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gwdavid木虫 (著名写手)
小木虫散兵坑坑长
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[交流]
【求助】gromacs的这个warning什么意思？
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跑一个蛋白-配体的动力学，在进行共轭梯度法能量优化时，出现以下的warning和错误，请问怎么办？ Warning: 1-4 interaction between 3172 and 3177 at distance 2.574 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size -------------------------------------------------------------------------------------------------- Program mdrun, VERSION 4.0.5 Source code file: pme.c, line: 518 Fatal error: 1 particles communicated to PME node 2 are more than a cell length out of the domain decomposition cell of their charge group 非常感谢！ [ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:41 ] |
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dengw
铁杆木虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
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- 虫号: 568312
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- 性别: GG
- 专业: 应用高分子化学与物理
4楼2009-06-20 12:04:33
5楼2009-08-18 15:45:58