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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)

[交流] 如何使用CBS-QB3寻找过渡态

已在其他水平下找到了过渡态，打算在此基础上使用CBS-QB3水平下通过IRCmax寻找过渡态，不知道如何写输入文件。想请教一个CBS-QB3做IRCmax的输入文件。
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1楼 2019-05-15 11:57:24
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
24楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-22 23:28:14
你的input是怎么写的呢？或者把output文件发上来看看...

前辈，这是今天的IRCmax的输入输出文件。我B2LYP/6-311++（d,p)做的测试。

input文件
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W8 TS Search

0 1
O              
H                  1    0.96474388
H                  1    2.52324319    2   96.16865489
C                  1    1.37453100    2  110.36391138    3  -68.07987935    0
O                  4    1.18920427    1  124.02515701    2  -96.13403058    0
S                  4    1.79329724    1  114.57558758    5 -177.11988964    0

1 2 1.0 4 1.0
2
3 6 1.0
4 5 2.0 6 1.0
5
6

output 文件
%NProcShared=12
Will use up to   12 processors via shared memory.
%LindaWorker=ys0716,yg0926,ys1047,ys1147,ys1438,ys0428,ys1521,ys1112,
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SetLPE:  input flags=""
SetLPE:    new flags=" -nodelist 'ys0716 yg0926 ys1047 ys1147 ys1438 ys0428 ys1521 ys1112'"
Will use up to    8 processors via Linda.
---------------------------------------------------
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm
---------------------------------------------------
You must use ReadCartesianFC, FCCards, or CalcFC with IRC.
Error termination via Lnk1e in /home-yw/Soft/Gaussian.D01.Linda/g09/l1.exe at Thu May 23 01:19:37 2019.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  1.5 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

以前在超算上面计算IRC时候，我都是直接从过渡态结构直接进行计算，没有用过chk文件。
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25楼2019-05-23 01:28:35
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paramecium86

版主 (著名写手)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步一个opt步骤 所以这个不能直接写的。
高斯说明书的原话也是这样说的  ： Analytic gradients are required for the IRC portion of the calculation (model1 above). Any non-compound energy method and basis set may be used for model2.  CBS-QB3就是属于 compound energy method。 所以没法直接写。如果需要就只能分步骤人工计算
第一步 先用 方法1 算IRC ，
第二步 自己提取IRC上每一个点的结构 逐一用CBS-QB3做一次单点能 （如果是Gaussian16 就支持CBS(NoOpt）能自动跳过其中的opt步骤 ，给出能量）。但是G09不支持这个写法，那么就要人工来做整个CBS步骤 人为跳过opt步骤。

CBS-QB3除去优化的话需要进行四步骤
1. #p B3LYP/CBSB7 Freq
2. #p  CCSD(T)/6-31+G(d')
3. #p Geom=AllCheck Guess=Read MP4SDQ/CBSB4
4. #P Geom=AllCheck Guess=Read MP2/CBSB3 CBSExtrap=(NMin=10,MinPop)

你可以把这四部分的计算都用--link1--来隔开 写在同一个文件里。

http://www.chem.ucla.edu/~mccarren/CBSQB3_worksheet/  这个网站可以帮你按照CBS-qb3的公式分别取这几个计算中有用的部分加加减减 得到最后的能量。

然后对每一个点都要做一次这些运算。整个运算步骤还是挺多的。
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流浪猫小琪
7楼2019-05-15 14:27:13
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-15 14:27:13
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步 ...

那还有没有其他的高精度的方法可以直接计算过渡态呢？我这个过渡态还是蛮多的。
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13楼2019-05-16 11:42:51
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rocisky73楼
2019-05-15 12:08   回复  
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
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yundaclgc5楼
2019-05-15 12:18   回复  
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
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