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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】高斯优化后发生键的断裂，请问怎么解决？
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xuxiao119

铁虫 (小有名气)

[交流] 【求助】高斯优化后发生键的断裂，请问怎么解决？

我想计算的分子是一个离子化合物，其中阳离子部分是二个四丁基胺正离子，而阴离子部分是带+2价的一个多酸离子，含有Mo原子。

我用CHEM 3D打开后，想用MOPAC进行预优化一下，但是总是显示Parameters for some elements missing.

之后我就直接在3D中的Gaussian直接创建高斯的gjf文件，但重新在3D打开后，发现键断裂了，我用的是B3LYP，基准是6-31G或LANL2DZ,我以前没有算过带有金属因素，而且是还有阴阳离子的结构，不知道一些参数是怎么设置的，还有这种键断了怎么解决？想请教一下各位大虾！
我的CIF文件：
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1楼 2009-06-19 21:47:21
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tiechong

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
xuxiao119(金币+1,VIP+0):谢谢，你是说就这样直接带到G03里算就可以了吗？ 6-20 13:14
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-20 15:59
化学计算只考虑空间位置，输出信息是不含键的，只是用CHEM3D打开加了键上去，我经常碰到，不理会
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5楼2009-06-20 07:43:49
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普通回帖

xuxiao119

铁虫 (小有名气)

CIF文件用3D打开的图

CIF文件用3D打开的图
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2楼2009-06-19 21:49:42
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xuxiao119

铁虫 (小有名气)

去掉阳离子部分的图

我想算的主要是阴离子部分中的轨道，所以我想把阳离子去掉
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3楼2009-06-19 21:52:21
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xuxiao119

铁虫 (小有名气)

优化之后发生键的断裂

优化后发生键断裂了，在左边的笼状结构中，中心原子是氧，与之相连的是6个Mo原子，但优化后，与之连接的键都端了，不知道怎么解决这个问题，望各位高手指点一下！谢谢
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4楼2009-06-19 21:58:45
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xuxiao119

铁虫 (小有名气)
jgf文件再用3D打开后，在保存之后就不是jgf文件了，G03运行不了啊
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6楼2009-06-20 16:09:12
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 6-20 20:23
xuxiao119(金币+1,VIP+0):谢谢 6-20 20:52
引用回帖:
Originally posted by xuxiao119 at 2009-6-19 21:58:
优化后发生键断裂了，在左边的笼状结构中，中心原子是氧，与之相连的是6个Mo原子，但优化后，与之连接的键都端了，不知道怎么解决这个问题，望各位高手指点一下！谢谢

（1）对于量子化学来说，单键双键三键共轭键等各种键型没有任何意义。有意义的是原子的类型及其相互间的空间位置。我知道这对刚刚接触量化的人来说，接受起来很不爽。但是进了这个门就要守规矩。
（2）你看看你的“断掉的键”两端的原子，这两个原子的距离还合适吗》只要还合适，就是对的
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7楼2009-06-20 19:15:10
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
★ ★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 6-20 20:23
xuxiao119(金币+2,VIP+0):谢谢你的回复，我就用“断键的gjf文件”进行G03计算，发现不能正常计算下去。 6-20 20:55
引用回帖:
Originally posted by xuxiao119 at 2009-6-20 16:09:
jgf文件再用3D打开后，在保存之后就不是jgf文件了，G03运行不了啊

（1）正确的扩展名叫gjf，不是jgf
（2）在保存之后就不是gjf文件了，那你在保存的时候，选择“保存成gjf文件”不就得了。Chem3D保存文件的时候可以选择文件类型的。

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-6-20 at 20:24 ]
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8楼2009-06-20 19:16:55
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tiechong

金虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):鼓励新人 6-21 08:24
xuxiao119(金币+1,VIP+0):谢谢 6-22 13:54
QUOTE: 我就用“断键的gjf文件”进行G03计算，发现不能正常计算下去。

最好用gauss view 提交文件给高斯运算, 我感觉CHEM3D保存输入文件的时候有时会把格式搞乱,让计算软件无法识别.或者你检查一下输入文件,手动修改一下
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9楼2009-06-21 00:38:09
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szmeng

至尊木虫 (文坛精英)
★ ★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 6-21 08:36
xuxiao119(金币+1,VIP+0):谢谢 6-22 13:54
对igf显示键断裂，高斯输出文件也有，当两原子间距大于“通常”键长长度时，也不显示两原子间“棍棒”连接。
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10楼2009-06-21 08:32:07
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