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zhangh1985

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】beilstein数据库导出的sd(sdf)文件

我在beilstein数据库中搜索分子后,导出了sd文件,可查看时都是二维平面分子,请问各位大虾,有没有什么办法直接导出三维的sd文件?谢谢!!!

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 22:54 ]
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-23 21:25:
抱歉,应该是OpenBabel 2.2(以前的版本不支持3D)
建议,用C2或者Chem3D,或者什么方便的程序(Hyperchem之类的)。
如果R/S不正确,自己把它修改过来就是了。不就是翻转一下吗?移动一个原子即可。然后,再做 ...

嗯,没有办法了,只有用C2直接弄了,要一个一个得核对了,很麻烦啊。翻转
是比较容易,但是R/S的位置有时很难对上号,要详细的比对才行啊,几百个分子不知道啥时候才能完全弄好呢……
谢谢您啊,多谢这两天您的指导,还有在看到网上看到您的一些回帖,真是牛人,很佩服您!!!呵呵
(导师姓名不便说,还请原谅啊!)
16楼2009-07-23 22:20:38
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★
zhangh1985(金币+5,VIP+0):谢谢回答,还有问题向您请教! 7-22 14:19
babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

顺便提一句:3d有什么用?
2楼2009-07-22 11:42:34
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-22 11:42:
babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

顺便提一句:3d有什么用?

我在用QSAR软件中的力场优化分子结构时使用sd文件(sd文件是二维的),当优化完成后发现有的原本是R构型转变成了S构型,我就想是不是原本没确定3D结构的问题,请问如果不转换为3D的sd文件,能很好的优化,不出现构型转变的情况吗?谢谢,我刚开始学习这个,属低级菜鸟型,还请多指教!
3楼2009-07-22 14:27:15
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★
zhangh1985(金币+5,VIP+0):谢谢您的解答! 7-22 18:40
首先,你用什么软件?是2维QSAR还是3维QSAR?

一般而言,2维QSAR很少考虑手性。
而3维QSAR(CoMFA)才会考虑这个。
当然,也有人专门开发了关于手性的描述参数(Chirality descriptor,作者:Alexander Golbraikh)。
4楼2009-07-22 15:43:00
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