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zhumenjun

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】GAUSSIAN计算如何分配内存

1.我的Pentium(R) 4 CPU 3.20GHz ,2G的机器,请教一下GAUSSIAN计算时如何分配内存,才能发挥到计算效率要好一点,我一般是设置%mem=60MW,是不是可以分配得大一点?谢谢
2.还想请教一下当优化一个分子时,如何知道优化的是分子的最佳构型,我一般的做法是在chemdraw里面输入分子的英文名称,生成的结构复制到chem3D里面,保存为pdb文件,再在GAUSSVIEW里面打开,保存为gif文件,再用GAUSSIAN 03里面计算,但是如何得知优化出来就是分子的最佳构型,好像优化跟分子的初始构型关系很大,希望虫友指教,刚接触GAUSSIAN不久,见谅。
我计算的分子是几种常用的季铵盐阳离子表面活性剂,CTAB,CTAC等,或者还有什么好一点建议,谢谢
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majun04

木虫 (著名写手)

majun


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢参与讨论 5-6 08:50
引用回帖:
Originally posted by hairan at 2009-5-5 20:03:
回5楼

Gaussian计算是模块化的,计算过程中不同的任务需要调用不同的模块,这些模块在在Gaussian中就叫做link,如果你细心察看进程,你会发现gaussian计算的时候进程中会有一个"l+一个数字.exe的进程&quo ...

这个所需要的内存占用量,和分子体系的大小以及调用的方法基组,有没有什么普遍性的规律可供参考?
有的时候想最可能的利用好电脑资源,感觉不是太懂行。
乐观、执着、勤奋
10楼2009-05-06 07:48:02
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S07111072

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
loovfnd(金币+1,VIP+0):谢谢你的回答! 5-5 19:32
zhumenjun(金币+1,VIP+0):谢谢 5-5 23:57
你的机子内存是2G,那么计算所给的内存只要不超过2G都可以计算的;
Gaussian优化得到的构型都是局域稳定构型,一般可以通过相对能量比较其稳定性
2楼2009-05-05 16:13:10
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recoli

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
zhumenjun(金币+2,VIP+0):谢谢 5-5 23:58
lei0736(金币+4,VIP+0):谢谢 5-6 08:47
表面活性剂是不是有长碳链的?那样的话局域稳定构型就太多了。其实要看LZ想计算什么性质,不见得一定要最低能量构型,因为分子很大又是柔性的话要找最低能量构型不太现实,找到了意义也不是很大,因为常温下肯定是多个局域能量构性之间相互变化的。
3楼2009-05-05 18:18:01
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
loovfnd(金币+2,VIP+0):感谢你的参与! 5-5 19:31
zhumenjun(金币+3,VIP+0):谢谢 5-5 23:59
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 重奖 5-6 08:49
zhumenjun(金币+1,VIP+0):再次感谢 5-14 10:37
引用回帖:
Originally posted by S07111072 at 2009-5-5 16:13:
你的机子内存是2G,那么计算所给的内存只要不超过2G都可以计算的;
Gaussian优化得到的构型都是局域稳定构型,一般可以通过相对能量比较其稳定性

这个回复有些误导
貌似lz是在windows下计算,此时不应将内存全部分给计算,至少要留出400M给系统和其他应用软件使用。因此有效的能使用内存的上限应该是1.6G,也就是大概200mw。其实linux下也不要把所有的内存都给了Gaussian,只不过linux系统占用的资源要少得多而以。考虑到gaussian计算的特点(仅限于windows版和标准linux版,不含一些特别编译的版本),如果不能将所有的积分全部放在内存中,那么lz在计算中至多设置你目前60mw,否则每到一个link,系统需要先把你定义的内存吃满再计算,内存设的越大,计算过程反而越慢。
注意,一般也不要小于10mw,太小了,某些计算是无法进行的。
另外,上面的分析只对半经验,HF和DFT计算有效,如果是MP2或者CCSD(T)等电子相关方法,只要体系不是太小,内存是多多益善。
据权威报纸调查,84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历,故应该禁止经营电子游戏。据我们所知,100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历,故制鞋厂应该停业。
4楼2009-05-05 19:10:21
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