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duzhibing木虫 (小有名气)
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关于MEGA4建树的问题
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用MEGA建树共有Neighbor-Joining、Minimum Evolution、Maximum Parsimony、UPGMA四种构建方法，其中用16S克隆文库做微生物多样性分析时通常用N-J法。N-J法中进化距离选项有No.of Difference、P-distance、Jokes-Cantor、Kimura 2-Parameter、Tajima-Nei、Tamura 3-Parameter、Tamura-Nei、LogDet（Tamura Kumar）、Maximum Composite Likelihood共7个选项。 通常在16S克隆文库做微生物多样性分析中常用的选项为Jokes-Cantor或Kimura 2-Parameter。但是，我在用自己的序列建树时，选择Jokes-Cantor和Kimura 2-Parameter均无法进行构建，错误提示分别为：These formulas cannot be applied if the argument in the logarithm approaches zero or becomes negative.（Kimura 2-Parameter）和 If the proportion of sites that are different (nucleotides, synonymous, or nonsynonymous) is greater than or equal to 75%, the Jukes-Cantor correction cannot be applied. （Jokes-Cantor），只有在用软件默认的选项即Maximum Composite Likelihood才能构建成功。 哪位高手比较了解MEGA的用法，请问，怎样处理序列才能是序列都符合建树要求？ |
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 MEGA建立进化树的方法 |
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2楼2009-08-19 09:36:29
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