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一见你就笑y

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 601
散金: 30
帖子: 257
在线: 68小时
虫号: 7453701
注册: 2017-11-10
性别: GG
专业: 环境工程

[求助] 求助同源建模时，氨基酸序列与模板序列的一致性只有28%可以进行建模吗？

各位虫友好，关于同源建模请教诸位，我将目的蛋白的氨基酸序列在PDB中BLAST之后发现只有一个模板，且该模板与目的蛋白的一致性只有28%，E值3e-35，相似性43%，但是覆盖度有80%，可以依此建模吗？可信度如何？
先拜谢各位了！

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1楼 2018-12-10 13:47:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

闲花落笔

新虫 (小有名气)

应助: 1 (幼儿园)
金币: 212.2
散金: 137
红花: 1
帖子: 131
在线: 29.7小时
虫号: 6340288
注册: 2017-04-18
专业: 理论和计算化学

引用回帖:

3楼: Originally posted by 一见你就笑y at 2018-12-13 15:23:32
谢谢！再问一下，如果query cover只有11%，E值1e-04（我记得好像E值要小于1e-05），但是ident是41%可以用来当模板建模吗？如果不能，还有啥办法能构建出蛋白质的模型呢？...

Ab initio protein modeling，从头计算

发自小木虫IOS客户端