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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


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Originally posted by zhangh1985 at 2009-7-23 12:59:
您好,那我要是以后要将小分子和蛋白质做对接的情况下,小分子的R/S构型会不会对结果产生影响呢?谢谢!

当然会!
11楼2009-07-23 14:57:36
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

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Originally posted by yalefield at 2009-7-23 14:57:


当然会!

也就是说我必须确定小分子的R/S构型了,可从beilstein中下载的2D构型到需要用的3D的sd文件构型不好解决啊,请问您能给指点一下吗?谢谢!
12楼2009-07-23 15:38:06
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

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(1)不要指望分子对接能处理大量小分子。不管是什么来历的小分子,最好亲自逐个过目,进行结构优化(包括手性)。

(2)2D转化为3D,babelwin 2.2的版本是最好的。

(3)Beilstein导出的2D文件,应该有手性的信息。但是这个信息是不是能够被其它程序识别,那就另当别论了。

请你给出具体的工作路线、具体的分子(带有手性的、文本格式)
13楼2009-07-23 16:13:42
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-23 16:13:
(1)不要指望分子对接能处理大量小分子。不管是什么来历的小分子,最好亲自逐个过目,进行结构优化(包括手性)。

(2)2D转化为3D,babelwin 2.2的版本是最好的。

(3)Beilstein导出的2D文件,应该有手性 ...

(1):嗯,是应该逐个过目的,谢谢,我知道了。
(2):没找到babelwin 2.2,下载了openbabel,能转换为3D的,但是自己验  
          证后发现还是有错误的,也许如你所说beilstein导出的手性信息
          openbabel不识别吧,最后只有放弃。
(3):我要做的步骤是这样的:
      a:输入一个中草药名称,在beilstein数据库里查找出该草药所含的化合物,
           导出sd文件。
      b:把上述sd文件导入C2中,优化结构,发现优化后的结构的R/S信息和
           beilstein数据库中2D分子显示的R/S构型不同。
      c:我想做的是优化结构后的分子的R/S构型和beilstein数据库中2D分子显示
          的R/S要保持一致,这样才是原来的分子。
    注:beilstein数据库中的2D分子是用楔形键(实键和虚键)显示的R/S构型,
          从数据库中导出的sd文件Z坐标轴显示的全是0,就应该代表是2D的吧。
14楼2009-07-23 20:38:11
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
抱歉,应该是OpenBabel 2.2(以前的版本不支持3D)
建议,用C2或者Chem3D,或者什么方便的程序(Hyperchem之类的)。
如果R/S不正确,自己把它修改过来就是了。不就是翻转一下吗?移动一个原子即可。然后,再做一下结构优化。完工。

这是给谁卖命啊?这么有钱?
15楼2009-07-23 21:25:30
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

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Originally posted by yalefield at 2009-7-23 21:25:
抱歉,应该是OpenBabel 2.2(以前的版本不支持3D)
建议,用C2或者Chem3D,或者什么方便的程序(Hyperchem之类的)。
如果R/S不正确,自己把它修改过来就是了。不就是翻转一下吗?移动一个原子即可。然后,再做 ...

嗯,没有办法了,只有用C2直接弄了,要一个一个得核对了,很麻烦啊。翻转
是比较容易,但是R/S的位置有时很难对上号,要详细的比对才行啊,几百个分子不知道啥时候才能完全弄好呢……
谢谢您啊,多谢这两天您的指导,还有在看到网上看到您的一些回帖,真是牛人,很佩服您!!!呵呵
(导师姓名不便说,还请原谅啊!)
16楼2009-07-23 22:20:38
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
beilstein数据库的2d哪里有下载,还是花钱买的?给个下载的网址,可好?谢谢。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
17楼2009-07-25 14:03:25
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-7-25 14:03:
beilstein数据库的2d哪里有下载,还是花钱买的?给个下载的网址,可好?谢谢。

我刚来实验室,师兄师姐指导我下载的,我们实验室能用,不知道你们能用不?用的是MDL CrossFire Command 7.0
18楼2009-07-25 17:13:48
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wsq402

铁杆木虫 (著名写手)

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dicoverygate 中也有beilstein数据库,并且有其他多个化合物和药物库,搜索化合物时注意检索策略,一个一个保存,当然很麻烦。openbabel应该是2D及以下的格式转换工具,化合物库直接转成3D 目前似乎没有免费的。
19楼2009-07-27 09:37:09
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


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Originally posted by wsq402 at 2009-7-27 09:37:
openbabel应该是2D及以下的格式转换工具,化合物库直接转成3D 目前似乎没有免费的。

openbabel从2.2.1版开始支持3D咯
20楼2009-07-27 10:15:06
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