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【求助】GAUSSIAN计算如何分配内存
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1.我的Pentium(R) 4 CPU 3.20GHz ,2G的机器，请教一下GAUSSIAN计算时如何分配内存，才能发挥到计算效率要好一点，我一般是设置%mem=60MW，是不是可以分配得大一点？谢谢 2.还想请教一下当优化一个分子时，如何知道优化的是分子的最佳构型，我一般的做法是在chemdraw里面输入分子的英文名称，生成的结构复制到chem3D里面，保存为pdb文件，再在GAUSSVIEW里面打开，保存为gif文件，再用GAUSSIAN 03里面计算，但是如何得知优化出来就是分子的最佳构型，好像优化跟分子的初始构型关系很大，希望虫友指教，刚接触GAUSSIAN不久，见谅。 我计算的分子是几种常用的季铵盐阳离子表面活性剂，CTAB,CTAC等，或者还有什么好一点建议，谢谢  |
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2楼2009-05-05 16:13:10
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hairan
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这个回复有些误导 貌似lz是在windows下计算，此时不应将内存全部分给计算，至少要留出400M给系统和其他应用软件使用。因此有效的能使用内存的上限应该是1.6G，也就是大概200mw。其实linux下也不要把所有的内存都给了Gaussian，只不过linux系统占用的资源要少得多而以。考虑到gaussian计算的特点（仅限于windows版和标准linux版，不含一些特别编译的版本），如果不能将所有的积分全部放在内存中，那么lz在计算中至多设置你目前60mw，否则每到一个link，系统需要先把你定义的内存吃满再计算，内存设的越大，计算过程反而越慢。 注意，一般也不要小于10mw，太小了，某些计算是无法进行的。 另外，上面的分析只对半经验，HF和DFT计算有效，如果是MP2或者CCSD(T)等电子相关方法，只要体系不是太小，内存是多多益善。 |
4楼2009-05-05 19:10:21
5楼2009-05-05 19:34:30
hairan
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回5楼 Gaussian计算是模块化的，计算过程中不同的任务需要调用不同的模块，这些模块在在Gaussian中就叫做link，如果你细心察看进程，你会发现gaussian计算的时候进程中会有一个"l+一个数字.exe的进程"，比如l502.exe, 这里的"l"就是link的简写字母L，而不是数字1。对标准的gaussian版本，每到一个新的link，程序不管用不用那么多内存，先把你设置的内存量占用了，然后才开始这个link的计算，到下一个link的时候先释放内存，然后重新在占用设置容量的内存。如此反复，直到计算完成，因此很多时候你设置的内存越大，计算反而越慢。 |
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