| 查看: 1628 | 回复: 5 | ||||
| 当前主题已经存档。 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
duzhibing木虫 (小有名气)
|
[交流]
关于MEGA4建树的问题
|
|||
|
用MEGA建树共有Neighbor-Joining、Minimum Evolution、Maximum Parsimony、UPGMA四种构建方法，其中用16S克隆文库做微生物多样性分析时通常用N-J法。N-J法中进化距离选项有No.of Difference、P-distance、Jokes-Cantor、Kimura 2-Parameter、Tajima-Nei、Tamura 3-Parameter、Tamura-Nei、LogDet（Tamura Kumar）、Maximum Composite Likelihood共7个选项。 通常在16S克隆文库做微生物多样性分析中常用的选项为Jokes-Cantor或Kimura 2-Parameter。但是，我在用自己的序列建树时，选择Jokes-Cantor和Kimura 2-Parameter均无法进行构建，错误提示分别为：These formulas cannot be applied if the argument in the logarithm approaches zero or becomes negative.（Kimura 2-Parameter）和 If the proportion of sites that are different (nucleotides, synonymous, or nonsynonymous) is greater than or equal to 75%, the Jukes-Cantor correction cannot be applied. （Jokes-Cantor），只有在用软件默认的选项即Maximum Composite Likelihood才能构建成功。 哪位高手比较了解MEGA的用法，请问，怎样处理序列才能是序列都符合建树要求？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MEGA建立进化树的方法 |
» 猜你喜欢
湖北师范大学招调剂啦
已经有9人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有117人回复
-
天津商业大学 生物与医药课题组招生
已经有0人回复
-
生物化工学硕招收调剂
已经有0人回复
-
广东石油化工学院2026年硕士研究生需要多名生物，制药工程，食品专业的调剂生
已经有0人回复
-
化工申博
已经有3人回复
-
申博自荐
已经有3人回复
-
广西民族大学化学化工学院化学工程与技术学硕，材料化工专硕调剂名额充足！
已经有0人回复
4楼2009-08-24 21:24:14
shfujim
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 1365.4
- 散金: 24
- 红花: 51
- 帖子: 958
- 在线: 277.1小时
- 虫号: 547671
- 注册: 2008-04-17
- 专业: 水产生物遗传育种学
2楼2009-08-19 09:36:29
yituyitu
木虫 (正式写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 3923.1
- 散金: 53
- 红花: 12
- 帖子: 797
- 在线: 121.2小时
- 虫号: 483519
- 注册: 2007-12-26
- 专业: 微生物资源与分类学
3楼2009-08-24 19:11:49
5楼2009-08-25 19:44:10
20