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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 双酶切连接测序结果比对连入了其他的一段莫名其妙的序列，求其原因谢谢
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tailixin

新虫 (小有名气)

[求助] 双酶切连接测序结果比对连入了其他的一段莫名其妙的序列，求其原因谢谢

做一个很简单的双酶切后载体与片段连接的实验，但测序结果回来在两个选定酶切位点之间总是BLAST出其他的序列，根本不是我的目的片段，空载体也测序了没有问题，片段是双酶切胶回收的，大小也正确，很奇怪，各位大佬帮忙分析有什么原因呗！
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1楼 2018-12-12 15:40:36
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

优秀版主优秀版主
莫名奇妙的基因比对结果呢？是不是操作污染了
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2楼2018-12-12 17:22:24
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tailixin

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-12-12 17:22:24
莫名奇妙的基因比对结果呢？是不是操作污染了

插入了100bp左右片段，其中30多bp比对是果蝇或者其他序列，没有参考价值，剩下根本没有相似的基因

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3楼2018-12-12 17:50:20
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tailixin

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-12-12 17:22:24
莫名奇妙的基因比对结果呢？是不是操作污染了

而且做了三次都是差不多，会是感受态原因吗

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4楼2018-12-12 17:51:40
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

优秀版主优秀版主
引用回帖:
4楼: Originally posted by tailixin at 2018-12-12 17:51:40
而且做了三次都是差不多，会是感受态原因吗
...

不知道哎
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5楼2018-12-12 18:43:20
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zw破风

金虫 (正式写手)
载体没问题，那肯定是片段有问题咯，片段测序看看

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6楼2018-12-12 20:31:42
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十点零

新虫 (小有名气)
我们一般是先把片段连接在pEASY载体，测序正确后再进行双酶切，这样就可以判断是否是操作问题

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7楼2018-12-12 23:38:59
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木槿盼盼

新虫 (小有名气)
会不会是片段本身错误？可以先测一下片段序列是否正确，然后再做酶切连接

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8楼2019-01-25 12:17:13
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濯蝶雨

新虫 (正式写手)
建议拿个空载体测序，然后比对

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9楼2019-02-28 18:55:37
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Esther_Young

铜虫 (小有名气)
我当时也有过这种情况 800bp的目的基因在300bp左右的位置上多了50个bp 但是重新挑菌提质粒测序就没事了

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10楼2019-03-03 02:17:27
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