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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 【求助】GAUSSIAN计算如何分配内存
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zhumenjun

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】GAUSSIAN计算如何分配内存

1.我的Pentium(R) 4 CPU 3.20GHz ,2G的机器，请教一下GAUSSIAN计算时如何分配内存，才能发挥到计算效率要好一点，我一般是设置%mem=60MW，是不是可以分配得大一点？谢谢
2.还想请教一下当优化一个分子时，如何知道优化的是分子的最佳构型，我一般的做法是在chemdraw里面输入分子的英文名称，生成的结构复制到chem3D里面，保存为pdb文件，再在GAUSSVIEW里面打开，保存为gif文件，再用GAUSSIAN 03里面计算，但是如何得知优化出来就是分子的最佳构型，好像优化跟分子的初始构型关系很大，希望虫友指教，刚接触GAUSSIAN不久，见谅。
我计算的分子是几种常用的季铵盐阳离子表面活性剂，CTAB,CTAC等，或者还有什么好一点建议，谢谢
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1楼 2009-05-05 16:02:44
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S07111072

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
loovfnd(金币+1,VIP+0):谢谢你的回答！ 5-5 19:32
zhumenjun(金币+1,VIP+0):谢谢 5-5 23:57
你的机子内存是2G，那么计算所给的内存只要不超过2G都可以计算的；
Gaussian优化得到的构型都是局域稳定构型，一般可以通过相对能量比较其稳定性
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2楼2009-05-05 16:13:10
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recoli

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
zhumenjun(金币+2,VIP+0):谢谢 5-5 23:58
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-6 08:47
表面活性剂是不是有长碳链的？那样的话局域稳定构型就太多了。其实要看LZ想计算什么性质，不见得一定要最低能量构型，因为分子很大又是柔性的话要找最低能量构型不太现实，找到了意义也不是很大，因为常温下肯定是多个局域能量构性之间相互变化的。
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3楼2009-05-05 18:18:01
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
loovfnd(金币+2,VIP+0):感谢你的参与！ 5-5 19:31
zhumenjun(金币+3,VIP+0):谢谢 5-5 23:59
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 重奖 5-6 08:49
zhumenjun(金币+1,VIP+0):再次感谢 5-14 10:37
引用回帖:
Originally posted by S07111072 at 2009-5-5 16:13:
你的机子内存是2G，那么计算所给的内存只要不超过2G都可以计算的；
Gaussian优化得到的构型都是局域稳定构型，一般可以通过相对能量比较其稳定性

这个回复有些误导
貌似lz是在windows下计算，此时不应将内存全部分给计算，至少要留出400M给系统和其他应用软件使用。因此有效的能使用内存的上限应该是1.6G，也就是大概200mw。其实linux下也不要把所有的内存都给了Gaussian，只不过linux系统占用的资源要少得多而以。考虑到gaussian计算的特点（仅限于windows版和标准linux版，不含一些特别编译的版本），如果不能将所有的积分全部放在内存中，那么lz在计算中至多设置你目前60mw，否则每到一个link，系统需要先把你定义的内存吃满再计算，内存设的越大，计算过程反而越慢。
注意，一般也不要小于10mw，太小了，某些计算是无法进行的。
另外，上面的分析只对半经验，HF和DFT计算有效，如果是MP2或者CCSD(T)等电子相关方法，只要体系不是太小，内存是多多益善。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
4楼2009-05-05 19:10:21
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bylin

金虫 (小有名气)
"每到一个link，系统需要先把你定义的内存吃满再计算，内存设的越大，计算过程反而越慢。"

请问这句话是什么意思呀？“系统吃满内存”是怎么回事？
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5楼2009-05-05 19:34:30
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
★ ★ ★ ★ ★
zhumenjun(金币+1,VIP+0):谢谢 5-5 23:59
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-6 08:49
回5楼

Gaussian计算是模块化的，计算过程中不同的任务需要调用不同的模块，这些模块在在Gaussian中就叫做link，如果你细心察看进程，你会发现gaussian计算的时候进程中会有一个"l+一个数字.exe的进程"，比如l502.exe, 这里的"l"就是link的简写字母L，而不是数字1。对标准的gaussian版本，每到一个新的link，程序不管用不用那么多内存，先把你设置的内存量占用了，然后才开始这个link的计算，到下一个link的时候先释放内存，然后重新在占用设置容量的内存。如此反复，直到计算完成，因此很多时候你设置的内存越大，计算反而越慢。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
6楼2009-05-05 20:03:19
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bylin

金虫 (小有名气)
噢，明白了，呵呵。看来不能盲目分配大内存呀
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7楼2009-05-05 21:04:59
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zhumenjun

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by recoli at 2009-5-5 18:18:
表面活性剂是不是有长碳链的？那样的话局域稳定构型就太多了。其实要看LZ想计算什么性质，不见得一定要最低能量构型，因为分子很大又是柔性的话要找最低能量构型不太现实，找到了意义也不是很大，因为常温下肯定是 ...

它一般的结构都是8-18组成的碳链，我需要的参数：轨道能量，热力学参数，极化率，偶极距，摩尔体积几种常用的参数，是不是不需要找到它的最稳定的构型？
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8楼2009-05-06 00:05:29
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recoli

金虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 5-6 08:50
引用回帖:
Originally posted by zhumenjun at 2009-5-6 00:05:


它一般的结构都是8-18组成的碳链，我需要的参数：轨道能量，热力学参数，极化率，偶极距，摩尔体积几种常用的参数，是不是不需要找到它的最稳定的构型？

我没做过相关计算所以不太清楚，还是看看文献里怎么做的吧，取什么构型，如何计算等等。
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9楼2009-05-06 00:20:53
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majun04

木虫 (著名写手)

majun
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论 5-6 08:50
引用回帖:
Originally posted by hairan at 2009-5-5 20:03:
回5楼

Gaussian计算是模块化的，计算过程中不同的任务需要调用不同的模块，这些模块在在Gaussian中就叫做link，如果你细心察看进程，你会发现gaussian计算的时候进程中会有一个"l+一个数字.exe的进程&quo ...

这个所需要的内存占用量，和分子体系的大小以及调用的方法基组，有没有什么普遍性的规律可供参考？
有的时候想最可能的利用好电脑资源，感觉不是太懂行。
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乐观、执着、勤奋
10楼2009-05-06 07:48:02
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