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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【活动】Gaussian的FAQ答案征集开始啦，回答者均有金币拿！
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-24 17:08
（1.4）答：
不一定非要用linux来计算，windows下也可以进行计算，windows的缺陷是在大量数据频繁读取方面显得不足，而且在linux下可以使用并行计算，设置多核。
linux也是一种系统，没有什么难不难的，那你说你现在使用的windows难不难？使用习惯就好了！
（3.3）答：
windows下如果开始使用gv，建议使用4.1以下版本，因为4.1在临时文件存储中在命名时带有中文的时间显示，有时候会导致gv打不开文件（使用虚拟盘可以解决这一问题，所以建议新手先不要急着用）。在gv存储路径中不应该有中文出现，所谓路径就是在你电脑分区中的位置，如e：\111\2\3.out。而桌面在电脑中的位置是C:\Documents and Settings\Administrator\桌面。所以放在桌面上的结果文件gv不会认识的！
（3.4）答：
可以修改编号的，如果使用的是gv，在edit-atom list里或者按在控制面板上的带个大写A的小图标就可以修改了，如果使用molden，在zmat editor里将要修改的编号删除，输入，然后回车就可以了！
（4.2）答：
刚开始接触的时候，先要搞明白gaussian是干什么的，在哪些方面有什么用，接下来就要慢慢研究高斯98中自带的例子（03中好像就没有了），再上网down一些关于这些例子的资料，google一下就可以找到，里面有很多种计算方法，自己算一下，搞明白是怎么来的，结果在哪个地方，输入文件中的命令都是什么意思，然后再对应的去查一下手册，以便以后自己计算的时候随心所用。
对于数学不太好的其实也没有关系，我们在进行量化计算，他不是纯粹的数学计算，不用非得拿个数学硕士才能学高斯，我想只要把自己研究方向中涉及到的数学理论复习一下，再运用到实践中去，效果是非常好的！
（4.4）答：
一开始的时候不用抠说明书的，要达到你想找的东西知道在哪找就可以了，这是个工具书，这就像是：如果你想学写作文，不用非得把汉语字典全部背下来一样！
（4.5）答：
刚才提到了，google一下，有关于这方面资料的，我记不住了，反正是肯定有，自己对应的算一下，然后在对应的看资料，就可以了！

[ Last edited by 虚谦 on 2009-9-26 at 10:05 ]
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大家都说我是个好人，其实，我也是这么想的~！
21楼2009-09-24 14:44:07
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blsas

铜虫 (初入文坛)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):4.2也还忍了，如果你问你的导师4.3这个问题，看他会不会拿大巴掌拍你 9-24 16:15
(2.3)答：
原则上方法很多，manual的所有功能都可以试一遍，个人的经验是，对于HF/KS-DFT的SCF如果最后输出的收敛范围和收敛标准很接近，可以guess=read重新做，估计再几个cycle会收敛到。否则，虽然可以更改初始猜测，包括将一个小基组收敛收敛的计算作为初始猜测，经常不是很有效。一般SCF=Fermi会有很大的帮助，缺点是ROHF/RO-KS-DFT不能做。再不行就用二次收敛吧，SCF=QC，一般都可以，但因为要算Hessian，可能慢一个数量级。
对于CASSCF的SCF不收敛，很难解决，可能活性空间不合理，也可能SCF=QC/RFO有时候会有改进，一般还是换molpro/molcas吧，高斯这方面的效率和功能都很弱
几何优化不收敛，可以用GaussView，勾上read intermediate geometry，如果最后能量和RMS震荡的，选一个在震荡居中的几何结构开始优化或者opt=gdiis或者calcfc，用精确的力常数改进优化过程，不过这样也会很贵。。。如果最后的结果不是震荡的，可能离平衡位置很远，考虑结构在化学上的合理性。。。
(4.2)&(4.3)答：
请垂询你的导师，这是最直接有效的方法
(4.4)答：
手册似乎不是一个最好的入门方式，网上有一些教程，比如清华吴国是的，郭勇的，南开某人的，和高斯公司的Exploring Chemistry with Electronic Structure Methods, 人肉搜索etc

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-9-24 at 18:41 ]
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22楼2009-09-24 16:04:15
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czyzsu

专家顾问 (文坛精英)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-25 09:27
（1.1）
版本一：高斯是不是免费的啊？ 答：高斯为商业软件，不是免费的。最新的为g09。
版本二：高斯哪里能下载啊？  答：充分利用搜索引擎。
版本三：高斯卖多少钱？  答：国内价格参看 http://www.baisi.net/thread-2806150-1-1.html 或者联系国内代理 http://www.tri-ibiotech.com.cn/
版本四：谁哪里有gaussian和gaussview，能不能传一份啊？  答：充分利用搜索引擎。
版本五：我从网上下载了一个Gaussian，能不能用它发文章啊？ 答：高斯为商业软件,有版权,需要合作。
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23楼2009-09-24 22:56:43
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S07111072

铁杆木虫 (著名写手)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):某些新人还会问后续问题：怎么判断单电子数啊？还有那个2|S|+1是怎么回事儿啊？S是什么东西？怎么算S啊？ 9-25 09:26
（2.5）答：自选多重度也就是单电子的数目了，一般没有单电子自选多重度为1，有点电子自选多重度就是单电子的数目加1
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24楼2009-09-25 09:21:28
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lsc84

铁杆木虫 (著名写手)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-25 12:47
（3.1）答：
         Gaussian View中有时候会出现“断键”的问题，可能与Gaussian View中默认的原子间的距离有关，如果两者间的距离大于某一特定值，可能会显示出断键。Gaussian View中还不能显示出弯间，比如说已硼烷中的硼氢桥键在Gaussian View就显示不出来，由于已硼烷中的硼与硼之间的距离较小，用Gaussian View画出的已硼烷的结构中会出现B-B键。
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25楼2009-09-25 11:29:08
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liuchun521

铁杆木虫 (著名写手)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励，虽然我知道你是复制粘贴的 9-25 17:27
（2.4）答   这个一般要看你的节点数 和 CPU 以及内存

集群测试环境：
操作系统：CentOS4
1个管理节点：2×CPU5410 16G内存 5×300GSAS硬盘做RAID5
8个计算节点：2×CPU5410 16G内存 2×143GSAS硬盘RAID0
以太网络链接：千兆网，TCP/IP协议
G03D01并行版（Linda7.1）
任务说明：主要测试并行SCF，共882个基函数，无对称性。
测试结果：

CPU数
n
运行时间
xn
效能

e

1 1920 　
2 1314 1.168  
4 803 1.157  
6 611 1.334  
8 527 1.648  
10 479 1.992  
12 455 2.416  
14 434 2.797  
16 432 3.355  

效能e是我自己定义的：e=(n*xn-1*1920)/(1920-xn)
其中分子表示用n个CPU并行处理时比单个cpu多付出的cpu时间（计算资源而非实际时间），分母表示用n个CPU并行时节省的实际时间。
效能e体现的是以单个CPU运行的时间为基础，用n个cpu并行运行任务时，每节省1秒钟实际时间所需要付出的CPU时间代价即计算资源。其值越小越好。
e即考虑了实际时间的节省又包括了计算资源的消耗。

从上表可以看出，当使用两个计算节点4个CPU时，e最小，并行效率最好。因此推荐使用4个CPU并行计算单个高斯任务，兼顾速度和效益。
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26楼2009-09-25 16:18:19
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liuchun521

铁杆木虫 (著名写手)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-25 17:28
（4.3）答：
      刚才写了一大堆 最后没保存，结果网页自动关了 我服。
      我的建议是最好可以学习一下量化的基础知识，如果由于时间等问题实在学不进去，可以先把软件学会，因为那些基础的公式，理论，都被gauss公司的工程师们编成程序了，你会用就可以做出一些东西。可以简单的分析一下。
     你们实验室要是有以前做过量化的师兄，那更好了，和学习一下就行，没有的话也无所谓。可以自己学，软件的东西很快就可以学会。
      写论文或是文章的时候可以看看人家是怎么写的，怎么分析的，学习一下。结合自己的体系，学着写。毕业论文和水平不是很高的文章应该没什么问题。
      要是你想发高水平文章必须好好学习基础的知识（量化）
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27楼2009-09-25 16:41:02
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
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yjcmwgk(金币+20,VIP+0):hairan先生的积极态度着实令我们感动啊！额外奖励20分！请允许我代表广大高斯初学者对您表示由衷的谢意！ 9-25 17:29
（2.5） 答
什么是自旋多重度？怎么设置？
后续问题：怎么判断单电子数啊？还有那个2|S|+1是怎么回事儿啊？S是什么东西？怎么算S啊？

量子化学中用到的自旋多重度是用来区分一组简并的波函数，这些波函数之间只存在自旋角动量的不同。
自旋多重度定义为2S+1，其中S是自旋角动量，它与体系内的单电子数(N)相关。S=N/2，所以说到底最简单的判断方法：自旋多重度等于单电子数+1。

  怎们判断体系单电子数需要计算者对自己研究的体系有着深入的了解，这是开展科研的前提，不是偷懒的理由。
  但有一点可以提醒Gaussian初学者，计算体系总电子数时需要加上体系的电荷，这样才不会算错单电子数。

  如果实在无法判断到底有几个单电子，那么根据体系的总电子数，算各种可能情况，找那个能量最低的。
体系总电子数为偶数：自旋多重度可能是1,3,5,7....
体系总电子数为奇数：自旋多重度可能是2,4,6,8....
  
下面介绍的的自旋多重度=2S+1的由来，没兴趣的略过，有兴趣可以参考。
  大学的化学书中提到了决定原子中每个电子唯一性的n, l, m, 和m(s)四个量子数，其中这个m(s)就是自旋量子数，理论研究表明它只有两个值，即：+1/2和-1/2，由于现在绝大多数量化计算都是基于原子轨道线性组合分子轨道的方法，所以此套参数可以扩展到分子体系，只不过换了个说法而已。
  如果一个原子轨道或者分子轨道的两个自旋轨道是充满的，因为其他三个量子数都一样，那么两个自旋量子数可以相互抵消，也就是这个轨道对体系的自旋角动量不产生贡献。
  如果体系中所有的占据轨道的两个自旋轨道都是充满的，那么整个体系是没有自旋角动量，也就是只有一种自旋状态（没有自旋）。如果体系内有一个占据轨道之占据了一个自旋轨道，而另一个自旋轨道是空的，那么体系的就分成了两个部分，一部分是没有自旋的全部充满的轨道构成，另一部分就是这个单电子产生的+1/2或者-1/2的自旋，所以此时体系的自旋多重度是2，如果体系有两个以上的单电子，根据电子排布规则，这些成单的电子优先占据与其他单电子占据的自旋方向一致的自旋轨道，所以从这个角度来说，这些电子之间的自旋是不能抵消的，而只能累加。这样就导致体系分成了单电子数+1个部分，即全充满的所有轨道是一个部分，而单占据的每个自旋轨道又是一个独自的部分，体系的自旋多重度就是单电子数+1。
  由于每个单电子产生|1/2|的自旋角动量，体系的总自旋角动量S为N*1/2,那么根据自旋多重度=单电子数+1，自旋多重度也就等于两倍的总自旋角动量2S加1，这也就是自旋多重度=2S+1的由来。

[ Last edited by hairan on 2009-9-25 at 17:26 ]
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
28楼2009-09-25 17:07:25
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-26 11:31
（2.2）答：
不能说2070是什么错误，是什么错误应该看最后终止在哪一步，例如l1就是命令行里有错误，301通常是自选多重度错误等，而且在结果文件中最后部分会给出错误的原因，以便联查修改！
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大家都说我是个好人，其实，我也是这么想的~！
29楼2009-09-26 10:03:58
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虚谦

至尊木虫 (正式写手)
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):回帖奖励 9-26 11:31
（3.2）答：
楼上已经有两位高手进行回答，我还想在这里补充一点，在使用内坐标的体系下，直接将要固定的量在坐标说明里直接标出来，也是可以的！
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大家都说我是个好人，其实，我也是这么想的~！
30楼2009-09-26 10:04:51
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