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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【活动】Gaussian的FAQ答案征集开始啦，回答者均有金币拿！
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【活动】Gaussian的FAQ答案征集开始啦，回答者均有金币拿！

经过问题征集，初步确定这些问题为GaussianFAQ。请大家积极回答哦！
只要回答就奖励2个金币，如果您的答案被采纳为最佳答案，将获得的额外奖励，如下表所示。
如果两人答案相似，取最先回帖者为有效答案

灌水者扣1-5个金币
如果两人答案雷同，对答题晚的人，按抄袭处理，扣10-50金币，全版禁言一天。如果不服，扣100-500金币，全区禁言一周。
大家要注意呀：这是给彻底的初学者准备的FAQ，一定要通俗！呵呵！还有，注意不要在无意中打击初学者的积极性。呵呵！


另外，最佳答案将在http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146&fpage=1中公布（随时更新），感谢各位高手的捧场！
————————————————————————
Gaussian初识：
（1.1）
版本一：高斯是不是免费的啊？
版本二：高斯哪里能下载啊？
版本三：高斯卖多少钱？
版本四：谁哪里有gaussian和gaussview，能不能传一份啊？
版本五：我从网上下载了一个Gaussian，能不能用它发文章啊？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得10金币奖励。
（1.2）
我现在想学高斯，不知道大侠有没有什么高见啊？我该看什么书啊？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得7金币奖励。
（1.3）
和高斯接口的免费可视化软件都有哪些？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得10金币奖励。
（1.4）
难道非要用Linux算高斯吗？Windows算高斯的缺陷是什么？
后续问题：听说Linux很难的。我是电脑小白，在Windows上都不太懂，只会最基本的操作，看看电影听听歌而已。连Windows系统都是别人替我装的。Linux我能学会吗？
后续问题：为什么Linux那么难看？看见一行一行的命令，就一点研究它的兴趣也没有了。听说Linux也是有桌面的，为什么师兄师姐们从来不用Linux的桌面呢？你们所说的那个SSH又是个什么软件啊？头大ing……
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得7金币奖励。

Gaussian使用：
（2.1）
版本一：高斯能不能做XXXXXXX方面的计算啊？
版本二：高斯的主要功能是什么？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。
（2.2）
请问2070是什么错误啊？
后续问题：什么是log/out文件的错误提示啊，在哪儿看啊？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得4金币奖励。
（2.3）
scf不收敛怎么办？几何优化不收敛怎么办？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得20金币奖励。。（我知道这2个问题很大）
（2.4）
Gaussian并行效率如何？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得3金币奖励。
（2.5）
什么是自旋多重度？怎么设置？
后续问题：怎么判断单电子数啊？还有那个2|S|+1是怎么回事儿啊？S是什么东西？怎么算S啊？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得4金币奖励。
（2.6）
什么是基组啊？什么是混合基组啊？怎么个写法啊？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。什么是你们所谓的Gauss基函啊？基组大小你们又是怎么知道的呢？
后续问题：请问6-311++g(3d2f,2pd)中各项的含义是什么啊？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得12金币奖励。

GaussView使用：
（3.1）
用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得3金币奖励。
（3.2）
想固定某部分原子（键长、键角、二面角、相对位置、相对方向。。。。）怎么做？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得6金币奖励。
（3.3）
GaussView怎么打不开输出文件？
后续问题：我明明放在桌面上了啊，怎么会有中文路径呢？
后续问题：不好意思，楼上说的我还是不太明白。请问什么是路径啊？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得3金币奖励。
（3.4）
原子可以改变编号吗？怎么改？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。
（3.5）
烦死了！烦死了！为什么我搭建的分子模型，师兄师姐老说我搭建的不合理！？！？！
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得15金币奖励。（我知道这个问题很大）

其它问题：
（4.1）
要查某个杂志属于哪个数据库，怎么查呢？
后续问题：不能下载啊，听说是权限问题，怎么解决呢？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得2金币奖励。
（4.2）
刚刚接触量化，大侠能不能给点学习建议？（请注意跟1.2的区别，谢谢）
后续问题：我数学没学好，怎么办？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。
（4.3）
一看见量化书里那些公式就头大，没兴趣学下去了。我该怎么办？
后续问题：我以前是做实验的，理论化学的东西太难了，没信心了，帮帮我吧
后续问题：我不想学理论，我只想学学软件操作，行吗？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。
（4.4）
高斯说明书实在看不下去，我可怎么办呢？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。
（4.5）
高斯自带的例子我不会运行，运行完了也看不懂，这咋办？
谁的答案被采纳为最佳答案，将获得5金币奖励。

回帖格式：
（1.4）答：XXXXXXXXXXXXXX
（3.2）答：XXXXXXXXXXXXXX

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-26 at 13:16 ]
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1楼 2009-09-23 15:10:49
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jinlin

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-24 08:44
（4.1）答：对于大部分的大学和科研单位，由于资本有限，不可能购买很多数据库。只能利用别人帮忙下载一些期刊文献，但总麻烦朋友总不太好。熟话说，求人不如求己。下面我把我怎么获得免费文献的经验告诉大家，希望有所帮助。
      首先我们要知道我们要查的期刊文献属于哪个数据库。至于哪些文献属于哪个数据库,例如化学期刊所属数据库列表：http://www.sciencenet.cn/blog/user_content.aspx?id=10282接下来我们就要知道各数据库的地址，我在这里列一些比较大的数据库：SD:http://www.sciencedirect.com
WILEY:http://www3.interscience.wiley.com/browse/?type=JOURNAL
ACS:http://pubs.acs.org/about.html
RSC:http://www.rsc.org/Publishing/Journals/
SPRINGERLINK:http://www.springerlink.com/journals/
THIEME:http://www.thieme.de/connect/en/product-type/journals.html
等等......
　　　知道这些数据库，我们就可以搜索到具体文献的下载地址，当然绝大部分文献下载要权限．你采用下面方式快速的获取你所需要的文献。
　　　我们先来了解一下比较大的学术资源搜索论坛或网站：
小木虫：www.muchong.com/bbs
诺贝尔学术资源网：www.i-nobel.com
子午学术论坛：www.ziwu.org/bbs
红军长征：www.hjcz.org/bbs
萍萍家园：http://www.pet2008.cn/
红樱桃化学化工论坛：http://www.6yes.com/bbs/index.php
有机化学网：http://bbs.organicchem.com/index.asp
化学吧：http://chem8.org/bbs/index.php
阿果资源网：http://www.agpr.net/bbs/index.php
鸭绿江医药论坛：http://forum.e2002.com/index.php
愚愚学园：http://www.seeus.cn/bbs/index.php
零点花园：http://www.soudoc.com/bbs/index.php
龙驰学术资源网：http://www.longread.net/index.php
等等．．．．．．
　　　　在这些论坛注册之后，就可以发文献求助帖子．论坛规定一般一天只能发一个主题帖子，但一个主题帖子可以同时同时求助2-5篇文献。发主题帖子之前一定要先看一下在文献求助版面发帖子的版规（即版面规定）。一般发帖子的格式如下：
【求助原因】：
【篇    号】：
【题    名】：
【作    者】：
【杂志全称或缩写】：
【年份，卷（期），起止页码】：
【全文链接】：
【求助邮箱】：
　　　　　每个网站发帖子大同小异，为了更快的获取你所需要的文献最好是按照各个论坛版面的规定发主题帖子。
　　　　　最后一点，千万别忘记了，那就是在你获得文献之后一定要记得24小时内修改一下你发的帖子的标题，以前是求助，下载完之后要修改成成功或感谢标题。
          就这样，就一切OK了。当然你也可能用其他的一些方法获取文献，比方说使用代理。
　　　　　祝您成功！
　　　　　Nothing is impossible!
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18楼2009-09-24 07:44:23
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easy000

至尊木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 16:37
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):可否按规定答题？非常感谢！刚才我疏忽了，抱歉得很 9-23 16:38
（1.1）答：高斯不是免费的，而且还比较不便宜。
（1.2）答：分子模拟版的Gaussian子版块下有很多Gaussian下载的帖子，为免抄袭，这里就不列了。
个人觉得Gaussian入手的话先学一点基本的量子化学知识，再根据一些例题一个一个来算，遇到不懂的去看Gaussian教程或一些高手的经验。慢慢就上手了。
（1.4）答：Gaussian即有Win也有Linux版的，不过Win版不足在并行计算上。
（2.1）答：Gaussian可以算的东西很多，结构优化、单点能计算、过渡态计算、振动频率计算......，不过稍微广义一点可以归纳为物性计算和反应计算，Gaussian的优势在于小分子及其反应的计算，对于周期性体系也可以进行计算，不过相对于MS和Vasp来耗时更长，精度也差一点，我觉得这一点是Gaussian需要改进的地方。
先说这些，更多接下来回答。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-23 at 16:36 ]
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2楼2009-09-23 15:52:10
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easy000

至尊木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 16:38
（3.1）答：
Gaussian View中有时候会出现“断键”的问题，个人感觉量化计算对键的计算是根据单个原子的波函数线性组合为分子波函数，如果两个原子间距太大，波函数不能叠加，体现在电子云上就是两原子的电子云互不影响，那就不会成键；至于迭代过程中两原子间距增加，那是计算过程中根据能量梯度进行优化的结果，我觉得这种问题应该可以通过调初始结构来解决。还有就是GV中对一些弱键，如氢键，是不会自动显示出来的。
个人的一点见解，不对不要拍砖啊。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-23 at 16:34 ]
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3楼2009-09-23 16:09:49
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-23 17:17
yjcmwgk(金币+0,VIP+0):看来3.1费您莫属了。还能回答其他问题吗？小卒恭候您的大驾光临，给那些初学者一点曙光 9-23 18:56
（3.1）答：
问题：用高斯进行几何优化后，在GaussView中发现断了根键（或者成键方式变化了），这是什么原因啊？

GaussView显示时的成键断键问题的确是对初学者的一个影响挺大的问题。
事实上各个版本的GaussView （包括最新的5.08）只是用来搭建模型和分析计算结果中各种性质。
GaussView对成键断键的判断还没有上升到使用波函数以及各种布居分析给出的键级的层次，在默认的情况下，它对成键与否的判断时唯一的判据是两个原子之间的距离。我想GaussView内部肯定对每一个原子都给出了一个最大成键半径，当两个原子之间的距离大于二者最大成键半径之和，那么默认是不显示成键的。GaussView是否显示成键只能作为一个小小的参考，因为他关于那个最大半径的定义很多时候是不合适的。
不过图形显示中是否成键是可以改变的，在GaussView默认外置的菜单中有一个图标，鼠标放上去会显示"Modify bond"，选中该图标，再去分子显示窗口中选择任意两个你要选择的原子，就可以为他们定义是否成键，成什么级别的键。
为了搭建模型方便，你可以让距离很远的两个原子通过键连起来，好一同移动，也可以让距离很近的两个原子之间断开键，以便调整相互位置。
在使用GaussView时，如果想保留你搭建模型时原子之间的连接关系，可以在计算设置选项卡的General选项卡中选择“Write connectivity”，这样保存后的输入文件下次打开时还会显示当前的连接关系。
由于输出文件.out或者.log不保存原子之间的连接关系，因此，使用GaussView打开输出文件时，程序还是通过原子之间的距离来判断是否成键。
如果想在打开优化之后的结构中显示你在输入文件中定义的连接关系，可以在输入文件中定义检查点文件，也就是在在计算设置选项卡的Link0选项卡中自行输入%chk=文件名.chk，这样计算完成后，用GaussView打开检查点文件会显示你开始定义的连接关系。需要注意的是，如果你的结构在优化的过程中变化较大，那么你开始定的连接关系有可能是错的。另外，如果在linux做的计算，而GaussView是windows版的，需要先使用Gaussian自带的formchk工具将检查点文件转换为.fchk文件才能在windows下打开。即在linux下执行：formchk 文件名.chk，将生成"文件名.fchk”文件
Gaussian计算需要很多的人为参与，使用GaussView软件的时候也是一样的。

[ Last edited by hairan on 2009-9-24 at 15:47 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
4楼2009-09-23 16:58:29
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