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关于使用自杀质粒pK18SacB进行敲除受体菌基因组上的相关片段已有2人参与
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| RT,我在前期将pK18SacB进行改造,把卡那霉素基因替换为氯霉素(受体菌带有卡那霉素抗性),左右同源臂的长度大小是在500bp左右,构建好的自杀载体pK18SacB是利用大肠杆菌S17进行接合转移,将滤膜上的菌体洗脱后涂到含有卡那霉素和氯霉素的培养基上。双抗板上确实长出疑似单交换的菌株(受体菌是假单胞菌,菌落形态与大肠杆菌不一样,很容易分辨),同时涂到双抗板上的受体菌没有长。问题是,当我用左同源臂的上游引物+右同源臂的下游引物进行菌落PCR验证,结果只有一左同源臂+右同源臂的目的条带,没有左同源臂+敲除片段+右同源臂的目的条带(PCR延伸时间是按照左同源臂+敲除片段+右同源臂的长度进行设置的)。随后,我设计了基因组上左同源臂的上游引物+自杀质粒中右同源臂下游引物进行pcr,结果没有相关目的条带(PCR延伸时间是按照左同源臂+敲除片段+右同源臂+300 bp的长度进行设置的)。恳请大佬解释一下,双抗板上的菌株是单交换的菌株吗? |
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2楼2020-01-01 21:13:28
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| 左同源臂的上游引物+右同源臂的下游引物 PCR 产物送测序,如果是你设计的同源臂,那应该是成功的 |
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3楼2020-01-02 19:54:08
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