应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 如何使用CBS-QB3寻找过渡态
51/1返回列表
查看: 2761  |  回复: 28
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

流浪猫小琪

银虫 (正式写手)

[交流] 如何使用CBS-QB3寻找过渡态

已在其他水平下找到了过渡态，打算在此基础上使用CBS-QB3水平下通过IRCmax寻找过渡态，不知道如何写输入文件。想请教一个CBS-QB3做IRCmax的输入文件。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2019-05-15 11:57:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-24 01:37:11
这个是因为你用zmatrix来写坐标 确没有给出要优化的变量

谢谢前辈指点。CCSD(T)/aug-cc-pVTZ做IRCmax怎么耗这么多时间，我在超算开60核，已经运行了40个小时了还没有结果，体系只有S1O2H2C六个原子。
赞一下 回复此楼
29楼2019-05-26 01:21:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 29 个回答

paramecium86

版主 (著名写手)
★
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步一个opt步骤 所以这个不能直接写的。
高斯说明书的原话也是这样说的  ： Analytic gradients are required for the IRC portion of the calculation (model1 above). Any non-compound energy method and basis set may be used for model2.  CBS-QB3就是属于 compound energy method。 所以没法直接写。如果需要就只能分步骤人工计算
第一步 先用 方法1 算IRC ，
第二步 自己提取IRC上每一个点的结构 逐一用CBS-QB3做一次单点能 （如果是Gaussian16 就支持CBS(NoOpt）能自动跳过其中的opt步骤 ，给出能量）。但是G09不支持这个写法，那么就要人工来做整个CBS步骤 人为跳过opt步骤。

CBS-QB3除去优化的话需要进行四步骤
1. #p B3LYP/CBSB7 Freq
2. #p  CCSD(T)/6-31+G(d')
3. #p Geom=AllCheck Guess=Read MP4SDQ/CBSB4
4. #P Geom=AllCheck Guess=Read MP2/CBSB3 CBSExtrap=(NMin=10,MinPop)

你可以把这四部分的计算都用--link1--来隔开 写在同一个文件里。

http://www.chem.ucla.edu/~mccarren/CBSQB3_worksheet/  这个网站可以帮你按照CBS-qb3的公式分别取这几个计算中有用的部分加加减减 得到最后的能量。

然后对每一个点都要做一次这些运算。整个运算步骤还是挺多的。
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

流浪猫小琪
7楼2019-05-15 14:27:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

流浪猫小琪

银虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by paramecium86 at 2019-05-15 14:27:13
这个没法一步完成。  
一般来说IRCMax写法如下：
IRCMax(方法2:方法1) 含义是是在方法1的IRC途径上 用方法2在每一个点都做单点能计算，找出其中能量最高的点。  但是CBS-QB3是一个多步骤的方法 其中还包含了第一步 ...

那还有没有其他的高精度的方法可以直接计算过渡态呢？我这个过渡态还是蛮多的。
赞一下 回复此楼
13楼2019-05-16 11:42:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
rocisky73楼
2019-05-15 12:08   回复  
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
发自小木虫IOS客户端
yundaclgc5楼
2019-05-15 12:18   回复  
流浪猫小琪(金币+2): 谢谢参与
发自小木虫Android客户端
查看全部 29 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 327求调剂 +5 拾光任染 2026-03-15 8/400 2026-03-15 14:45 by zxcwyt
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +5 zlingli 2026-03-13 5/250 2026-03-15 08:45 by 糠醛123
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +6 秋有木北 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:18 by houyaoxu
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 3/150 2026-03-14 12:11 by 热情沙漠
[考研] 一志愿天大化工专调剂总分338 +3 蔡大美女 2026-03-08 3/150 2026-03-14 03:12 by JourneyLucky
[考研] 理学化学调剂 +3 040517FYfy？ 2026-03-09 3/150 2026-03-14 03:09 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:55 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工材料求调剂（有希望2吗？） +3 mysdl 2026-03-09 3/150 2026-03-14 02:53 by JourneyLucky
[考研] 考研材料与化工，求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-09 8/400 2026-03-14 01:14 by JourneyLucky
[考研] b区环境工程求调剂 +4 Maps1 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:23 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +8 zchqwer 2026-03-10 8/400 2026-03-14 00:01 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] 281求调剂 +9 Koxui 2026-03-12 11/550 2026-03-13 20:50 by Koxui
[考研] 材料专硕350 求调剂 +4 王金科 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:02 by ruiyingmiao
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 材料调剂，307分 +13 张泳铭1 2026-03-09 17/850 2026-03-13 11:09 by 薛云鹏
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
[考研] 哈工大材料324求调剂 +6 闫旭东 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:49 by 星空星月
[基金申请] PDF在线压缩软件 10+3 haxia 2026-03-08 4/200 2026-03-10 13:44 by lfy8008
[考研] 求0856调剂 +5 小力气珂珂 2026-03-08 5/250 2026-03-09 06:42 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭