| 查看: 10292 | 回复: 37 | ||||||
| 【奖励】 本帖被评价13次，作者zxzj05增加金币 10.9 个 | ||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||
[资源]
【分享】借助MS建立abinit结构文件
|
||||||
|
在MS下建模，得到原胞或超胞的参数（a,b,c大小， 各原子坐标等信息），将这些信息拷贝到abinit输入文件相应的位置。 比如想计算一个2×2×2的AB超胞能带结构： 1.在MS中import AB，如果没有现成的，就找到AB的晶体学参数，手动建立。如果是import的，将AB转变成primitive cell，如果是手动建立的，估计你找到的晶体学参数就是按primitive cell给的。 2.将primitive cell转变成2×2×2 supercell，菜单上有这个功能。 3.export这个supercell的晶体结构参数，可以输出.car或.cif文件。 下例为一个.cif文件 －－－－－－－－ data_AB _audit_creation_date 2008-11-21 _audit_creation_method 'Materials Studio' _symmetry_space_group_name_H-M 'P1' _symmetry_Int_Tables_number 1 _symmetry_cell_setting triclinic loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz x,y,z _cell_length_a 6.1490 _cell_length_b 6.1490 _cell_length_c 6.1490 _cell_angle_alpha 60.0000 _cell_angle_beta 60.0000 _cell_angle_gamma 60.0000 loop_ _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_U_iso_or_equiv _atom_site_adp_type _atom_site_occupancy A1 A 0.12500 0.12500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B2 B -0.00000 0.00000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A3 A 0.62500 0.12500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B4 B 0.50000 0.00000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A5 A 0.12500 0.62500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B6 B -0.00000 0.50000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A7 A 0.62500 0.62500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B8 B 0.50000 0.50000 0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A9 A 0.12500 0.12500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B10 B -0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A11 A 0.62500 0.12500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B12 B 0.50000 -0.00000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A13 A 0.12500 0.62500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B14 B 0.00000 0.50000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A15 A 0.62500 0.62500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B16 B 0.50000 0.50000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 loop_ －－－－－－－－－ 4.从.cif文件中找出supercell的a,b,c以及各原子坐标 即 _cell_length_a 6.1490 _cell_length_b 6.1490 _cell_length_c 6.1490 _cell_angle_alpha 60.0000 _cell_angle_beta 60.0000 _cell_angle_gamma 60.0000 A1 A 0.12500 0.12500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B2 B -0.00000 0.00000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A3 A 0.62500 0.12500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B4 B 0.50000 0.00000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A5 A 0.12500 0.62500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B6 B -0.00000 0.50000 -0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A7 A 0.62500 0.62500 0.12500 0.00000 Uiso 1.00 B8 B 0.50000 0.50000 0.00000 0.00000 Uiso 1.00 A9 A 0.12500 0.12500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B10 B -0.00000 0.00000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A11 A 0.62500 0.12500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B12 B 0.50000 -0.00000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A13 A 0.12500 0.62500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B14 B 0.00000 0.50000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 A15 A 0.62500 0.62500 0.62500 0.00000 Uiso 1.00 B16 B 0.50000 0.50000 0.50000 0.00000 Uiso 1.00 注意这里的a、b、c单位为埃，原子坐标为fractal 格式(见_atom_site_fract_x) 5 abinit输入文件 # computation of the total energy using a conventional cell(2 2 2) # Computation of the band structure. # First, a SCF density computation, then a non-SCF band structure calculation. ndtset 2 #Dataset 1 : usual self-consistent calculation kptopt1 1 # Option for the automatic generation of k points, # taking into account the symmetry nshiftk1 4 shiftk1 0.5 0.5 0.5 # These shifts will be the same for all grids 0.5 0.0 0.0 0.0 0.5 0.0 0.0 0.0 0.5 ngkpt1 4 4 4 prtden1 1 # Print the density, for use by dataset 2 toldfe1 1.0d-6 #Dataset 2 : the band structure iscf2 -2 getden2 -1 kptopt2 -3 nband2 8 ndivk2 10 12 17 # 10, 12 and 17 divisions of the 3 segments, delimited # by 4 points. kptbounds2 0.5 0.0 0.0 # L point 0.0 0.0 0.0 # Gamma point 0.0 0.5 0.5 # X point 1.0 1.0 1.0 # Gamma point in another cell. tolwfr2 1.0d-12 enunit2 1 # Will output the eigenenergies in eV #Definition of the unit cell chkprim 0 acell 3*11.6199 # the primitive AB supercell(2 2 2) a= 11.61992783 Bohr angdeg 60 60 60 #Definition of the atom types ntypat 2 # There is two types of atoms znucl A B # The keyword "znucl" refers to the atomic number of the # possible type(s) of atom. The pseudopotential(s) # mentioned in the "files" file must correspond #Definition of the atoms natom 16 # There are 16 atoms in the 2*2*2 supercell typat 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 # xred # This keyword indicate that the location of the atoms # will follow, one triplet of number for each atom 0.12500 0.12500 0.12500 0.00000 0.00000 0.00000 0.62500 0.12500 0.12500 0.50000 0.00000 0.00000 0.12500 0.62500 0.12500 0.00000 0.50000 0.00000 0.62500 0.62500 0.12500 0.50000 0.50000 0.00000 0.12500 0.12500 0.62500 0.00000 0.00000 0.50000 0.62500 0.12500 0.62500 0.50000 0.00000 0.50000 0.12500 0.62500 0.62500 0.00000 0.50000 0.50000 0.62500 0.62500 0.62500 0.50000 0.50000 0.50000 #Definition of the planewave basis set ecut 10 # Maximal kinetic energy cut-off, in Hartree #Definition of the SCF procedure nstep 100 # Maximal number of SCF cycles toldfe 1.0d-6 # Will stop when, twice in a row, the difference # between two consecutive evaluations of total energy # differ by less than toldfe (in Hartree) diemac 12.0 # Although this is not mandatory, it is worth to # precondition the SCF cycle. The model dielectric # function used as the standard preconditioner # is described in the "dielng" input variable section. # Here, we follow the prescription for bulk silicon. 6 计算 7 分析结果 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一原理资料汇编 | MS资料 | Abinit 相关资料 | 有意思的 |
» 猜你喜欢
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有8人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有7人回复
-
青基如何破局
已经有7人回复
-
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
基金不中，共勉
已经有10人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有11人回复
-
基金未中，这种答复是模板吗？
已经有6人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有6人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有5人回复
-
梦想
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于ABINIT计算四方结构弹性常数不收敛的问题
已经有5人回复
- abinit能否处理一个位置被两种元素占据的固溶体的能带和态密度
已经有10人回复
- abinit计算能带结构、光学性质前是不是也要作结构优化？
已经有5人回复
- 【求助成功】abinit 计算CaO能带结构图，间接带隙直接带隙问题
已经有9人回复
- 【求助】abinit和Siesta的请进啊，，，两软件各有什么特点
已经有13人回复
- 【求助】怎么确定abinit计算能带结构的费米能位置
已经有6人回复
- 【求助成功】为什么Abinit结构优化花那么长时间？
已经有3人回复
- 【求助】利用abinit或pwscf软件在单机上可以计算半导体材料的哪些性质?
已经有8人回复
- 【求助】Abinit, Pwscf 软件选择问题
已经有15人回复
- 【求助】求ABINIT中的PAW赝势文件
已经有6人回复
- 【原创】ABINIT的一种晶体结构建模方法
已经有26人回复
8楼2009-06-18 14:45:05
7楼2009-06-18 13:42:31
10楼2009-09-28 18:47:08
13楼2009-10-13 11:02:48
投票:
10