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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)

[交流] 如何使用CBS-QB3寻找过渡态

已在其他水平下找到了过渡态，打算在此基础上使用CBS-QB3水平下通过IRCmax寻找过渡态，不知道如何写输入文件。想请教一个CBS-QB3做IRCmax的输入文件。
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1楼 2019-05-15 11:57:24
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paramecium86

版主 (著名写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by 流浪猫小琪 at 2019-05-22 12:28:35
前辈，这是今天的IRCmax的输入输出文件。我B2LYP/6-311++（d,p)做的测试。

input文件
%chk=RE-W12IRCmax.chk
SCF=(MaxCycle=100,xqc)
#p IRCmax(B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ)
NoSymm

RE-W8-W ...

嗯 可以直接从结构开始 。那是提示的意思不是说要你一定得读取chk  但是和IRC一样 是必须要规定如何计算FC 也就是 如果从chk读取FC 就要计算FC，用CalcFC命令。 或者是每一个irc点都重新计算一次FC，那就是用calcall关键词。 总之因为要计算Force constant 所以必须加入一个命令去调控去计算FC。所以你可以写成 #p IRCmax(calcfc, B3LYP/6-311++G(d,p):B3LYP/cc-pVTZ) NoSymm
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26楼2019-05-23 07:52:40
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paramecium86

版主 (著名写手)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步一个opt步骤 所以这个不能直接写的。
高斯说明书的原话也是这样说的  ： Analytic gradients are required for the IRC portion of the calculation (model1 above). Any non-compound energy method and basis set may be used for model2.  CBS-QB3就是属于 compound energy method。 所以没法直接写。如果需要就只能分步骤人工计算
第一步 先用 方法1 算IRC ，
第二步 自己提取IRC上每一个点的结构 逐一用CBS-QB3做一次单点能 （如果是Gaussian16 就支持CBS(NoOpt）能自动跳过其中的opt步骤 ，给出能量）。但是G09不支持这个写法，那么就要人工来做整个CBS步骤 人为跳过opt步骤。

CBS-QB3除去优化的话需要进行四步骤
1. #p B3LYP/CBSB7 Freq
2. #p  CCSD(T)/6-31+G(d')
3. #p Geom=AllCheck Guess=Read MP4SDQ/CBSB4
4. #P Geom=AllCheck Guess=Read MP2/CBSB3 CBSExtrap=(NMin=10,MinPop)

你可以把这四部分的计算都用--link1--来隔开 写在同一个文件里。

http://www.chem.ucla.edu/~mccarren/CBSQB3_worksheet/  这个网站可以帮你按照CBS-qb3的公式分别取这几个计算中有用的部分加加减减 得到最后的能量。

然后对每一个点都要做一次这些运算。整个运算步骤还是挺多的。
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流浪猫小琪
7楼2019-05-15 14:27:13
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流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-15 14:27:13
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步 ...

那还有没有其他的高精度的方法可以直接计算过渡态呢？我这个过渡态还是蛮多的。
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13楼2019-05-16 11:42:51
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rocisky73楼
2019-05-15 12:08   回复  
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
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yundaclgc5楼
2019-05-15 12:18   回复  
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
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