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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】beilstein数据库导出的sd（sdf）文件
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zhangh1985

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】beilstein数据库导出的sd（sdf）文件

我在beilstein数据库中搜索分子后，导出了sd文件，可查看时都是二维平面分子，请问各位大虾，有没有什么办法直接导出三维的sd文件？谢谢！！！

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 22:54 ]
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1楼 2009-07-22 09:07:42
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-7-28 06:44:
我用Chemdraw画2D结构，然后用Concord转化3D，构型没有出错。

Chemdraw画出的分子用Concord转化后能导出sd文件吗？我需要的是有3d信息的sd文件，谢谢。
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28楼2009-07-28 17:16:07
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
zhangh1985(金币+5,VIP+0):谢谢回答，还有问题向您请教！ 7-22 14:19
babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

顺便提一句：3d有什么用？
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2楼2009-07-22 11:42:34
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zhangh1985

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-22 11:42:
babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

顺便提一句：3d有什么用？

我在用QSAR软件中的力场优化分子结构时使用sd文件(sd文件是二维的),当优化完成后发现有的原本是R构型转变成了S构型，我就想是不是原本没确定3D结构的问题，请问如果不转换为3D的sd文件，能很好的优化，不出现构型转变的情况吗？谢谢，我刚开始学习这个，属低级菜鸟型，还请多指教！
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3楼2009-07-22 14:27:15
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
zhangh1985(金币+5,VIP+0):谢谢您的解答！ 7-22 18:40
首先，你用什么软件？是2维QSAR还是3维QSAR？

一般而言，2维QSAR很少考虑手性。
而3维QSAR(CoMFA)才会考虑这个。
当然，也有人专门开发了关于手性的描述参数（Chirality descriptor，作者：Alexander Golbraikh）。
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4楼2009-07-22 15:43:00
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