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xj22667

银虫 (小有名气)

[交流] 求助:重组质粒双酶切验证,电泳检测条带都偏大

最近做一个克隆,用的是PET-28a载体(5369bp),目的片段约300bp,转化后挑斑提质粒,双酶切(BamH 1、Hind 3)后电泳检测条带都偏大(Maker为1kp和Maker1) 中间四个为酶切产物 最后一个为空载体回收作对照  
切了好几次都是这样   为什么啊 郁闷!
是不是克隆又失败了 恳求各位高人指点

[ Last edited by xj22667 on 2009-7-30 at 17:10 ]
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zhuangqli

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
不太懂,学习下
2楼2009-07-30 17:03:58
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guotieying

银虫 (正式写手)

★ ★
司马诸葛(金币+2,VIP+0):谢谢交流 7-30 17:28
从你电泳的质量来看,比较差,因为试验中的每一个图片都有保存的价值。你的重组质粒跟空载比起来大(不从maker来看),说明质粒是重组成功的。但是却在目的片段附近看不到所需的酶切片段,1、你的重组质粒酶切不充分;2、目标片段太小,浓度不够;3、所提取的质粒质量比较差,所以导致了酶切不够或者失败。如果是用做论文的话,这个样子的酶切图是绝对用不成的,需要重新的组合,然后跑电泳拍照;4、假使原因2成立,那么你的浓度不够,大大增加了目标片段回收的难度,也给后续的操作曾加了很大的难度。
建议,重新提取质粒,或者是提纯质粒,然后再酶切。

[ Last edited by guotieying on 2009-7-30 at 17:15 ]
本来无一物,何处惹尘埃。
3楼2009-07-30 17:09:46
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shensc727

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
三楼说的很对,多说一句,你的300片段有点短,不知道你的胶浓度是多大的?要是比较小浓度的胶的话,很容易分不开的!仅供参考!
4楼2009-07-30 17:46:43
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xj22667

银虫 (小有名气)

途中在400那里隐约有条较淡的带  我用的胶是1%的  质粒是拿酚氯仿提的
5楼2009-07-30 18:27:37
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小猫三两只

金虫 (正式写手)

严重同意3楼和4楼!!!
6楼2009-07-31 08:22:58
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glucidum

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by xj22667 at 2009-7-30 18:27:
途中在400那里隐约有条较淡的带  我用的胶是1%的  质粒是拿酚氯仿提的

这个条带未必是400的,旁边的小Marker应该是受样品影响导致条带变形。
跑电泳时,loading buffer不要加的太多,我怀疑你样品中盐浓度太高,影响电泳结果了。
7楼2009-07-31 08:25:46
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haoqian6135

木虫 (正式写手)

蜗牛~


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
有可能是片段有些短,在跑的过程中消失了,你跑电泳时刚开始时就看看在300、400的范围内有没有条带,要是没有的话就得好好考虑一下啊
平和悦衲!
8楼2009-07-31 08:41:42
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michaelwuqingyu

金虫 (正式写手)

依据我的经验来看,你这个99%成功的克隆进去了,我看你前四个胶孔很亮,肯定是提取质粒有蛋白污染,正电荷的蛋白会和DNA结合,导致DNA跑不出去,也会让跑出去的DNA跑得慢些。另外,蛋白污染也会降低酶切效率,所以你酶切不完全,下面的条带DNA量很少,但是还是可以清晰地看到条带,应该没问题。你的问题就是plasmid 提取有问题,用好点的kit吧。你的胶跑成这样,我怀疑电压也有点大,产生热量太多,让胶变形,下次试着用小点电压。好运。
9楼2009-07-31 09:43:25
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xj22667

银虫 (小有名气)

感谢大家的分析 很有道理的 我再提质粒检测一次 3Q
10楼2009-07-31 10:56:14
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