24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 1344  |  回复: 32
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhangh1985

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】beilstein数据库导出的sd(sdf)文件

我在beilstein数据库中搜索分子后,导出了sd文件,可查看时都是二维平面分子,请问各位大虾,有没有什么办法直接导出三维的sd文件?谢谢!!!

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-15 at 22:54 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
mingdong(金币+1,VIP+0):谢谢交流! 7-28 12:00
目前的QSAR描述参数,大约有2千种左右,99.99%是不考虑R/S或者Z/E的。
9楼2009-07-23 11:25:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 33 个回答

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★
zhangh1985(金币+5,VIP+0):谢谢回答,还有问题向您请教! 7-22 14:19
babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

顺便提一句:3d有什么用?
2楼2009-07-22 11:42:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangh1985

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-7-22 11:42:
babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

顺便提一句:3d有什么用?

我在用QSAR软件中的力场优化分子结构时使用sd文件(sd文件是二维的),当优化完成后发现有的原本是R构型转变成了S构型,我就想是不是原本没确定3D结构的问题,请问如果不转换为3D的sd文件,能很好的优化,不出现构型转变的情况吗?谢谢,我刚开始学习这个,属低级菜鸟型,还请多指教!
3楼2009-07-22 14:27:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

★ ★ ★ ★ ★
zhangh1985(金币+5,VIP+0):谢谢您的解答! 7-22 18:40
首先,你用什么软件?是2维QSAR还是3维QSAR?

一般而言,2维QSAR很少考虑手性。
而3维QSAR(CoMFA)才会考虑这个。
当然,也有人专门开发了关于手性的描述参数(Chirality descriptor,作者:Alexander Golbraikh)。
4楼2009-07-22 15:43:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见