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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 解离常数理论计算
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舞翼hy飘

新虫 (初入文坛)

[求助] 解离常数理论计算已有1人参与

各位前辈，我现在需要计算蛋白和分子的结合能，因为疫情在家条件有限，没有安装gromacs。所以希望用公式binding energy=RT*ln10^（-pKd）来计算结合能。但是其中的解离常数Kd如何获取。目前已经用DS完成了蛋白和分子的对接。

或者，有没有其他比较可靠的计算结合能的方法呢？感谢各位了。

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1楼2020-03-15 10:57:18
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
mmgbsa

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2楼2020-03-15 13:16:34
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-03-15 13:16:34
mmgbsa

我这边可以进行mmgbsa计算，有兴趣?

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3楼2020-03-15 13:18:52
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用Amber吧，然后算MMPBSA结合自由能，百度搜索《分子动力学教程 分子动力学模拟（Amber 20）》和《【分子动力学教程】结合自由能计算（MM/PB(GB)SA）》。
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4楼2021-11-26 19:17:59
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hnhkice

新虫 (小有名气)
我这边可以帮助计算，有需求私信留个联系方式
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5楼2021-12-02 11:28:25
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