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[交流]
求助关于基因全长
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| 请教各位高手，我现在得到一段400bp左右的片段，请问怎么样才能得到基因全长呢？如果拿不到全长基因，这段片段往下还能做些什么呢？我是绝对新手，请多帮忙！ |
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2楼2009-04-17 10:30:54
3楼2009-04-17 11:05:39
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lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢，欢迎常来生物版~ 4-20 12:39
lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢，欢迎常来生物版~ 4-20 12:39
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先把片段放ESTscan上面，扫描一下，看看方向性，是否基因全长，或者NCBIblast与相近物种基因进行比较，推断一下，找一下阅读框，能否翻译出完整蛋白质， 不是全长的话，依据他设计引物，去3‘和5’race，race完去除引物序列，BLast检验扩出的是否目的片段，如果是拼接(dnaSTAR ASSEMBLE),拼完后找出阅读框，在阅读框2端设计引物，RTPCR扩出完整CDS，或者在基因组上walking 这段序列还可以作为探针，去掉CDNA文库或者DNA文库，筛出基因的全长 [ Last edited by gastrodia on 2009-4-17 at 11:44 ] |
4楼2009-04-17 11:43:35
5楼2009-04-17 15:10:28
6楼2009-04-17 18:35:46
7楼2009-04-18 19:34:09
8楼2009-04-19 19:17:43
9楼2009-04-20 10:32:13
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lwf991229(金币+1,VIP+0):辛苦辛苦~ 4-20 12:39
lwf991229(金币+1,VIP+0):辛苦辛苦~ 4-20 12:39
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如果只是做RNA水平上的表达，定量和半定量的实验，没有全长也是可以做的，只要确定这段序列确实是你目的基因的片段，通过Blast就可以实现，根据这段序列设计特异性引物，去做RTPCR，如果得到的片段测序结果与你这段序列吻合的话，且又是单一条带，这个引物就可以去做RealtimePCR，或者使用这对引物合成半定量Northen杂交的探针，进行Northern BLot。 拿到全长的话，就要做蛋白质水平上的表达，来确定基因的功能，否则你得到的只是序列，并不代表它有功能，可以通过在模式生物中如酵母过表达你的序列，分析重组蛋白来确定，这方面已经有试剂盒了。 至于博士论文的内容单薄与否，不在乎内容多少，而在乎你有没有解决阶段性的科学问题，能否达到你们学校的文章上的要求，像我这里博士毕业要求一篇SCI，一篇核心，不要求影响因子，你发两篇nature也是毕不了业的，呵呵， |
10楼2009-04-20 10:58:40