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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs的这个warning什么意思？
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】gromacs的这个warning什么意思？

跑一个蛋白-配体的动力学，在进行共轭梯度法能量优化时，出现以下的warning和错误，请问怎么办？

Warning: 1-4 interaction between 3172 and 3177 at distance 2.574 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
or with user tables increase the table size
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Program mdrun, VERSION 4.0.5
Source code file: pme.c, line: 518

Fatal error:
1 particles communicated to PME node 2 are more than a cell length out of the domain decomposition cell of their charge group

非常感谢！

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:41 ]
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1楼 2009-06-01 09:19:04
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dengw

铁杆木虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-20 15:54
有可能是结构没优化好，某些地方能量比较高
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4楼2009-06-20 12:04:33
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tpp001

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-1 21:26
可能是你的初始结构不好
赞一下(11人) 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
2楼2009-06-01 16:37:29
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armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-6 08:16
如果是初始构象的问题，请检查一下初始构象，看看是不是有些键不太对，比如键太长了，或是有原子太近了。

如果初始构象没问题，而是运行到中间出的问题，请检查一下是不是步长设的太大了，试着把步长改小一些，或许会有帮助，其它mdp里的参数也要仔细检查一下，看有没有错误的参数。
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-06-06 02:02:57
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annkon

铜虫 (初入文坛)
★
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-18 16:35
初始结构没有优化好，先最陡下降法，再共轭梯度法！
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2009-08-18 15:45:58
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