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zhaoyue_82

铁虫 (小有名气)

[交流] 求助关于基因全长

请教各位高手,我现在得到一段400bp左右的片段,请问怎么样才能得到基因全长呢?如果拿不到全长基因,这段片段往下还能做些什么呢?我是绝对新手,请多帮忙!
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gastrodia

金虫 (正式写手)


lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢,欢迎常来生物版~ 4-20 12:39
先把片段放ESTscan上面,扫描一下,看看方向性,是否基因全长,或者NCBIblast与相近物种基因进行比较,推断一下,找一下阅读框,能否翻译出完整蛋白质,
不是全长的话,依据他设计引物,去3‘和5’race,race完去除引物序列,BLast检验扩出的是否目的片段,如果是拼接(dnaSTAR ASSEMBLE),拼完后找出阅读框,在阅读框2端设计引物,RTPCR扩出完整CDS,或者在基因组上walking

这段序列还可以作为探针,去掉CDNA文库或者DNA文库,筛出基因的全长

[ Last edited by gastrodia on 2009-4-17 at 11:44 ]
4楼2009-04-17 11:43:35
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小猫三两只

金虫 (正式写手)


lwf991229(金币+1,VIP+0):感谢,欢迎常来生物版~ 4-20 12:39
电子克隆,RACE,这方面的网上查一下就会有很多.

若得不到全长,要看你这段基因是不是完整的ORF了,否则就不会有功能,也就没法往下做了
2楼2009-04-17 10:30:54
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zhaoyue_82

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 小猫三两只 at 2009-4-17 10:30:
电子克隆,RACE,这方面的网上查一下就会有很多.

若得不到全长,要看你这段基因是不是完整的ORF了,否则就不会有功能,也就没法往下做了

恩,多谢多谢!
3楼2009-04-17 11:05:39
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zhaoyue_82

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by gastrodia at 2009-4-17 11:43:
先把片段放ESTscan上面,扫描一下,看看方向性,是否基因全长,或者NCBIblast与相近物种基因进行比较,推断一下,找一下阅读框,能否翻译出完整蛋白质,
不是全长的话,依据他设计引物,去3‘和5’race,race完去 ...

哦,多谢多谢,请问需要多长时间啊?一个月是不是时间有点紧?
5楼2009-04-17 15:10:28
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