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zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by wsq402 at 2009-7-27 09:37:
dicoverygate 中也有beilstein数据库,并且有其他多个化合物和药物库,搜索化合物时注意检索策略,一个一个保存,当然很麻烦。openbabel应该是2D及以下的格式转换工具,化合物库直接转成3D 目前似乎没有免费的。

谢谢您!不过我不知道discoverygate,也不会用,现在已经开始一个一个画分子了。openbabel现在可以转3d的,不过我发现转后好多构型不对,也就没用了。再次感谢!
21楼2009-07-27 22:17:18
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-27 10:15:


openbabel从2.2.1版开始支持3D咯

谢谢您的指导!我试过openbabel,是能转换为3d的,不过构型还是老多不对,也许是平面R和S构型识别不清吧,不清楚原因。看了你不少回帖,很佩服,呵呵!谢谢!
22楼2009-07-27 22:19:58
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
从Beilstein里导出的2D分子结构里,如果本身就没有记录立体信息,那无论如何也无法转化出带有正确立体信息的3D结构。
23楼2009-07-27 22:30:22
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-27 22:30:
从Beilstein里导出的2D分子结构里,如果本身就没有记录立体信息,那无论如何也无法转化出带有正确立体信息的3D结构。

我用文本文档打开后,发现z轴都是0,算不算没用记录立体信息呢?(平面分子时用粗线和虚线表示的立体R或S构型的)
24楼2009-07-27 23:02:14
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mingdong(金币+3,VIP+0):谢谢交流! 7-28 12:00
既然是2D,Z轴当然就是0咯。
立体信息,不看坐标。

你去Symyx(原来的MDL)公司,免费注册、下载CTFile Format.pdf
里面详细讲解了MOL格式,其中包括立体信息是怎么记录的。
25楼2009-07-28 00:37:19
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢交流! 7-28 12:01
我用Chemdraw画2D结构,然后用Concord转化3D,构型没有出错。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
26楼2009-07-28 06:44:50
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-28 00:37:
既然是2D,Z轴当然就是0咯。
立体信息,不看坐标。

你去Symyx(原来的MDL)公司,免费注册、下载CTFile Format.pdf
里面详细讲解了MOL格式,其中包括立体信息是怎么记录的。

嗯,好的,非常感谢,呵呵!
27楼2009-07-28 17:14:34
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-7-28 06:44:
我用Chemdraw画2D结构,然后用Concord转化3D,构型没有出错。

Chemdraw画出的分子用Concord转化后能导出sd文件吗?我需要的是有3d信息的sd文件,谢谢。
28楼2009-07-28 17:16:07
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhangh1985 at 2009-7-28 17:16:



Chemdraw画出的分子用Concord转化后能导出sd文件吗?我需要的是有3d信息的sd文件,谢谢。

哦,说错了,那样出来的是mol2文件。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
29楼2009-07-29 06:56:19
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

信Babel,得SD
30楼2009-07-29 09:16:59
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