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zhangh1985木虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】beilstein数据库导出的sd（sdf）文件
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我在beilstein数据库中搜索分子后，导出了sd文件，可查看时都是二维平面分子，请问各位大虾，有没有什么办法直接导出三维的sd文件？谢谢！！！ [ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 22:54 ] |
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（1）：嗯，是应该逐个过目的，谢谢，我知道了。 （2）：没找到babelwin 2.2，下载了openbabel，能转换为3D的，但是自己验 证后发现还是有错误的，也许如你所说beilstein导出的手性信息 openbabel不识别吧，最后只有放弃。 （3）：我要做的步骤是这样的： a：输入一个中草药名称，在beilstein数据库里查找出该草药所含的化合物， 导出sd文件。 b：把上述sd文件导入C2中，优化结构，发现优化后的结构的R/S信息和 beilstein数据库中2D分子显示的R/S构型不同。 c：我想做的是优化结构后的分子的R/S构型和beilstein数据库中2D分子显示 的R/S要保持一致，这样才是原来的分子。 注：beilstein数据库中的2D分子是用楔形键（实键和虚键）显示的R/S构型， 从数据库中导出的sd文件Z坐标轴显示的全是0，就应该代表是2D的吧。 |
14楼2009-07-23 20:38:11
yalefield
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2楼2009-07-22 11:42:34
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3楼2009-07-22 14:27:15
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4楼2009-07-22 15:43:00