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duzhibing

木虫 (小有名气)

[交流] 关于MEGA4建树的问题

用MEGA建树共有Neighbor-Joining、Minimum Evolution、Maximum Parsimony、UPGMA四种构建方法，其中用16S克隆文库做微生物多样性分析时通常用N-J法。N-J法中进化距离选项有No.of Difference、P-distance、Jokes-Cantor、Kimura 2-Parameter、Tajima-Nei、Tamura 3-Parameter、Tamura-Nei、LogDet（Tamura Kumar）、Maximum Composite Likelihood共7个选项。
      通常在16S克隆文库做微生物多样性分析中常用的选项为Jokes-Cantor或Kimura 2-Parameter。但是，我在用自己的序列建树时，选择Jokes-Cantor和Kimura 2-Parameter均无法进行构建，错误提示分别为：These formulas cannot be applied if the argument in the logarithm approaches zero or becomes negative.（Kimura 2-Parameter）和 If the proportion of sites that are different (nucleotides, synonymous, or nonsynonymous) is greater than or equal to 75%, the Jukes-Cantor correction cannot be applied. （Jokes-Cantor），只有在用软件默认的选项即Maximum Composite Likelihood才能构建成功。
     哪位高手比较了解MEGA的用法，请问，怎样处理序列才能是序列都符合建树要求？
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MEGA建立进化树的方法

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1楼 2009-07-30 15:47:17
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shfujim

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
http://pickup.mofile.com/9733059011171827 图示建树步骤
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2楼2009-08-19 09:36:29
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yituyitu

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
就用默认的模型，不要自己选择
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3楼2009-08-24 19:11:49
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franciszjm

金虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+1,VIP+0):欢迎发帖交流！ 8-24 21:40
你用的是哪个版本的MEGA 啊 我记得2是不行的 用4的 默认参数即可！
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4楼2009-08-24 21:24:14
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nlhnq55

银虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也要做的东西哎，呵呵，前车
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无穷般若心自在，语默动静体自然
5楼2009-08-25 19:44:10
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golen

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我用的就是MEGA4的，好像没出现你的问题，不行你把序列传给我，我给你做做！136420913（QQ），不知道能不能帮到你！
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6楼2009-08-26 15:55:58
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