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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » PCR后电泳条带很浅，换了引物、重新提取了核酸也还是这样
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学员CSJmmu

铜虫 (小有名气)

[求助] PCR后电泳条带很浅，换了引物、重新提取了核酸也还是这样 已有2人参与

原本是想做荧光定量PCR，但是有些基因能扩增出来，有些不能，扩增出来的循环数都很高，所以做了普通的PCR测试引物的情况，结果就是条带非常浅。一开始是怀疑引物有问题，就从网上找了引物合成的详细步骤一步一步的做，结果条带还是很浅。所以想是不是模板有问题，因为线虫体壁裂解总是不彻底，所以这次直接提取了RNA，逆转录之后又跑了PCR，跑胶之前测了A260/280和A260/230，分别是1.807和2.331 。跑胶的结果还是非常浅的条带，但是marker是过曝的。不是有拖尾那种浅，看起来很干净，没有拖尾，就在最后有一条很浅的干净的条带。marker用的是DL2000的，产物的大小本来也该在最下面。现在怀疑是引物二聚体。但是换了这么多对引物，如果一直有引物二聚体，那是哪里的问题呢？求助大家，谢谢～
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1楼 2021-05-15 11:20:07
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匿名

用户注销 (小有名气)
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2楼2021-05-15 14:22:20
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jmqt7140

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
3楼2021-12-20 11:56:51
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jmqt7140

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2021-12-31 14:09:29
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zzsa

新虫 (初入文坛)
楼主你好 我想问问你怎么提的线虫RNA，用的什么试剂盒或者试剂

发自小木虫Android客户端
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5楼2022-06-29 09:32:27
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嚯嚯哈嘿19

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

cDNA浓度高吗？如果浓度足够的话，可以在pcr条件中适当提高cDNA的浓度，比如20ng，甚至500ng。另外小条带可以试试高浓度的琼脂糖胶，比如2%甚至更高一点，可以让引物二聚体适当与目的片段分离。如果提高了还是没有，那就换一家的引物合成试试
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6楼2022-07-01 10:49:46
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