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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Abinit » 【分享】借助MS建立abinit结构文件
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)

[资源] 【分享】借助MS建立abinit结构文件

在MS下建模，得到原胞或超胞的参数（a,b,c大小， 各原子坐标等信息），将这些信息拷贝到abinit输入文件相应的位置。

比如想计算一个2×2×2的AB超胞能带结构：

1.在MS中import   AB，如果没有现成的，就找到AB的晶体学参数，手动建立。如果是import的，将AB转变成primitive cell，如果是手动建立的，估计你找到的晶体学参数就是按primitive cell给的。
2.将primitive cell转变成2×2×2 supercell，菜单上有这个功能。
3.export这个supercell的晶体结构参数，可以输出.car或.cif文件。

下例为一个.cif文件
－－－－－－－－
data_AB
_audit_creation_date              2008-11-21
_audit_creation_method            'Materials Studio'
_symmetry_space_group_name_H-M    'P1'
_symmetry_Int_Tables_number       1
_symmetry_cell_setting            triclinic
loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
  x,y,z
_cell_length_a                    6.1490
_cell_length_b                    6.1490
_cell_length_c                    6.1490
_cell_angle_alpha                 60.0000
_cell_angle_beta                  60.0000
_cell_angle_gamma                 60.0000
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
A1     A     0.12500   0.12500   0.12500   0.00000  Uiso   1.00
B2    B   -0.00000   0.00000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
A3     A     0.62500   0.12500   0.12500   0.00000  Uiso   1.00
B4    B    0.50000   0.00000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
A5     A     0.12500   0.62500   0.12500   0.00000  Uiso   1.00
B6    B   -0.00000   0.50000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
A7     A     0.62500   0.62500   0.12500   0.00000  Uiso   1.00
B8    B    0.50000   0.50000   0.00000   0.00000  Uiso   1.00
A9     A     0.12500   0.12500   0.62500   0.00000  Uiso   1.00
B10   B   -0.00000   0.00000   0.50000   0.00000  Uiso   1.00
A11    A     0.62500   0.12500   0.62500   0.00000  Uiso   1.00
B12   B    0.50000  -0.00000   0.50000   0.00000  Uiso   1.00
A13    A     0.12500   0.62500   0.62500   0.00000  Uiso   1.00
B14   B    0.00000   0.50000   0.50000   0.00000  Uiso   1.00
A15    A     0.62500   0.62500   0.62500   0.00000  Uiso   1.00
B16   B    0.50000   0.50000   0.50000   0.00000  Uiso   1.00
loop_
－－－－－－－－－
4.从.cif文件中找出supercell的a,b,c以及各原子坐标
即
_cell_length_a                    6.1490
_cell_length_b                    6.1490
_cell_length_c                    6.1490

_cell_angle_alpha                 60.0000
_cell_angle_beta                  60.0000
_cell_angle_gamma                 60.0000

A1     A     0.12500   0.12500   0.12500   0.00000  Uiso   1.00
B2    B   -0.00000   0.00000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
A3     A     0.62500   0.12500   0.12500   0.00000  Uiso   1.00
B4    B    0.50000   0.00000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
A5     A     0.12500   0.62500   0.12500   0.00000  Uiso   1.00
B6    B   -0.00000   0.50000  -0.00000   0.00000  Uiso   1.00
A7     A     0.62500   0.62500   0.12500   0.00000  Uiso   1.00
B8    B    0.50000   0.50000   0.00000   0.00000  Uiso   1.00
A9     A     0.12500   0.12500   0.62500   0.00000  Uiso   1.00
B10   B   -0.00000   0.00000   0.50000   0.00000  Uiso   1.00
A11    A     0.62500   0.12500   0.62500   0.00000  Uiso   1.00
B12   B    0.50000  -0.00000   0.50000   0.00000  Uiso   1.00
A13    A     0.12500   0.62500   0.62500   0.00000  Uiso   1.00
B14   B    0.00000   0.50000   0.50000   0.00000  Uiso   1.00
A15    A     0.62500   0.62500   0.62500   0.00000  Uiso   1.00
B16   B    0.50000   0.50000   0.50000   0.00000  Uiso   1.00
注意这里的a、b、c单位为埃，原子坐标为fractal 格式(见_atom_site_fract_x)

5 abinit输入文件

# computation of the total energy using a conventional cell(2 2 2)
# Computation of the band structure.
# First, a SCF density computation, then a non-SCF band structure calculation.

ndtset 2

#Dataset 1 : usual self-consistent calculation
kptopt1 1          # Option for the automatic generation of k points,
                   # taking into account the symmetry
nshiftk1 4
shiftk1  0.5 0.5 0.5  # These shifts will be the same for all grids
         0.5 0.0 0.0
         0.0 0.5 0.0
         0.0 0.0 0.5
ngkpt1  4 4 4  
prtden1  1         # Print the density, for use by dataset 2
toldfe1  1.0d-6

#Dataset 2 : the band structure
iscf2    -2
getden2  -1
kptopt2  -3
nband2   8
ndivk2   10 12 17      # 10, 12 and 17 divisions of the 3 segments, delimited
                       # by 4 points.
kptbounds2  0.5  0.0  0.0 # L point
            0.0  0.0  0.0 # Gamma point
            0.0  0.5  0.5 # X point
            1.0  1.0  1.0 # Gamma point in another cell.
tolwfr2  1.0d-12
enunit2  1             # Will output the eigenenergies in eV

#Definition of the unit cell
chkprim 0

acell 3*11.6199 # the primitive AB supercell(2 2 2) a= 11.61992783 Bohr
angdeg 60 60 60

#Definition of the atom types
ntypat 2          # There is two types of atoms
znucl A  B        # The keyword "znucl" refers to the atomic number of the
                  # possible type(s) of atom. The pseudopotential(s)
                  # mentioned in the "files" file must correspond
                 
                        

#Definition of the atoms
natom 16           # There are 16 atoms in the 2*2*2 supercell
typat 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2   #
xred              # This keyword indicate that the location of the atoms
                  # will follow, one triplet of number for each atom
0.12500   0.12500   0.12500
0.00000   0.00000   0.00000
0.62500   0.12500   0.12500  
0.50000   0.00000   0.00000  
0.12500   0.62500   0.12500  
0.00000   0.50000   0.00000  
0.62500   0.62500   0.12500
0.50000   0.50000   0.00000  
0.12500   0.12500   0.62500
0.00000   0.00000   0.50000
0.62500   0.12500   0.62500
0.50000   0.00000   0.50000
0.12500   0.62500   0.62500  
0.00000   0.50000   0.50000  
0.62500   0.62500   0.62500
0.50000   0.50000   0.50000

#Definition of the planewave basis set
ecut  10          # Maximal kinetic energy cut-off, in Hartree


#Definition of the SCF procedure
nstep 100          # Maximal number of SCF cycles
toldfe 1.0d-6     # Will stop when, twice in a row, the difference
                  # between two consecutive evaluations of total energy
                  # differ by less than toldfe (in Hartree)
diemac 12.0       # Although this is not mandatory, it is worth to
                  # precondition the SCF cycle. The model dielectric
                  # function used as the standard preconditioner
                  # is described in the "dielng" input variable section.
                  # Here, we follow the prescription for bulk silicon.
6 计算
7 分析结果
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1楼2009-04-28 20:51:20
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zxzj05

荣誉版主 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by liuhuan2017 at 2009-11-21 11:48:
楼主，我遇到了一个问题，我在MS中将GaAs的原胞的结构文件保存为cif，打开后
cell_length_a                    7.9948
_cell_length_b                    3.9974
_cell_length_c                    3.9974
...

这得看你哦abinit里面的单位如何规定的
有一个关键词是定义单位的
赞一下 回复此楼
18楼2009-11-21 14:07:23
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kingsix

新虫 (小有名气)
★ ★
zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q! 鼓励讨论！ 10-13 13:44
在abint中有个脚本cell2abint可以直接将Ms的结构转换为abinit输入文件的结构
赞一下(11人) 回复此楼
7楼2009-06-18 13:42:31
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yjr

铁杆木虫 (正式写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

多谢提供参考，谢谢！！
赞一下 回复此楼
8楼2009-06-18 14:45:05
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freshgirl

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

先顶~

然后问个问题，定义unit cell时
acell 3*11.6199 # the primitive AB supercell(2 2 2) a= 11.61992783 Bohr
这个11.6199是怎么得到的？
是你建完supercell以后，发现a=b=c=11.6199？
那要是abc不同怎么办？也就是不是cubic怎么办？
赞一下 回复此楼
10楼2009-09-28 18:47:08
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