应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs的这个warning什么意思？
51/1返回列表
查看: 699  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】gromacs的这个warning什么意思？

跑一个蛋白-配体的动力学，在进行共轭梯度法能量优化时，出现以下的warning和错误，请问怎么办？

Warning: 1-4 interaction between 3172 and 3177 at distance 2.574 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
or with user tables increase the table size
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Program mdrun, VERSION 4.0.5
Source code file: pme.c, line: 518

Fatal error:
1 particles communicated to PME node 2 are more than a cell length out of the domain decomposition cell of their charge group

非常感谢！

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:41 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2009-06-01 09:19:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-1 21:26
可能是你的初始结构不好
赞一下(11人) 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
2楼2009-06-01 16:37:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-6 08:16
如果是初始构象的问题，请检查一下初始构象，看看是不是有些键不太对，比如键太长了，或是有原子太近了。

如果初始构象没问题，而是运行到中间出的问题，请检查一下是不是步长设的太大了，试着把步长改小一些，或许会有帮助，其它mdp里的参数也要仔细检查一下，看有没有错误的参数。
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-06-06 02:02:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dengw

铁杆木虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-20 15:54
有可能是结构没优化好，某些地方能量比较高
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2009-06-20 12:04:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annkon

铜虫 (初入文坛)
★
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-18 16:35
初始结构没有优化好，先最陡下降法，再共轭梯度法！
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2009-08-18 15:45:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gwdavid 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 15:10 by QXtWNz7PI7wZ
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 14:58 by QXtWNz7PI7wZ
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 7lpolszZVXgi 2026-08-14 3/150 2026-08-15 14:53 by QXtWNz7PI7wZ
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 3/150 2026-08-15 12:41 by KxMI1BYBxWX1
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 11:41 by KxMI1BYBxWX1
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +6 Ldrop2023 2026-08-13 6/300 2026-08-15 10:09 by tuanggou
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 07:09 by 4wMiSEwB6436
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 04:45 by 4wMiSEwB6436
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 4/200 2026-08-15 02:21 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 5/250 2026-08-15 00:16 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键 +23 Lanmanbaby 2026-08-09 37/1850 2026-08-14 13:40 by Equinoxhua
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭