/browse/?type=JOURNAL
ACS:http://pubs.acs.org/about.html
RSC:http://www.rsc.org/Publishing/Journals/
SPRINGERLINK:http://www.springerlink.com/journals/
THIEME:http://www.thieme.de/connect/en/product-type/journals.html
等等......
　　　知道这些数据库，我们就可以搜索到具体文献的下载地址，当然绝大部分文献下载要权限．你采用下面方式快速的获取你所需要的文献。
　　　我们先来了解一下比较大的学术资源搜索论坛或网站：
小木虫：www.muchong.com/bbs
诺贝尔学术资源网：www.i-nobel.com
子午学术论坛：www.ziwu.org/bbs
红军长征：www.hjcz.org/bbs
萍萍家园：http://www.pet2008.cn/
红樱桃化学化工论坛：http://www.6yes.com/bbs/index.php
有机化学网：http://bbs.organicchem.com/index.asp
化学吧：http://chem8.org/bbs/index.php
阿果资源网：http://www.agpr.net/bbs/index.php
鸭绿江医药论坛：http://forum.e2002.com/index.php
愚愚学园：http://www.seeus.cn/bbs/index.php
零点花园：http://www.soudoc.com/bbs/index.php
龙驰学术资源网：http://www.longread.net/index.php
等等．．．．．．
　　　　在这些论坛注册之后，就可以发文献求助帖子．论坛规定一般一天只能发一个主题帖子，但一个主题帖子可以同时同时求助2-5篇文献。发主题帖子之前一定要先看一下在文献求助版面发帖子的版规（即版面规定）。一般发帖子的格式如下：
【求助原因】：
【篇    号】：
【题    名】：
【作    者】：
【杂志全称或缩写】：
【年份，卷（期），起止页码】：
【全文链接】：
【求助邮箱】：
　　　　　每个网站发帖子大同小异，为了更快的获取你所需要的文献最好是按照各个论坛版面的规定发主题帖子。
　　　　　最后一点，千万别忘记了，那就是在你获得文献之后一定要记得24小时内修改一下你发的帖子的标题，以前是求助，下载完之后要修改成成功或感谢标题。
          就这样，就一切OK了。当然你也可能用其他的一些方法获取文献，比方说使用代理。
　　　　　祝您成功！
　　　　　Nothing is impossible!
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18楼2009-09-24 07:44:23
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匿名

用户注销 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-24 13:49
本帖仅楼主可见
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19楼2009-09-24 11:24:07
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-24 13:49
（3.2）想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。）怎么做？
1.采用8楼的方法
opt=modredundant 命令
在坐标后面写上你要固定的原子序号，例如
1 2 f，限制1-2原子间键长
1 2 3 4 f，限制1-2-3-4原子间二面角

2.使用constants指定，如下例可以固定水的键角105.4度
O
H1 O R
H2 O R H1 A
   Variables:
R 1.0
   Constants:
A 105.4

3.使用列标记，把直角坐标下的第二列改为-1，则会固定原子坐标，
改为比-1还小的数值，这些被改动的原子间的相对位置固定。

[ Last edited by bay__gulf on 2009-9-24 at 16:02 ]
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20楼2009-09-24 13:17:11
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