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zhumenjun

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】GAUSSIAN计算如何分配内存

1.我的Pentium(R) 4 CPU 3.20GHz ,2G的机器，请教一下GAUSSIAN计算时如何分配内存，才能发挥到计算效率要好一点，我一般是设置%mem=60MW，是不是可以分配得大一点？谢谢
2.还想请教一下当优化一个分子时，如何知道优化的是分子的最佳构型，我一般的做法是在chemdraw里面输入分子的英文名称，生成的结构复制到chem3D里面，保存为pdb文件，再在GAUSSVIEW里面打开，保存为gif文件，再用GAUSSIAN 03里面计算，但是如何得知优化出来就是分子的最佳构型，好像优化跟分子的初始构型关系很大，希望虫友指教，刚接触GAUSSIAN不久，见谅。
我计算的分子是几种常用的季铵盐阳离子表面活性剂，CTAB,CTAC等，或者还有什么好一点建议，谢谢

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1楼 2009-05-05 16:02:44

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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

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loovfnd(金币+2,VIP+0):感谢你的参与！ 5-5 19:31
zhumenjun(金币+3,VIP+0):谢谢 5-5 23:59
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢重奖 5-6 08:49
zhumenjun(金币+1,VIP+0):再次感谢 5-14 10:37

引用回帖:

Originally posted by S07111072 at 2009-5-5 16:13:
你的机子内存是2G，那么计算所给的内存只要不超过2G都可以计算的；
Gaussian优化得到的构型都是局域稳定构型，一般可以通过相对能量比较其稳定性

这个回复有些误导
貌似lz是在windows下计算，此时不应将内存全部分给计算，至少要留出400M给系统和其他应用软件使用。因此有效的能使用内存的上限应该是1.6G，也就是大概200mw。其实linux下也不要把所有的内存都给了Gaussian，只不过linux系统占用的资源要少得多而以。考虑到gaussian计算的特点（仅限于windows版和标准linux版，不含一些特别编译的版本），如果不能将所有的积分全部放在内存中，那么lz在计算中至多设置你目前60mw，否则每到一个link，系统需要先把你定义的内存吃满再计算，内存设的越大，计算过程反而越慢。
注意，一般也不要小于10mw，太小了，某些计算是无法进行的。
另外，上面的分析只对半经验，HF和DFT计算有效，如果是MP2或者CCSD(T)等电子相关方法，只要体系不是太小，内存是多多益善。