应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求助同源建模时，氨基酸序列与模板序列的一致性只有28%可以进行建模吗？
61/1返回列表
查看: 2916  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

一见你就笑y

铜虫 (小有名气)

[求助] 求助同源建模时，氨基酸序列与模板序列的一致性只有28%可以进行建模吗？

各位虫友好，关于同源建模请教诸位，我将目的蛋白的氨基酸序列在PDB中BLAST之后发现只有一个模板，且该模板与目的蛋白的一致性只有28%，E值3e-35，相似性43%，但是覆盖度有80%，可以依此建模吗？可信度如何？
先拜谢各位了！
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2018-12-10 13:47:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

闲花落笔

新虫 (小有名气)
identity最好大于30％

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
2楼2018-12-10 14:19:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一见你就笑y

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 闲花落笔 at 2018-12-10 14:19:01
identity最好大于30％

谢谢！再问一下，如果query cover只有11%，E值1e-04（我记得好像E值要小于1e-05），但是ident是41%可以用来当模板建模吗？如果不能，还有啥办法能构建出蛋白质的模型呢？
赞一下 回复此楼
3楼2018-12-13 15:23:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

闲花落笔

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 一见你就笑y at 2018-12-13 15:23:32
谢谢！再问一下，如果query cover只有11%，E值1e-04（我记得好像E值要小于1e-05），但是ident是41%可以用来当模板建模吗？如果不能，还有啥办法能构建出蛋白质的模型呢？...

Ab initio protein modeling，从头计算

发自小木虫IOS客户端
赞一下 回复此楼
4楼2018-12-13 18:28:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一见你就笑y

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 闲花落笔 at 2018-12-13 18:28:35
Ab initio protein modeling，从头计算
...

好的，感谢！可以推荐一下从头建模的相关学习资料或软件吗？不胜感激
赞一下 回复此楼
5楼2018-12-13 19:06:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1225823858zj

金虫 (正式写手)
emuch: 屏蔽内容, 违规存档, 违规发布联系方式 2019-01-24 18:38:15
本帖内容被屏蔽
6楼2019-01-24 15:01:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 一见你就笑y 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +6 yuleib84 2026-08-26 7/350 2026-08-31 19:46 by 鱼翔浅底1
[基金申请] 面上意见出来了 +12 黄鸟于飞Chao 2026-08-29 23/1150 2026-08-31 18:57 by 黄鸟于飞Chao
[文学芳草园] 梦想 +5 myrtle 2026-08-26 5/250 2026-08-31 14:40 by hahaboy
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +7 349506619 2026-08-28 7/350 2026-08-31 13:39 by 冼亮淀粉酶
[基金申请] 国社科又开始会评了，不知道这次命运如何 +6 雨打竹帘 2026-08-30 10/500 2026-08-31 09:29 by huixian257
[基金申请] 基金不中，共勉 +12 eulota 2026-08-26 12/600 2026-08-31 08:42 by ZJTJZ
[基金申请] 为什么到现在没收到通知？ +5 tannykie 2026-08-29 5/250 2026-08-30 21:05 by purplejack
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 面上合作单位盖章 +5 ssyjh 2026-08-27 5/250 2026-08-27 20:50 by gdfollow
[基金申请] 基金未中，这种答复是模板吗？ +5 zhaosm1982 2026-08-27 6/300 2026-08-27 16:00 by lfy8008
[基金申请] 看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 为什么国自然不能直接公布 +4 bjdxyxy 2026-08-26 4/200 2026-08-26 13:12 by qingmu1201
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭