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tailixin

新虫 (小有名气)

[求助] 双酶切连接测序结果比对连入了其他的一段莫名其妙的序列,求其原因谢谢

做一个很简单的双酶切后载体与片段连接的实验,但测序结果回来在两个选定酶切位点之间总是BLAST出其他的序列,根本不是我的目的片段,空载体也测序了没有问题,片段是双酶切胶回收的,大小也正确,很奇怪,各位大佬帮忙分析有什么原因呗!
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

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莫名奇妙的基因比对结果呢?是不是操作污染了
2楼2018-12-12 17:22:24
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tailixin

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-12-12 17:22:24
莫名奇妙的基因比对结果呢?是不是操作污染了

插入了100bp左右片段,其中30多bp比对是果蝇或者其他序列,没有参考价值,剩下根本没有相似的基因

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3楼2018-12-12 17:50:20
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tailixin

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 渊博震天 at 2018-12-12 17:22:24
莫名奇妙的基因比对结果呢?是不是操作污染了

而且做了三次都是差不多,会是感受态原因吗

发自小木虫Android客户端
4楼2018-12-12 17:51:40
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渊博震天

版主 (职业作家)

Yeast Display

优秀版主优秀版主

引用回帖:
4楼: Originally posted by tailixin at 2018-12-12 17:51:40
而且做了三次都是差不多,会是感受态原因吗
...

不知道哎
5楼2018-12-12 18:43:20
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zw破风

金虫 (正式写手)

载体没问题,那肯定是片段有问题咯,片段测序看看

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6楼2018-12-12 20:31:42
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十点零

新虫 (小有名气)

我们一般是先把片段连接在pEASY载体,测序正确后再进行双酶切,这样就可以判断是否是操作问题

发自小木虫Android客户端
7楼2018-12-12 23:38:59
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木槿盼盼

新虫 (小有名气)

会不会是片段本身错误?可以先测一下片段序列是否正确,然后再做酶切连接

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8楼2019-01-25 12:17:13
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濯蝶雨

新虫 (正式写手)

建议拿个空载体测序,然后比对

发自小木虫Android客户端
9楼2019-02-28 18:55:37
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Esther_Young

铜虫 (小有名气)

我当时也有过这种情况 800bp的目的基因在300bp左右的位置上多了50个bp 但是重新挑菌提质粒测序就没事了

发自小木虫IOS客户端
10楼2019-03-03 02:17:27
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