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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】beilstein数据库导出的sd（sdf）文件
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
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Originally posted by zhangh1985 at 2009-7-23 12:59:
您好，那我要是以后要将小分子和蛋白质做对接的情况下，小分子的R/S构型会不会对结果产生影响呢？谢谢！

当然会!
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11楼2009-07-23 14:57:36
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
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Originally posted by yalefield at 2009-7-23 14:57:


当然会!

也就是说我必须确定小分子的R/S构型了，可从beilstein中下载的2D构型到需要用的3D的sd文件构型不好解决啊，请问您能给指点一下吗？谢谢！
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12楼2009-07-23 15:38:06
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
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（1）不要指望分子对接能处理大量小分子。不管是什么来历的小分子，最好亲自逐个过目，进行结构优化（包括手性）。

（2）2D转化为3D，babelwin 2.2的版本是最好的。

（3）Beilstein导出的2D文件，应该有手性的信息。但是这个信息是不是能够被其它程序识别，那就另当别论了。

请你给出具体的工作路线、具体的分子（带有手性的、文本格式）
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13楼2009-07-23 16:13:42
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-23 16:13:
（1）不要指望分子对接能处理大量小分子。不管是什么来历的小分子，最好亲自逐个过目，进行结构优化（包括手性）。

（2）2D转化为3D，babelwin 2.2的版本是最好的。

（3）Beilstein导出的2D文件，应该有手性 ...

（1）：嗯，是应该逐个过目的，谢谢，我知道了。
（2）：没找到babelwin 2.2，下载了openbabel，能转换为3D的，但是自己验  
          证后发现还是有错误的，也许如你所说beilstein导出的手性信息
          openbabel不识别吧，最后只有放弃。
（3）：我要做的步骤是这样的：
      a：输入一个中草药名称，在beilstein数据库里查找出该草药所含的化合物，
           导出sd文件。
      b：把上述sd文件导入C2中，优化结构，发现优化后的结构的R/S信息和
           beilstein数据库中2D分子显示的R/S构型不同。
      c：我想做的是优化结构后的分子的R/S构型和beilstein数据库中2D分子显示
          的R/S要保持一致，这样才是原来的分子。
    注：beilstein数据库中的2D分子是用楔形键（实键和虚键）显示的R/S构型，
          从数据库中导出的sd文件Z坐标轴显示的全是0，就应该代表是2D的吧。
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14楼2009-07-23 20:38:11
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yalefield

金虫 (文坛精英)

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抱歉，应该是OpenBabel 2.2（以前的版本不支持3D）
建议，用C2或者Chem3D，或者什么方便的程序（Hyperchem之类的）。
如果R/S不正确，自己把它修改过来就是了。不就是翻转一下吗？移动一个原子即可。然后，再做一下结构优化。完工。

这是给谁卖命啊？这么有钱？
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15楼2009-07-23 21:25:30
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-23 21:25:
抱歉，应该是OpenBabel 2.2（以前的版本不支持3D）
建议，用C2或者Chem3D，或者什么方便的程序（Hyperchem之类的）。
如果R/S不正确，自己把它修改过来就是了。不就是翻转一下吗？移动一个原子即可。然后，再做 ...

嗯，没有办法了，只有用C2直接弄了，要一个一个得核对了，很麻烦啊。翻转
是比较容易，但是R/S的位置有时很难对上号，要详细的比对才行啊，几百个分子不知道啥时候才能完全弄好呢……
谢谢您啊，多谢这两天您的指导，还有在看到网上看到您的一些回帖，真是牛人，很佩服您！！！呵呵
（导师姓名不便说，还请原谅啊！）
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16楼2009-07-23 22:20:38
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tjegg

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beilstein数据库的2d哪里有下载，还是花钱买的？给个下载的网址，可好？谢谢。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
17楼2009-07-25 14:03:25
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zhangh1985

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Originally posted by tjegg at 2009-7-25 14:03:
beilstein数据库的2d哪里有下载，还是花钱买的？给个下载的网址，可好？谢谢。

我刚来实验室，师兄师姐指导我下载的，我们实验室能用，不知道你们能用不？用的是MDL CrossFire Command 7.0
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18楼2009-07-25 17:13:48
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wsq402

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dicoverygate 中也有beilstein数据库，并且有其他多个化合物和药物库，搜索化合物时注意检索策略，一个一个保存，当然很麻烦。openbabel应该是2D及以下的格式转换工具，化合物库直接转成3D 目前似乎没有免费的。
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19楼2009-07-27 09:37:09
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yalefield

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Originally posted by wsq402 at 2009-7-27 09:37:
openbabel应该是2D及以下的格式转换工具，化合物库直接转成3D 目前似乎没有免费的。

openbabel从2.2.1版开始支持3D咯
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20楼2009-07-27 10:15:06
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