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舞翼hy飘

新虫 (初入文坛)

[求助] 解离常数理论计算 已有1人参与

各位前辈,我现在需要计算蛋白和分子的结合能,因为疫情在家条件有限,没有安装gromacs。所以希望用公式binding energy=RT*ln10^(-pKd)来计算结合能。但是其中的解离常数Kd如何获取。目前已经用DS完成了蛋白和分子的对接。

或者,有没有其他比较可靠的计算结合能的方法呢?感谢各位了。

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小木翔AI

新虫 (著名写手)

2楼2020-03-15 13:16:34
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小木翔AI

新虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-03-15 13:16:34
mmgbsa

我这边可以进行mmgbsa计算,有兴趣?

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3楼2020-03-15 13:18:52
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用Amber吧,然后算MMPBSA结合自由能,百度搜索《分子动力学教程 分子动力学模拟(Amber 20)》和《【分子动力学教程】结合自由能计算(MM/PB(GB)SA)》。
4楼2021-11-26 19:17:59
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hnhkice

新虫 (小有名气)

我这边可以帮助计算,有需求私信留个联系方式
5楼2021-12-02 11:28:25
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