应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】gromacs的这个warning什么意思？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 601  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] 【求助】gromacs的这个warning什么意思？

跑一个蛋白-配体的动力学，在进行共轭梯度法能量优化时，出现以下的warning和错误，请问怎么办？

Warning: 1-4 interaction between 3172 and 3177 at distance 2.574 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
or with user tables increase the table size
--------------------------------------------------------------------------------------------------
Program mdrun, VERSION 4.0.5
Source code file: pme.c, line: 518

Fatal error:
1 particles communicated to PME node 2 are more than a cell length out of the domain decomposition cell of their charge group

非常感谢！

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:41 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
1楼 2009-06-01 09:19:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-1 21:26
可能是你的初始结构不好
赞一下(11人) 回复此楼
迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
2楼2009-06-01 16:37:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

armeria

铁虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 6-6 08:16
如果是初始构象的问题，请检查一下初始构象，看看是不是有些键不太对，比如键太长了，或是有原子太近了。

如果初始构象没问题，而是运行到中间出的问题，请检查一下是不是步长设的太大了，试着把步长改小一些，或许会有帮助，其它mdp里的参数也要仔细检查一下，看有没有错误的参数。
赞一下(11人) 回复此楼
3楼2009-06-06 02:02:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dengw

铁杆木虫 (初入文坛)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 6-20 15:54
有可能是结构没优化好，某些地方能量比较高
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2009-06-20 12:04:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annkon

铜虫 (初入文坛)
★
erylingjet(金币+1,VIP+0):感谢交流 8-18 16:35
初始结构没有优化好，先最陡下降法，再共轭梯度法！
赞一下(10人) 回复此楼
5楼2009-08-18 15:45:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gwdavid 的主题更新
51/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 328求调剂 +16 lftmya 2026-04-07 17/850 2026-04-08 18:45 by 环化材-小生
[考研] 求调剂 +6 chenxrlkx 2026-04-05 8/400 2026-04-08 16:03 by screening
[考研] 278求调剂 +17 范婷娜 2026-04-07 18/900 2026-04-08 14:43 by lijunpoly
[考研] 本科郑州大学，一志愿华东师范大学282求调剂 +21 熊哥xtk 2026-04-07 24/1200 2026-04-08 09:48 by 123考研123
[考研] 307求调剂 +14 超级伊昂大王 2026-04-06 14/700 2026-04-08 07:03 by 无际的草原
[考研] 277求调剂 数一104分 +9 瓶子PZ 2026-04-05 14/700 2026-04-07 17:52 by 蓝云思雨
[考研] 286求调剂 +20 Faune 2026-04-06 20/1000 2026-04-07 11:33 by 诗与自由
[考研] 信工所11408 340分 本科西安交大自动化 +3 moontrek 2026-04-06 3/150 2026-04-07 09:56 by chongya
[考研] 求调剂到材料 +5 程9915 2026-04-06 5/250 2026-04-06 15:21 by yulian1987
[考研] 专硕0854初试考材科基，求调剂 +6 3220548044 2026-04-06 9/450 2026-04-06 10:26 by barlinike
[考研] 377求调剂 +6 by.ovo 2026-04-05 6/300 2026-04-05 22:18 by dongzh2009
[考研] 296求调剂 +3 汪！？！ 2026-04-05 4/200 2026-04-05 20:13 by 啵啵啵0119
[考研] 358求调剂 +7 秋gk 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:29 by huangmoli
[考研] 290求调剂 +7 luoziheng 2026-04-04 7/350 2026-04-04 23:17 by lqwchd
[考研] 调剂 +11 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 11/550 2026-04-04 22:21 by hemengdong
[考研] 一志愿0817化学工程与技术，求调剂 +24 我不是只因 2026-04-02 28/1400 2026-04-04 15:15 by dongzh2009
[考研] 295求调剂 +3 尚偌呀 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:23 by zhq0425
[考研] 071000生物学调剂 +8 知昭蔓 2026-04-02 8/400 2026-04-03 10:36 by macy2011
[考研] 372分材料与化工（085600）一志愿湖南大学求调剂 +5 蓝笺片 2026-04-02 6/300 2026-04-02 21:37 by dongzh2009
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +8 双马尾痞老板2 2026-04-02 9/450 2026-04-02 14:45 by 5896
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭