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quejing26

新虫 (小有名气)

[求助] Inverse—PCR 已有1人参与

之前实验室一直用inversespcr定位外缘插入片段,我们是做植物,最近一个月,一直做不出来,跑胶全是空白,酶以及其他试剂几乎换了个遍,就是不行,大家有没有遇到类似情况,求助!

@wizardfan @biostar2009 发自小木虫IOS客户端
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smiss

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
首先 这类实验你一定要确定不是技术问题,
最好的方法是
你找个做过inverse pcr的人带你做
我以前也是做一个月做不出来
后来发现是酶坏了(被师弟放在室温下太久了,变质了)。
后来发现pcr cycles温度不太对(92-55-72)。
后来发现跑胶的染料变质,染不上去。
最后找个分子生物学专家帮忙才顺利解决。
你一定要找个曾经成功过的人带你,而且要先确认你的所有材料都是好的,技术环节不出错

其次 即使技术环节不出错,
inverse pcr这个技术本身,
也未必可以成功。
这个纯粹看运气,
你定位插入的地方,
如果距离切割(限制性内切酶)的地方太远,
比如2w个base pairs(有点夸张的比喻),
那你肯定pcr不成。
这种情况要做full genome sequence,烧钱是唯一的办法。
2楼2020-07-30 09:21:39
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smiss

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

接上一条,
你可以考虑用什么long pcr kit(长链pcr的工具),
可能成功率会高点,
也只是说成功率高点:不能保证成功。
3楼2020-07-30 09:24:22
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smiss

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先 这类实验你一定要确定不是技术问题,
最好的方法是
你找个做过inverse pcr的人带你做
我以前也是做一个月做不出来
后来发现是酶坏了(被师弟放在室温下太久了,变质了)。
后来发现pcr cycles温度不太对(92-55-72)。
后来发现跑胶的染料变质,染不上去。
最后找个分子生物学专家帮忙才顺利解决。
你一定要找个曾经成功过的人带你,而且要先确认你的所有材料都是好的,技术环节不出错

其次 即使技术环节不出错,
inverse pcr这个技术本身,
也未必可以成功。
这个纯粹看运气,
你定位插入的地方,
如果距离切割(限制性内切酶)的地方太远,
比如2w个base pairs(有点夸张的比喻),
那你肯定pcr不成。
这种情况要做full genome sequence,烧钱是唯一的办法。
4楼2020-07-30 09:24:53
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quejing26

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by smiss at 2020-07-30 09:24:53
首先 这类实验你一定要确定不是技术问题,
最好的方法是
你找个做过inverse pcr的人带你做
我以前也是做一个月做不出来
后来发现是酶坏了(被师弟放在室温下太久了,变质了)。
后来发现pcr cycles温度不太对( ...

谢谢回答,不是很会用小木虫,抱歉才看到,整个体系之前实验室做了一年,非常成熟,师兄带我做的,后来师兄毕业了,我们是做很多独立样品,而且是四碱基酶,所以做一次二十多个样品,如果成功的话不会一个也做不出来,各种试剂没有问题,酶和引物都用新的,循环我也用的55度,我还会进行二次循环,用58度,最近一直在做,还是不行,有点气馁了

发自小木虫IOS客户端
5楼2020-12-24 22:26:39
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十口日月

铜虫 (小有名气)

有过类似问题,一直检查不出来。试剂换了个品牌才好了。

发自小木虫IOS客户端
某一个路人
6楼2021-10-12 10:52:46
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