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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】beilstein数据库导出的sd（sdf）文件
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】beilstein数据库导出的sd（sdf）文件

我在beilstein数据库中搜索分子后，导出了sd文件，可查看时都是二维平面分子，请问各位大虾，有没有什么办法直接导出三维的sd文件？谢谢！！！

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 22:54 ]
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1楼 2009-07-22 09:07:42
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
zhangh1985(金币+5,VIP+0):谢谢回答，还有问题向您请教！ 7-22 14:19
babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

顺便提一句：3d有什么用？
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2楼2009-07-22 11:42:34
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-22 11:42:
babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

顺便提一句：3d有什么用？

我在用QSAR软件中的力场优化分子结构时使用sd文件(sd文件是二维的),当优化完成后发现有的原本是R构型转变成了S构型，我就想是不是原本没确定3D结构的问题，请问如果不转换为3D的sd文件，能很好的优化，不出现构型转变的情况吗？谢谢，我刚开始学习这个，属低级菜鸟型，还请多指教！
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3楼2009-07-22 14:27:15
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
zhangh1985(金币+5,VIP+0):谢谢您的解答！ 7-22 18:40
首先，你用什么软件？是2维QSAR还是3维QSAR？

一般而言，2维QSAR很少考虑手性。
而3维QSAR(CoMFA)才会考虑这个。
当然，也有人专门开发了关于手性的描述参数（Chirality descriptor，作者：Alexander Golbraikh）。
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4楼2009-07-22 15:43:00
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-22 15:43:
首先，你用什么软件？是2维QSAR还是3维QSAR？

一般而言，2维QSAR很少考虑手性。
而3维QSAR(CoMFA)才会考虑这个。
当然，也有人专门开发了关于手性的描述参数（Chirality descriptor，作者：Alexander Golbra ...

您好，能否知道您的QQ或者什么别的即时通讯方式，我想详细的请教一下，
我的QQ：363096467，万分感谢！
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5楼2009-07-22 18:43:04
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-22 15:43:
首先，你用什么软件？是2维QSAR还是3维QSAR？

一般而言，2维QSAR很少考虑手性。
而3维QSAR(CoMFA)才会考虑这个。
当然，也有人专门开发了关于手性的描述参数（Chirality descriptor，作者：Alexander Golbra ...

您好！我想不管是做二维QSAR还是三维QSAR，如果数据库中查出来的构型是R构型，在QSAR中优化后转变为S构型，计算出的描述符总会不一样的吧？还有做QSAR只是第一步，以后可能还会做对接什么的，立体构型转变就不是原来的分子了，结果应该会有差别吧？谢谢！
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6楼2009-07-23 08:33:53
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wsq402

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+2,VIP+0):感谢交流！ 7-23 10:58
Beilsteincrossfire commander只能导出2D结构式，如果要3D的，就需要从dicoverygate上下载，不过诸如MDDR以及ACD的3D结构，也基本是软件转过来的。如果有2D结构式，且有转换软件，你可以自己转换成2D
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7楼2009-07-23 09:18:18
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wsq402 at 2009-7-23 09:18:
Beilsteincrossfire commander只能导出2D结构式，如果要3D的，就需要从dicoverygate上下载，不过诸如MDDR以及ACD的3D结构，也基本是软件转过来的。如果有2D结构式，且有转换软件，你可以自己转换成2D

您好，我不知道discoverygate是什么啊，是不是Elsevier有关啊，如果是Elsevier 里的东西，我是不是需要一个一个的输入化合物名找到3D结构再保存为sd文件呢？我试过openbabel这个转换软件，将2D结构转换为3D结构后发现还是有错误，是不是本来是2D的结构的，如果不指明其它条件，会不会软件自动转变为稳定构型，而不管化合物本身的R或S构型了呢？谢谢！
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8楼2009-07-23 10:05:34
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢交流！ 7-28 12:00
目前的QSAR描述参数，大约有2千种左右，99.99%是不考虑R/S或者Z/E的。
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9楼2009-07-23 11:25:36
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-23 11:25:
目前的QSAR描述参数，大约有2千种左右，99.99%是不考虑R/S或者Z/E的。

您好，那我要是以后要将小分子和蛋白质做对接的情况下，小分子的R/S构型会不会对结果产生影响呢？谢谢！
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10楼2009-07-23 12:59:53
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