24小时热门版块排行榜    

查看: 934  |  回复: 4
【悬赏金币】回答本帖问题,作者舞翼hy飘将赠送您 24 个金币

舞翼hy飘

新虫 (初入文坛)

[求助] 解离常数理论计算已有1人参与

各位前辈,我现在需要计算蛋白和分子的结合能,因为疫情在家条件有限,没有安装gromacs。所以希望用公式binding energy=RT*ln10^(-pKd)来计算结合能。但是其中的解离常数Kd如何获取。目前已经用DS完成了蛋白和分子的对接。

或者,有没有其他比较可靠的计算结合能的方法呢?感谢各位了。

发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木翔AI

新虫 (著名写手)

2楼2020-03-15 13:16:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木翔AI

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-03-15 13:16:34
mmgbsa

我这边可以进行mmgbsa计算,有兴趣?

发自小木虫Android客户端
3楼2020-03-15 13:18:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用Amber吧,然后算MMPBSA结合自由能,百度搜索《分子动力学教程 分子动力学模拟(Amber 20)》和《【分子动力学教程】结合自由能计算(MM/PB(GB)SA)》。
4楼2021-11-26 19:17:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hnhkice

新虫 (小有名气)

我这边可以帮助计算,有需求私信留个联系方式
5楼2021-12-02 11:28:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 舞翼hy飘 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 化学口B0109(高分子合成),拿青年基金一般需要怎样的文章水平? +9 salmon95 2024-05-30 16/800 2024-05-30 16:15 by 凑合着来
[论文投稿] 通讯作者一定要放在署名的最后一个吗? 5+5 轨迹永远 2024-05-24 12/600 2024-05-30 16:13 by 泛Berlin
[考博] 申请2024或2025年博士研究生 +4 嘟噜嘟1 2024-05-29 7/350 2024-05-30 16:05 by 嘟噜嘟1
[教师之家] 研究生在毕业答辩时挂了,遗憾 +8 spacr2022 2024-05-27 11/550 2024-05-30 15:58 by xuechenli
[硕博家园] 每到中夜,情难自抑 +27 sioc-sunj 2024-05-28 48/2400 2024-05-30 15:52 by scrutiny
[论文投稿] 纠结选哪一个期刊,电化学领域 50+6 Freya163 2024-05-28 6/300 2024-05-30 14:18 by icm639
[硕博家园] 哈工大硕博招生!博士每月入学! +3 nailooo 2024-05-30 3/150 2024-05-30 13:59 by 山里人2
[基金申请] 基金上会 +15 mrKiller 2024-05-25 24/1200 2024-05-30 13:06 by mrKiller
[论文投稿] 《控制理论与应用》期刊收版面费吗? +4 ygj2015 2024-05-29 4/200 2024-05-30 06:59 by nono2009
[硕博家园] 又想换工作 +15 brightmj 2024-05-27 20/1000 2024-05-29 23:25 by zyqchem
[考博] 导师不让硕转博,让我去国外读博,能理解吗? +9 萧山幽谷 2024-05-29 15/750 2024-05-29 21:52 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 讨论贴:好本子一定会被打招呼的淘汰吗 +34 ioe3937 2024-05-27 44/2200 2024-05-29 19:51 by 3115321
[基金申请] 信息学部函评结束了吗? +6 ducan21 2024-05-28 7/350 2024-05-29 12:10 by WORLD0256
[教师之家] 在大地上我们只过一生---看完我的阿勒泰上头了好几天,完结那天晚上几乎失眠 +8 瞬息宇宙 2024-05-27 9/450 2024-05-29 08:39 by wangwei4034
[基金申请] E05青基有几个评审 +4 KYXY123 2024-05-28 4/200 2024-05-28 19:25 by popt2t
[有机交流] 机理求助 200+4 15147165026 2024-05-26 10/500 2024-05-28 14:42 by 江东闲人
[有机交流] 奇怪的物质 100+4 桃桃PXS 2024-05-27 7/350 2024-05-28 10:22 by 091602
[基金申请] 面上基金会评专家,有回避机制吗? +4 huang1991js 2024-05-27 4/200 2024-05-27 19:08 by 星火12
[基金申请] 感觉自然基金限制通过比例就是有点扯,学学B口,化学学部,不限制比例。 +10 wsjing 2024-05-26 14/700 2024-05-27 11:57 by kanmiaolucky
[考博] 24年还有机会申博吗,求博导收留 +3 鄙人康康 2024-05-23 6/300 2024-05-27 00:29 by 鄙人康康
信息提示
请填处理意见