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baiyidao

金虫 (小有名气)

[交流] 克隆测序总是有突变点

最近做克隆测序,用载体pMD19-T Simple Vector和大肠杆菌JM109,每次测序后有突变点,修复后筛选阳性克隆子,测序有在其他的地方出现突变点,这是什么原因引起的呢,请高手指教,帮忙分析一下。Sample TextSample Text
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xujian568

至尊木虫 (著名写手)

Count XU

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amisking(金币+3,VIP+0):欢迎发帖交流! 8-10 22:16
以前我也碰到过,我那个的缺失影响ORF的,主要在引物的下游一段,而且几次的缺失还是不一样的,后来一怒之下挑了10多个一起去测序,还好有一个是正确的,比较头疼。我当时怀疑:1.模板问题,杂质影响了PCR;2.pcr体系问题,不稳定;3.实验的操作污染;4.pcr仪器不行;5.PCR本身就有千分之零点多的误差允许,就咱碰到了;6.基因中个别碱基本来就是缺失的可能性也是有的。7.测序错误(当时我送的是上海生工)。
楼主再试试,dna/rna提取纯化下,优化一下克隆方法,注意实验的操作,再测一下,应该没有问题。
活着就要让人感受到你的存在。
3楼2009-08-10 22:07:38
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普通回帖

qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)

测序误差?
2楼2009-08-10 21:48:57
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lihaoexe

银虫 (小有名气)


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我也碰到了,而且两次突变点都一摸一样!郁闷
4楼2009-08-10 22:59:09
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huiee

金虫 (正式写手)

PCR有突变的很正常的吧
5楼2009-08-11 02:30:40
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michaelwuqingyu

金虫 (正式写手)


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不是用高保真酶的话突变很正常,但是在菌体内克隆很少突变,因为菌体内都有修复突变的机制
6楼2009-08-11 03:30:58
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zhangf323

新虫 (初入文坛)


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这应该是误差,很正常。可能是酶的原因,也可能是测序的时候造成的,但是有个办法可以避免。就是测序时多测几个样品。如果每个样品都在同一个位置发生同样的突变,那么这就是你的插入序列本身的突变,否则,就是测序过程造成的,这很正常。
7楼2009-08-11 14:46:02
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pqw1234

新虫 (初入文坛)


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我们实验室也多次遇到过这种情况,很头疼。后来我们改用了Transgene的一种pfu和Taq混合的酶来扩增,保真度很高,你可以去问问看!!本人不是托,用过了解决了这个问题,给你提个建议。
微生物
8楼2009-08-13 10:49:38
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panacea007

银虫 (小有名气)


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换个酶试试。

platinum + pfu, 兼顾保真性 和 扩增效率, 二者添加比例 20比1    10 比1也行。

其它还有很多公司的酶都可以嘛。

这个突变就是个概率事件了,有时候就遇上了。。。
9楼2009-08-13 12:53:30
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antibody01

金虫 (著名写手)

正常吧
生活就像强奸,无法反抗就要学会享受; 工作就像轮奸,你不行就要别人上; 社会就像自慰,一切都要靠自己的双手解决。
10楼2009-08-13 13:06:25
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