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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】beilstein数据库导出的sd（sdf）文件
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wsq402 at 2009-7-27 09:37:
dicoverygate 中也有beilstein数据库，并且有其他多个化合物和药物库，搜索化合物时注意检索策略，一个一个保存，当然很麻烦。openbabel应该是2D及以下的格式转换工具，化合物库直接转成3D 目前似乎没有免费的。

谢谢您！不过我不知道discoverygate，也不会用，现在已经开始一个一个画分子了。openbabel现在可以转3d的，不过我发现转后好多构型不对，也就没用了。再次感谢！
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21楼2009-07-27 22:17:18
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-27 10:15:


openbabel从2.2.1版开始支持3D咯

谢谢您的指导！我试过openbabel，是能转换为3d的，不过构型还是老多不对，也许是平面R和S构型识别不清吧，不清楚原因。看了你不少回帖，很佩服，呵呵！谢谢！
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22楼2009-07-27 22:19:58
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
从Beilstein里导出的2D分子结构里，如果本身就没有记录立体信息，那无论如何也无法转化出带有正确立体信息的3D结构。
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23楼2009-07-27 22:30:22
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-27 22:30:
从Beilstein里导出的2D分子结构里，如果本身就没有记录立体信息，那无论如何也无法转化出带有正确立体信息的3D结构。

我用文本文档打开后，发现z轴都是0，算不算没用记录立体信息呢？（平面分子时用粗线和虚线表示的立体R或S构型的）
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24楼2009-07-27 23:02:14
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+3,VIP+0):谢谢交流！ 7-28 12:00
既然是2D，Z轴当然就是0咯。
立体信息，不看坐标。

你去Symyx（原来的MDL）公司，免费注册、下载CTFile Format.pdf
里面详细讲解了MOL格式，其中包括立体信息是怎么记录的。
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25楼2009-07-28 00:37:19
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢交流！ 7-28 12:01
我用Chemdraw画2D结构，然后用Concord转化3D，构型没有出错。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
26楼2009-07-28 06:44:50
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-28 00:37:
既然是2D，Z轴当然就是0咯。
立体信息，不看坐标。

你去Symyx（原来的MDL）公司，免费注册、下载CTFile Format.pdf
里面详细讲解了MOL格式，其中包括立体信息是怎么记录的。

嗯，好的，非常感谢，呵呵！
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27楼2009-07-28 17:14:34
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-7-28 06:44:
我用Chemdraw画2D结构，然后用Concord转化3D，构型没有出错。

Chemdraw画出的分子用Concord转化后能导出sd文件吗？我需要的是有3d信息的sd文件，谢谢。
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28楼2009-07-28 17:16:07
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangh1985 at 2009-7-28 17:16:



Chemdraw画出的分子用Concord转化后能导出sd文件吗？我需要的是有3d信息的sd文件，谢谢。

哦，说错了，那样出来的是mol2文件。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
29楼2009-07-29 06:56:19
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
信Babel，得SD
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30楼2009-07-29 09:16:59
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