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【分享】借助MS建立abinit结构文件
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在MS下建模，得到原胞或超胞的参数（a,b,c大小， 各原子坐标等信息），将这些信息拷贝到abinit输入文件相应的位置。 比如想计算一个2×2×2的AB超胞能带结构： 1.在MS中import AB，如果没有现成的，就找到AB的晶体学参数，手动建立。如果是import的，将AB转变成primitive cell，如果是手动建立的，估计你找到的晶体学参数就是按primitive cell给的。 2.将primitive cell转变成2×2×2 supercell，菜单上有这个功能。 3.export这个supercell的晶体结构参数，可以输出.car或.cif文件。 下例为一个.cif文件 －－－－－－－－ data_AB _audit_creation_date 2008-11-21 _audit_creation_method 'Materials Studio' _symmetry_space_group_name_H-M 'P1' _symmetry_Int_Tables_number 1 _symmetry_cell_setting triclinic loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz x,y,z _cell_length_a 6.1490 _cell_length_b 6.1490 _cell_length_c 6.1490 _cell_angle_alpha 60.0000 _cell_angle_beta 60.0000 _cell_angle_gamma 60.0000 loop_ _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_U_iso_or_equiv _atom_site_adp_type _atom_site_occupancy A1 A 0.12500 0.12500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B2 B -0.00000 0.00000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A3 A 0.62500 0.12500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B4 B 0.50000 0.00000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A5 A 0.12500 0.62500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B6 B -0.00000 0.50000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A7 A 0.62500 0.62500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B8 B 0.50000 0.50000 0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A9 A 0.12500 0.12500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B10 B -0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A11 A 0.62500 0.12500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B12 B 0.50000 -0.00000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A13 A 0.12500 0.62500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B14 B 0.00000 0.50000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A15 A 0.62500 0.62500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B16 B 0.50000 0.50000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 loop_ －－－－－－－－－ 4.从.cif文件中找出supercell的a,b,c以及各原子坐标 即 _cell_length_a 6.1490 _cell_length_b 6.1490 _cell_length_c 6.1490 _cell_angle_alpha 60.0000 _cell_angle_beta 60.0000 _cell_angle_gamma 60.0000 A1 A 0.12500 0.12500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B2 B -0.00000 0.00000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A3 A 0.62500 0.12500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B4 B 0.50000 0.00000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A5 A 0.12500 0.62500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B6 B -0.00000 0.50000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A7 A 0.62500 0.62500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B8 B 0.50000 0.50000 0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A9 A 0.12500 0.12500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B10 B -0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A11 A 0.62500 0.12500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B12 B 0.50000 -0.00000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A13 A 0.12500 0.62500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B14 B 0.00000 0.50000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A15 A 0.62500 0.62500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B16 B 0.50000 0.50000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 注意这里的a、b、c单位为埃，原子坐标为fractal 格式(见_atom_site_fract_x) 5 abinit输入文件 # computation of the total energy using a conventional cell(2 2 2) # Computation of the band structure. # First, a SCF density computation, then a non-SCF band structure calculation. ndtset 2 #Dataset 1 : usual self-consistent calculation kptopt1 1 # Option for the automatic generation of k points, # taking into account the symmetry nshiftk1 4 shiftk1 0.5 0.5 0.5 # These shifts will be the same for all grids 0.5 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.5 ngkpt1 4 4 4 prtden1 1 # Print the density, for use by dataset 2 toldfe1 1.0d-6 #Dataset 2 : the band structure iscf2 -2 getden2 -1 kptopt2 -3 nband2 8 ndivk2 10 12 17 # 10, 12 and 17 divisions of the 3 segments, delimited # by 4 points. kptbounds2 0.5 0.0 0.0 # L point 0.0 0.0 0.0 # Gamma point 0.0 0.5 0.5 # X point 1.0 1.0 1.0 # Gamma point in another cell. tolwfr2 1.0d-12 enunit2 1 # Will output the eigenenergies in eV #Definition of the unit cell chkprim 0 acell 3*11.6199 # the primitive AB supercell(2 2 2) a= 11.61992783 Bohr angdeg 60 60 60 #Definition of the atom types ntypat 2 # There is two types of atoms znucl A B # The keyword "znucl" refers to the atomic number of the # possible type(s) of atom. The pseudopotential(s) # mentioned in the "files" file must correspond #Definition of the atoms natom 16 # There are 16 atoms in the 2*2*2 supercell typat 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 # xred # This keyword indicate that the location of the atoms # will follow, one triplet of number for each atom 0.12500 0.12500 0.12500 0.00000 0.00000 0.00000 0.62500 0.12500 0.12500 0.50000 0.00000 0.00000 0.12500 0.62500 0.12500 0.00000 0.50000 0.00000 0.62500 0.62500 0.12500 0.50000 0.50000 0.00000 0.12500 0.12500 0.62500 0.00000 0.00000 0.50000 0.62500 0.12500 0.62500 0.50000 0.00000 0.50000 0.12500 0.62500 0.62500 0.00000 0.50000 0.50000 0.62500 0.62500 0.62500 0.50000 0.50000 0.50000 #Definition of the planewave basis set ecut 10 # Maximal kinetic energy cut-off, in Hartree #Definition of the SCF procedure nstep 100 # Maximal number of SCF cycles toldfe 1.0d-6 # Will stop when, twice in a row, the difference # between two consecutive evaluations of total energy # differ by less than toldfe (in Hartree) diemac 12.0 # Although this is not mandatory, it is worth to # precondition the SCF cycle. The model dielectric # function used as the standard preconditioner # is described in the "dielng" input variable section. # Here, we follow the prescription for bulk silicon. 6 计算 7 分析结果 |
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22楼2009-11-23 16:30:21
23楼2009-11-25 14:38:26
24楼2009-11-25 16:25:47
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问问楼主怎么输入空间群，例如有对称性的结构，Mg的cif文件中的 _symmetry_equiv_pos_as_xyz x,y,z -y,x-y,z -x+y,-x,z -x,-y,z+1/2 y,-x+y,z+1/2 x-y,x,z+1/2 y,x,-z x-y,-y,-z -x,-x+y,-z -y,-x,-z+1/2 -x+y,y,-z+1/2 x,x-y,-z+1/2 -x,-y,-z y,-x+y,-z x-y,x,-z x,y,-z+1/2 -y,x-y,-z+1/2 -x+y,-x,-z+1/2 -y,-x,z -x+y,y,z x,x-y,z y,x,z+1/2 x-y,-y,z+1/2 -x,-x+y,z+1/2 怎么在输入文件中体现？ |
25楼2009-12-30 11:23:20
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28楼2011-03-18 16:30:36
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31楼2011-03-18 17:27:16
32楼2011-03-21 12:26:31
33楼2011-03-21 12:56:48
34楼2011-03-21 15:05:32
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R1p(i)=scalecart(i)rprim(i,1)*acell(1) R2p(i)=scalecart(i)rprim(i,2)*acell(2) R3p(i)=scalecart(i)rprim(i,3)*acell(3) 这是我在abinit网上看到的http://www.abinit.org/documentat ... s/varbas.html#rprim，解释rprim变量。这里面scalecart是什么，没见用过，scalecart 和acell有什么区别？？ 你用的那个公式怎么么有定义scalecart这个变量呢？ |
35楼2011-03-21 15:05:59
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scalecart这个变量，是在最近的两个版本才引入的，根据定义： R1p(i)=scalecart(i)rprim(i,1)*acell(1) R2p(i)=scalecart(i)rprim(i,2)*acell(2) R3p(i)=scalecart(i)rprim(i,3)*acell(3) 假设scalecart为（a,b,c）,acell为（j,k,l）， rprim为1 2 3 4 5 6 7 8 9 那么： R1=j*(1*a, 2*b, 3*c) R2=k*(4*a, 5*b, 6*c) R3=l*(7*a, 8*b,9*c) 相当于scalecart的三个分量分别与笛卡尔坐标的三个分量求积。 个人觉得，由rprim和acell表达就够了。 |
36楼2011-03-22 09:16:57
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