应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助同源建模时，氨基酸序列与模板序列的一致性只有28%可以进行建模吗？
61/1返回列表
查看: 2975  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

一见你就笑y

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助同源建模时，氨基酸序列与模板序列的一致性只有28%可以进行建模吗？

各位虫友好，关于同源建模请教诸位，我将目的蛋白的氨基酸序列在PDB中BLAST之后发现只有一个模板，且该模板与目的蛋白的一致性只有28%，E值3e-35，相似性43%，但是覆盖度有80%，可以依此建模吗？可信度如何？
先拜谢各位了！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2018-12-10 13:47:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

闲花落笔

新虫 (小有名气)
identity最好大于30％

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
2楼2018-12-10 14:19:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一见你就笑y

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 闲花落笔 at 2018-12-10 14:19:01
identity最好大于30％

谢谢！再问一下，如果query cover只有11%，E值1e-04（我记得好像E值要小于1e-05），但是ident是41%可以用来当模板建模吗？如果不能，还有啥办法能构建出蛋白质的模型呢？
赞一下 回复此楼
3楼2018-12-13 15:23:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

闲花落笔

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 一见你就笑y at 2018-12-13 15:23:32
谢谢！再问一下，如果query cover只有11%，E值1e-04（我记得好像E值要小于1e-05），但是ident是41%可以用来当模板建模吗？如果不能，还有啥办法能构建出蛋白质的模型呢？...

Ab initio protein modeling，从头计算

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
4楼2018-12-13 18:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一见你就笑y

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 闲花落笔 at 2018-12-13 18:28:35
Ab initio protein modeling，从头计算
...

好的，感谢！可以推荐一下从头建模的相关学习资料或软件吗？不胜感激
赞一下 回复此楼
5楼2018-12-13 19:06:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1225823858zj

金虫 (正式写手)
emuch: 屏蔽内容, 违规存档, 违规发布联系方式 2019-01-24 18:38:15
本帖内容被屏蔽
6楼2019-01-24 15:01:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 一见你就笑y 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 01:50 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 01:28 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 4/200 2026-11-12 01:28 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 5/250 2026-11-12 01:17 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 4/200 2026-11-12 01:17 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-12 01:06 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:57 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +7 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 10/500 2026-11-12 00:35 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:30 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-11 3/150 2026-11-11 22:51 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-11 22:34 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 6/300 2026-11-11 22:29 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 22:09 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-11 22:09 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 4/200 2026-11-11 21:50 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 17:03 by TgvkbZZl9tqB
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 16:47 by TgvkbZZl9tqB
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 3/150 2026-11-11 11:41 by gRND4NVAZ8VG
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭