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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助同源建模时，氨基酸序列与模板序列的一致性只有28%可以进行建模吗？
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一见你就笑y

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助同源建模时，氨基酸序列与模板序列的一致性只有28%可以进行建模吗？

各位虫友好，关于同源建模请教诸位，我将目的蛋白的氨基酸序列在PDB中BLAST之后发现只有一个模板，且该模板与目的蛋白的一致性只有28%，E值3e-35，相似性43%，但是覆盖度有80%，可以依此建模吗？可信度如何？
先拜谢各位了！
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1楼 2018-12-10 13:47:32
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闲花落笔

新虫 (小有名气)
identity最好大于30％

发自小木虫IOS客户端
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2楼2018-12-10 14:19:01
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一见你就笑y

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 闲花落笔 at 2018-12-10 14:19:01
identity最好大于30％

谢谢！再问一下，如果query cover只有11%，E值1e-04（我记得好像E值要小于1e-05），但是ident是41%可以用来当模板建模吗？如果不能，还有啥办法能构建出蛋白质的模型呢？
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3楼2018-12-13 15:23:32
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闲花落笔

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 一见你就笑y at 2018-12-13 15:23:32
谢谢！再问一下，如果query cover只有11%，E值1e-04（我记得好像E值要小于1e-05），但是ident是41%可以用来当模板建模吗？如果不能，还有啥办法能构建出蛋白质的模型呢？...

Ab initio protein modeling，从头计算

发自小木虫IOS客户端
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4楼2018-12-13 18:28:35
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一见你就笑y

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 闲花落笔 at 2018-12-13 18:28:35
Ab initio protein modeling，从头计算
...

好的，感谢！可以推荐一下从头建模的相关学习资料或软件吗？不胜感激
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5楼2018-12-13 19:06:59
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1225823858zj

金虫 (正式写手)
emuch: 屏蔽内容, 违规存档, 违规发布联系方式 2019-01-24 18:38:15
本帖内容被屏蔽
6楼2019-01-24 15:01:19
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