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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)

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[交流] 如何使用CBS-QB3寻找过渡态

已在其他水平下找到了过渡态，打算在此基础上使用CBS-QB3水平下通过IRCmax寻找过渡态，不知道如何写输入文件。想请教一个CBS-QB3做IRCmax的输入文件。

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1楼 2019-05-15 11:57:24

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这个没法一步完成。
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法其中还包含了第一步一个opt步骤所以这个不能直接写的。
高斯说明书的原话也是这样说的  ： Analytic gradients are required for the IRC portion of the calculation (model1 above). Any non-compound energy method and basis set may be used for model2.  CBS-QB3就是属于 compound energy method。所以没法直接写。如果需要就只能分步骤人工计算
第一步先用方法1 算IRC ，
第二步自己提取IRC上每一个点的结构逐一用CBS-QB3做一次单点能（如果是Gaussian16 就支持CBS(NoOpt）能自动跳过其中的opt步骤，给出能量）。但是G09不支持这个写法，那么就要人工来做整个CBS步骤人为跳过opt步骤。

CBS-QB3除去优化的话需要进行四步骤
1. #p B3LYP/CBSB7 Freq
2. #p  CCSD(T)/6-31+G(d')
3. #p Geom=AllCheck Guess=Read MP4SDQ/CBSB4
4. #P Geom=AllCheck Guess=Read MP2/CBSB3 CBSExtrap=(NMin=10,MinPop)

你可以把这四部分的计算都用--link1--来隔开写在同一个文件里。

http://www.chem.ucla.edu/~mccarren/CBSQB3_worksheet/  这个网站可以帮你按照CBS-qb3的公式分别取这几个计算中有用的部分加加减减得到最后的能量。

然后对每一个点都要做一次这些运算。整个运算步骤还是挺多的。

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流浪猫小琪

7楼2019-05-15 14:27:13

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paramecium86

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引用回帖:

13楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2019-05-15 22:42:51
那还有没有其他的高精度的方法可以直接计算过渡态呢？我这个过渡态还是蛮多的。...

还是可以用ircmax方法只不过把CBS-QB3 换成比如说其它方法算单点能比如说 CCSD(T)就可以。IRC搜寻部分用你习惯用的泛函或者什么其它相对比较省时间的方法比如说写成 IRCmax(CCSD(T)/aug-cc-pvtz:B3LYP/6-311g(d)) 一般就还挺准的了

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16楼2019-05-18 00:38:20

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paramecium86

版主 (著名写手)

这个是因为你用zmatrix来写坐标确没有给出要优化的变量

发自小木虫IOS客户端

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28楼2019-05-24 01:37:11

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muzi0104

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流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与

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11楼2019-05-16 07:42:38

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流浪猫小琪

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送红花一朵

引用回帖:

7楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-15 14:27:13
这个没法一步完成。
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。但是CBS-QB3是一个多步骤的方法其中还包含了第一步 ...

那还有没有其他的高精度的方法可以直接计算过渡态呢？我这个过渡态还是蛮多的。

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13楼2019-05-16 11:42:51

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zuiaixuexi

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20楼2019-05-19 09:33:22

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流浪猫小琪

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引用回帖:

16楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-18 00:38:20
还是可以用ircmax方法只不过把CBS-QB3 换成比如说其它方法算单点能比如说 CCSD(T)就可以。IRC搜寻部分用你习惯用的泛函或者什么其它相对比较省时间的方法比如说写成 IRCmax(CCSD(T)/aug-cc-pvtz:B3LYP/6-3 ...

谢谢前辈指点。我有个疑问，我是使用超算计算过渡态及IRC的。关于IRCmax关键词，我应该怎么样用呢？因为直接用IRCmax替代IRC，输出文件总是显示route card not found。IRCmax的输入文件是不是包括低水平的IRC计算的chk文件？

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23楼2019-05-22 22:17:29

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paramecium86

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引用回帖:

23楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2019-05-22 09:17:29
谢谢前辈指点。我有个疑问，我是使用超算计算过渡态及IRC的。关于IRCmax关键词，我应该怎么样用呢？因为直接用IRCmax替代IRC，输出文件总是显示route card not found。IRCmax的输入文件是不是包括低水平的IRC计算的 ...

你的input是怎么写的呢？或者把output文件发上来看看

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流浪猫小琪

24楼2019-05-22 23:28:14

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流浪猫小琪

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24楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-22 23:28:14
你的input是怎么写的呢？或者把output文件发上来看看...

前辈，这是今天的IRCmax的输入输出文件。我B2LYP/6-311++（d,p)做的测试。

input文件
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W8 TS Search

0 1
O
H                1 0.96474388
H                1 2.52324319 2 96.16865489
C                1 1.37453100 2  110.36391138 3  -68.07987935 0
O                4 1.18920427 1  124.02515701 2  -96.13403058 0
S                4 1.79329724 1  114.57558758 5 -177.11988964 0

1 2 1.0 4 1.0
2
3 6 1.0
4 5 2.0 6 1.0
5
6

output 文件
%NProcShared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
%LindaWorker=ys0716,yg0926,ys1047,ys1147,ys1438,ys0428,ys1521,ys1112,
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SetLPE:  input flags=""
SetLPE: new flags=" -nodelist 'ys0716 yg0926 ys1047 ys1147 ys1438 ys0428 ys1521 ys1112'"
Will use up to 8 processors via Linda.
---------------------------------------------------
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm
---------------------------------------------------
You must use ReadCartesianFC, FCCards, or CalcFC with IRC.
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l1.exe at Thu May 23 01:19:37 2019.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  1.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

以前在超算上面计算IRC时候，我都是直接从过渡态结构直接进行计算，没有用过chk文件。

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25楼2019-05-23 01:28:35

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paramecium86

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引用回帖:

25楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2019-05-22 12:28:35
前辈，这是今天的IRCmax的输入输出文件。我B2LYP/6-311++（d,p)做的测试。

input文件
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W ...

嗯可以直接从结构开始。那是提示的意思不是说要你一定得读取chk 但是和IRC一样是必须要规定如何计算FC 也就是如果从chk读取FC 就要计算FC，用CalcFC命令。或者是每一个irc点都重新计算一次FC，那就是用calcall关键词。总之因为要计算Force constant 所以必须加入一个命令去调控去计算FC。所以你可以写成 #p IRCmax(calcfc, B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm

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26楼2019-05-23 07:52:40

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流浪猫小琪

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26楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-23 07:52:40
嗯可以直接从结构开始。那是提示的意思不是说要你一定得读取chk 但是和IRC一样是必须要规定如何计算FC 也就是如果从chk读取FC 就要计算FC，用CalcFC命令。或者是每一个irc点都重新计算一次FC，那就是用calca ...

还是有问题。
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(calcfc,B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W8 TS Search

0 1
O
H                1 0.96474388
H                1 2.52324319 2 96.16865489
C                1 1.37453100 2  110.36391138 3  -68.07987935 0
O                4 1.18920427 1  124.02515701 2  -96.13403058 0
S                4 1.79329724 1  114.57558758 5 -177.11988964 0

1 2 1.0 4 1.0
2
3 6 1.0
4 5 2.0 6 1.0
5
6

输出文件
%NProcShared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
%LindaWorker=yg0923,yg1048,ys1030,ys0736,yg0935,ys0730,ys0934,yg0946,
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SetLPE:  input flags=""
SetLPE: new flags=" -nodelist 'yg0923 yg1048 ys1030 ys0736 yg0935 ys0730 ys0934 yg0946'"
Will use up to 8 processors via Linda.
----------------------------------------------------------
#p IRCmax(calcfc,B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm
----------------------------------------------------------
1/10=4,14=-1,18=40,26=3,29=120000,38=1,44=3,58=1/1,15;
2/15=1,29=3/2;
3/5=4,6=6,7=1111,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
1/10=4,14=-1,26=3,44=3,48=2,58=1/15;
3/5=16,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=2,74=-5,140=1/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
8/6=4,10=90,11=11/1;
11/6=1,8=1,9=11,15=111,16=1,31=1/1,2,10;
10/6=1,31=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,28=1/1;
7/8=1,10=1,18=20,25=1,30=1/1,2,3,16;
1/10=4,14=-1,26=3,44=3,58=1/15(1);
99/5=20/99;
2/15=1,29=3/2;
3/5=16,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2/2;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,26=3,44=3,48=3,58=1/15(-5);
2/15=1,29=3/2;
3/5=4,6=6,7=1111,11=2,16=1,25=1,30=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2/2;
1/14=-1,26=3,44=3,48=2,58=1/15;
3/5=16,6=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=1/1;
5/5=2/2;
7/8=1,30=1,45=1/1,2,3,16;
1/14=-1,26=3,44=3,48=1,58=1/15(-15);
2/15=1,29=3/2;
99/5=20,9=1/99;
Leave Link 1 at Thu May 23 17:20:46 2019, MaxMem=          0 cpu:       1.2
(Enter /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l101.exe)
------------------
RE-W8-W8 TS Search
------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
O
H                   1    0.96474
H                   1    2.52324  2    96.16865
C                   1    1.37453  2    110.36391  3 -68.07988  0
O                   4    1.1892 1    124.02516  2 -96.13403  0
S                   4    1.7933 1    114.57559  5 -177.11989  0

NAtoms=    6 NQM=       6 NQMF=    0 NMMI=    0 NMMIF=    0
            NMic=    0 NMicF=    0.
                  Isotopes and Nuclear Properties:
(Nuclear quadrupole moments (NQMom) in fm**2, nuclear magnetic moments (NMagM)
  in nuclear magnetons)

  Atom       1          2          3          4          5          6
IAtWgt=       16          1          1       12       16       32
AtmWgt=  15.9949146 1.0078250 1.0078250  12.0000000  15.9949146  31.9720718
NucSpn=          0          1          1          0          0          0
AtZEff= 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
NQMom= 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
NMagM= 0.0000000 2.7928460 2.7928460 0.0000000 0.0000000 0.0000000
AtZNuc= 8.0000000 1.0000000 1.0000000 6.0000000 8.0000000  16.0000000
Leave Link  101 at Thu May 23 17:20:46 2019, MaxMem= 33554432 cpu:       1.5
(Enter /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l115.exe)
IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC-IRC
Berny reaction coordinate optimization.
There are no variables to optimize!
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l115.exe at Thu May 23 17:20:46 2019.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes  2.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    5 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

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27楼2019-05-23 17:29:50

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