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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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一见你就笑y

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助同源建模时,氨基酸序列与模板序列的一致性只有28%可以进行建模吗?

各位虫友好,关于同源建模请教诸位,我将目的蛋白的氨基酸序列在PDB中BLAST之后发现只有一个模板,且该模板与目的蛋白的一致性只有28%,E值3e-35,相似性43%,但是覆盖度有80%,可以依此建模吗?可信度如何?
先拜谢各位了!
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闲花落笔

新虫 (小有名气)

2楼2018-12-10 14:19:01
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一见你就笑y

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 闲花落笔 at 2018-12-10 14:19:01
identity最好大于30%

谢谢!再问一下,如果query cover只有11%,E值1e-04(我记得好像E值要小于1e-05),但是ident是41%可以用来当模板建模吗?如果不能,还有啥办法能构建出蛋白质的模型呢?
3楼2018-12-13 15:23:32
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闲花落笔

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 一见你就笑y at 2018-12-13 15:23:32
谢谢!再问一下,如果query cover只有11%,E值1e-04(我记得好像E值要小于1e-05),但是ident是41%可以用来当模板建模吗?如果不能,还有啥办法能构建出蛋白质的模型呢?...

Ab initio protein modeling,从头计算

发自小木虫IOS客户端
4楼2018-12-13 18:28:35
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一见你就笑y

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 闲花落笔 at 2018-12-13 18:28:35
Ab initio protein modeling,从头计算
...

好的,感谢!可以推荐一下从头建模的相关学习资料或软件吗?不胜感激
5楼2018-12-13 19:06:59
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1225823858zj

金虫 (正式写手)

emuch: 屏蔽内容, 违规存档, 违规发布联系方式 2019-01-24 18:38:15
本帖内容被屏蔽

6楼2019-01-24 15:01:19
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